利用差减链式反应构建白菜基因组代表性文库

武剑; 冯艳丽; 和江明; 王晓武; 《农业生物技术学报 》 2009 北大核心 CSCD

摘要：构建多态性比例高的基因组代表性文库是提高芯片和测序基础上的标记技术效率的关键。通过差减链式(differen-tial subtractive chain,DSC)反应,去除同一物种内的不同栽培种群间不具多态性的片段,能够提高基因组代表性文库中多态性片段的比例。研究利用白菜类作物(Brassica campestris)8个栽培种群的材料构建testerDNA样品,利用水菜(B.campestris ssp. nipposinica)DNA作为driver样品。这两个DNA样品经EcoRⅠ/MseⅠ酶切,酶切产物连接不同的接头。3遍DSC反应后,将反应产物连接到pDONR201载体中,构建基因组复杂性降低文库。分2批随机取其中20个单克隆和95个单克隆,分别进行Southern斑点杂交,结果分别显示9个和98个多态性片段,其比例分别为45%和61%,较之前关于多态性芯片技术的相关研究中15%～17%的多态性克隆比例大大提高。

关键词： 分子标记 差减链式反应 基因组复杂性降低文库 多态性比例