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云南原始地方种四路糯基因组中的MITE类转座子"124"
《安徽农业科学 》 2022
摘要：[目的]研究四路糯与普通玉米之间的亲缘关系。[方法]比较四路糯与B73基因组中“124”转座子的构成差异。[结果]在B73基因组中鉴定出13个“124”转座子序列和其插入位点信息；通过重测序得到约120 Gb的四路糯基因组序列，并从中鉴定出17个“124”转座子序列和其插入位点信息；在二者基因组中存在3个共同的“124”插入位点，这些位点展示出“124”转座子在序列和插入位点一致；B73基因组和四路糯基因组中均存在与waxy基因中“124”一致的转座子序列；建立的系统进化树可将“124”转座子归为4种类型，其中并没有单一基因组来源的类型。[结论]四路糯与B73基因组的差异是玉米种内的差异。
关键词： 糯玉米地方品种 四路糯 重测序 “124”转座子 起源演化
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云南糯玉米地方品种糯性等位基因wx-xuanwei的分子特征
《江西农业学报 》 2020
摘要：为了解云南糯玉米地方品种糯性waxy基因的等位变异类型与构成,有针对性地保护和利用携带稀有基因的珍稀遗传材料,在用糯玉米已知基因wx-D7、wx-D10、wx-Cin4、wx-124和wx-Reina等的特异分子标记检测并获得携带有未知糯性基因的云南糯玉米地方品种基础上,设计出能检测waxy全基因的11对分子标记,检测10份带有未知waxy等位基因的云南糯玉米地方品种,发现来自云南曲靖市辖宣威市的糯玉米地方品种糯包谷(统一编号232248)带有的waxy基因的突变位点。用简化的热交错不对称PCR(Tail-PCR)对该突变位点作进一步扩增和测序,并分析包含突变点在内的waxy基因的分子特征。宣威糯包谷的waxy基因在其第14外显子中插入了约4.9 kb的未命名反转录转座子,本研究将其命名为xuanwei(宣威)。该反转录转座子属于长末端重复(Long terminal repeat,LTR)反转录转座子,具有序列完全相同的LTR结构。因此waxy基因wx-xuanwei是一个反转录转座子插入造成的新的等位突变基因。
关键词： 糯玉米 地方品种 waxy等位基因 反转录转座子 分子标记
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云南不同来源四路糯玉米waxy和tb1基因分析
《安徽农业科学 》 2020
摘要：[目的]为四路糯资源的保护、研究与开发利用特异资源提供科学依据。[方法]对8份云南不同来源的四路糯资源材料进行糯性基因waxy、分蘖基因tb1的测序及SSR分子标记分析,探讨不同来源四路糯的形成规律。[结果]试验所用糯玉米具有共同的突变类型wx-D10,即waxy基因第10外显子15-bp的缺失;检测控制分蘖的tb1基因发现,在四路糯中保留了2类不同的等位基因,并发现具有杂合基因型的植株存在;进一步利用40对SSR标记检测不同来源的四路糯,获得了27个多态性基因位点。[结论]试验所用四路糯有统一的起源,在形成后基因组内依然保留了大量多等位基因位点,由于四路糯在传播过程中发生不同等位基因的丢失,形成不同类型的四路糯。
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