科研产出
滇龙胆居群遗传多样性和遗传结构分析
《中草药 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：目的 揭示不同分布区滇龙胆Gentiana rigescens的遗传多样性与遗传结构。方法 基于GBS（genotyping-by-sequencing）简化基因组（reduced-representation genome sequencing,RRGS）技术对采自云南、四川和贵州的19个居群147株滇龙胆进行测序；利用样本SNPs数据集结合聚类树分析、主成分分析、遗传结构分析、Mantel检验等方法，从基因组水平研究滇龙胆居群的遗传多样性与遗传结构；结果 聚类树分析、主成分分析及遗传结构分析显示，不同分布区采集的样品有明显的基因型差异；依据样品地理来源，19个居群大致可分为横断山区（分布于滇西北和川西南的居群）及云贵高原（分布于滇西、滇中、滇东南及贵州的居群）2个亚群。通过观测观测杂合度（observed heterozygosity,Ho）、期望杂合度（expected heterozygosity,He）、多态信息含量（polymorphic information,PIC）、Shannon多样性指数（shannon’s diversity index,I）、Nei’s多样性指数（Nei’s gene diversity,Nei’s）、核苷酸多样性（nucleotide diversity，π）比较，发现云贵高原的居群遗传多样性高于横断山区的居群(云贵高原居群遗传多样性参数均值：Ho=0.052,He=0.110,PIC=0.088,I=0.164,Nei’s=0.127，π=1.677×10-3；横断山区居群遗传多样性参数均值：Ho=0.051,He=0.098,PIC=0.077,I=0.144,Nei’s=0.114，π=1.175×10-3)；居群遗传分化系数（genetic differentiation index,FST）和基因流（gene flow,Nm）分析显示，滇龙胆居群间存在一定的遗传分化和基因流；遗传变异分析（AMOVA）显示滇龙胆种内变异主要来自居群内；基于23个环境变量的环境差异分析显示，横断山亚群与云贵高原亚群生境的热量与UV-B辐射存在差异；Mantel检验显示，居群间的遗传分化主要由环境差异导致，其中UV-B辐射与居群FST呈极显著正相关（P＜0.01）。结论 横断山区与云贵高原滇龙胆居群遗传结构和遗传多样性具有差异，分布区UV-B辐射变化可能是驱动滇龙胆居群遗传分化的重要因素。
关键词： 滇龙胆 遗传多样性 遗传结构 简化基因组测序 资源评价
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滇龙胆草野生资源的地理分布与生物气候特征
《应用生态学报 》 2019 北大核心 CSCD
摘要：利用国家标本资源共享平台提供的物种分布数据,结合野外实地调查和MaxEnt模型对滇龙胆草适宜分布区进行模拟和验证,分析滇龙胆草地理分布与气候因子间的关系.结果表明:模型训练集和验证集曲线下面积(area under curve,AUC)值均>0.90,表明模型预测精度高,预测结果较准确.滇龙胆草分布区地理坐标范围:22.2°—28.75°N,98.48°—110.59°E.适宜的海拔范围为1830～1959 m.适生区总面积约63.92×10~4 km~2;其中,高度适生区4.33×10~4 km~2,中度适生区21.42×10~4 km~2.云南、四川、贵州3省适生区面积合计约59.10×10~4 km~2,占全国适生区面积的92.46%.影响滇龙胆草地理分布的主要气候因子有3、6和8月太阳辐射,温度年较差,最暖季均温,10月和11月平均降水量及最干季降水量.偏最小二乘回归(partial least squares regression,PLSR)分析表明,分布区以北和以东的太阳辐射(3月、6月和8月)、温度年较差、10—11月平均降水量、最干季降水量是主要的限制因子;分布区以南主要限制因子是6月太阳辐射、最暖季均温、10月和11月平均降水量.限制滇龙胆草向四川盆地、广西盆地分布的主要气候因子是太阳辐射、温度年较差、最暖季均温、年生物温度和年可能蒸散量.综合分析认为,滇龙胆草的适生区主要位于云贵高原,上述地区的亚热带湿润气候最适宜滇龙胆草生长.
关键词： 滇龙胆草 药用植物资源 地理分布 生物气候特征 生态位模型
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