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钝裂银莲花花色素合成相关基因qRT-PCR内参基因的筛选
《园艺学报 》 2021 北大核心 CSCD
摘要：为了筛选适合于钝裂银莲花类黄酮/花青素合成途径中相关基因q RT-PCR表达分析时的内参基因,根据钝裂银莲花蓝/白不同花色花器官组织的转录组测序结果,选取了多聚泛素酶基因（polyubiquitin,UBQ）、微管蛋白基因（β-tubulin,β-TUB）、水通道蛋白基因（aquaporin,AQP）、肌动蛋白基因（actin,ACT）、甘油醛–3–磷酸–脱氢酶基因（glyceraldehyde-3-phosphatedehydrogenase,GAPDH）、组蛋白基因（histone,HIS）、转录延伸因子基因（elongation factor 1-β,EF-1β）和60S核糖体蛋白基因（60S ribosomal protein L13-1,RPL13）等8个常用内参基因作为候选基因,以钝裂银莲花的叶片、茎杆和蓝/白色花器官等不同组织为试验材料,通过qRT-PCR检测这8个候选内参基因的表达情况,利用geNorm、NormFinder和BestKeeper等软件对其稳定性进行分析评价。结果表明:8个候选内参基因中,UBQ表现最稳定,而β-TUB相对稳定性最差。以最稳定的UBQ为内参对钝裂银莲花类黄酮/花青素合成途径中16个相关基因表达情况进行q RT-PCR分析,结果与前期转录组测序结果一致。UBQ为钝裂银莲花花色素合成途径相关基因表达分析的最适内参基因。
关键词： 钝裂银莲花 实时荧光定量PCR 内参基因 筛选 稳定性 类黄酮/花青素合成途径
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西南鸢尾花色变异实时定量PCR内参基因的筛选与验证
《核农学报 》 2019 北大核心 CSCD
摘要：为筛选适用于不同花色西南鸢尾花色合成途径相关基因表达分析的内参基因,本研究根据西南鸢尾及其白花变型白花西南鸢尾花蕾组织的转录组测序数据,筛选了6个常用内参基因(ɑ-TUB、β-TUB、AQP、ACT、GAPDH、UBQ),同时以百合18S做为对照内参基因,在西南鸢尾及其白花变型白花西南鸢尾的花蕾组织中,分别通过反转录PCR(RT-PCR)初筛和RT-qPCR检测表达量,并利用geNorm、NormFinder和BestKeeper软件对7个候选内参基因的稳定性进行评价。RT-PCR初筛结果显示,7个候选内参基因引物的特异性均较好,在6个样品间没有明显差异; RT-qPCR分析表明,7个候选内参基因的表达量存在一定差异,其中18S表达量最高,UBQ最低; geNorm、NormFinder和BestKeeper分析结果表明,ACT表现最稳定,最适合做为内参基因,β-TUB相对稳定性最低;以Actin为内参对西南鸢尾类黄酮/花青素和类胡萝卜素2类色素合成途径中部分相关基因的RT-qPCR分析结果与转录组测序结果相一致。本研究为鸢尾属植物花色素合成相关基因表达分析内参基因的筛选以及鸢尾属植物资源利用和花色育种研究提供了理论参考。
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