科研产出
割手密SsREMO-1基因的克隆与等位变异分析
《分子植物育种 》 2018 北大核心 CSCD
摘要：割手密抗逆基因资源的挖掘是甘蔗抗逆育种的重要工作任务。本研究以前期转录组测序得到的割手密REMO基因c DNA序列为探针,对Gen Bank中的EST数据库进行同源检索,发现高粱REMO基因(XM_002465954.1)与其具有极高的相似性(94%)。利用高粱REMO基因(XM_002465954.1)设计同源引物,后经PCR、分子克隆、序列分析验证成功分离了7个割手密REMO基因c DNA序列(Ss REMO-1a,Ss REMO-1b,Ss REMO-1c,Ss REMO-1d,Ss REMO-1e,Ss REMO-1f,Ss REMO-1g,Gen Bank登录号为MF095088-MF095094)。7条序列全长均为738 bp,5'非翻译区(UTR)长度78 bp,3'UTR长度为96 bp,包含一个564 bp的开放读码框,编码187个氨基酸。分析表明此蛋白序列具有REMO保守结构域。Ss REMO-1a、Ss REMO-1b、Ss REMO-1c、Ss REMO-1d、Ss REMO-1e、Ss REMO-1f、Ss REMO-1g的相似性在98.9%~99.7%之间,存在14个单核苷酸多态性(SNP)位点,4个氨基酸变异位点,蛋白相似性在98.4%~100%之间。Ss REMO-1蛋白序列与高粱、水稻、玉米等物种具有较高的同源性,可分为两个亚类。
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红腺忍冬绿原酸生物合成新基因克隆及其生物信息学分析
《中国中药杂志 》 2015 北大核心 CSCD
摘要：为挖掘红腺忍冬绿原酸生物合成的关键酶基因,应用生物信息学方法从红腺忍冬基因组数据库中筛选出4个新基因LHPAL4,LHHCT1,LHHCT2,LHHCT3,并预测其编码蛋白的结构和功能。序列分析结果表明,红腺忍冬LHPAL4与LHPAL1关系密切;LHHCT1,LHHCT3,LHHQT2关系密切,LHHCT2单独聚为一类。通过Real-time PCR检测4个新基因在红腺忍冬不同组织中的转录情况,发现LHPAL4,LHHCT1,LHHCT3在败花中表达量最高,LHHCT2在叶中的表达量最高,为揭示不同部位活性成分含量差异机制提供依据,也为活性成分的合成生物学提供元件。
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马铃薯Y病毒云南昭通烟草分离物的检测及年度间差异比较
《植物保护 》 2013 北大核心 CSCD
摘要：利用DAS-ELISA检测试剂盒检测昭通烟草脉斑病样品,结果表明存在马铃薯Y病毒O株系和马铃薯Y病毒N株系两个不同株系病毒。利用Sprimer和M4引物扩增、克隆、测序,得到长度为1 771bp目的片段,该片段包含病毒的外壳蛋白基因序列、3′UTR序列以及部分Nib基因序列;序列分析表明与湖南HN-2分离物(GenBankNo.GQ200836)和美国NE-11分离物(GenBank No.DQ157180)核苷酸序列相似性均为98%,系统进化分析表明其具有较近的亲缘关系。
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