干旱胁迫下小粒咖啡SNP位点与可变剪接分析

喻好好; 董相书; 赵颢; 李忠贤; 胡发广; 李亚男; 娄予强; 何飞飞; 《中国农业科技导报(中英文) 》 2025 北大核心 CSCD

摘要：为丰富小粒咖啡的SNP(single nucleotide polymorphism)位点，并阐明可变剪接（alternative splicing,AS）事件在小粒咖啡响应干旱胁迫中的作用，以小粒咖啡‘Catimor’为供试材料，分别进行7和14 d的干旱胁迫处理，利用RNA-seq技术结合生物信息学方法对小粒咖啡抗旱相关SNP位点和AS事件进行统计分析。结果表明，在所有样品中共鉴定到265 047个SNP位点，转换率和颠换率分别为60.72%和39.28%，分布于11条染色体，其中2号染色体上的SNP最多。位于基因外显子和内含子的SNP位点分别为110 582和100 936个。对SNP位点序列注释发现，SNP位点主要富集于氨基酸合成、运输及碳代谢等方面。AS事件分析表明，在干旱0 d与干旱7 d、干旱7 d与干旱14 d的比较中，分别鉴定到3 809、4 142个差异AS，其中外显子跳跃（skipped exon,SE）是最主要的剪接方式，这些发生AS事件的基因主要与剪接体、mRNA监控等途径显著关联。经差异表达基因与AS基因的比较分析，筛选出LOC113699257、LOC113712703、LOC113741326、LOC113730764共4个在干旱胁迫下持续显著上调的剪接因子，这些因子可能在调控咖啡响应干旱胁迫或根系发育中发挥重要作用。以上研究结果为进一步揭示小粒咖啡响应干旱胁迫的分子机制奠定了基础。

关键词： 干旱胁迫 小粒咖啡 SNP位点 可变剪接