基于全基因组测序一株自然形成的耐链霉素果胶杆菌NJAU2的分离鉴定

杨丽萍; 楼望颖; 车舒; 唐莉栋; 邓伟; 谷安宇; 管俊娇; 奎丽梅; 安华; 王睿; 李小林; 范加勤; 《植物病理学报 》 2024 北大核心 CSCD

摘要：果胶杆菌属（Pectobacterium）是导致全球农作物经济损失的重要病原细菌之一，抗生素抗性菌株的产生加大了该病害的防控难度。本研究以不同寄主植物分离获得的果胶杆菌为材料，利用平板分析，获得一株野外形成的链霉素抗性菌株。通过基因组测序及比较基因组研究，明确其分类地位，并预测链霉素抗性基因。研究表明，自不同寄主分离的8个菌株中，云南黄花马蹄莲发病株获得的NJAU2,对链霉素存在高度抗性。NJAU2基因组总长5 062 459 bp, GC含量51.83%,N50长度306 378 bp,共有4 568个编码基因。基于果胶杆菌8个管家基因（fliA、fusA、glyA、gyrB、purA、rpoA、rpoS和secY）的MLSA多位点序列分析结果显示NJAU2与标准菌株P.aroidearum SCRI 109^T及已报道的菌株P.aroidearum PC1聚类在同一个分支，该结果与基于16S rRNA基因序列构建的系统发育关系一致，进一步NJAU2与各果胶杆菌的平均核苷酸一致性（ANI）、DNA-DNA杂交（isDDH）分析也支持这一结果。为此，将自然形成的链霉素耐性菌株NJAU2归属于果胶杆菌的新种：Pectobacterium aroidearum,命名为Pectobacterium aroidearum NJAU2。NJAU2的基因组中携带编码链霉素耐药基因集。抗生素耐药性综合数据库（CARD）比对发现NJAU2含有与7类耐药相关的328个耐药基因。此外，NJAU2基因组注释表明：其含有15个编码氨基糖苷类抗生素抗性基因，其中与链霉素抗性相关的基因有rpsL和gidB。马蹄莲软腐病病原菌NJAU2的发现，为果胶杆菌在链霉素抗性方向的研究提供了新材料。

关键词： Pectobacterium aroidearum NJAU2 鉴定 链霉素抗药性 基因组分析 抗性基因