复羽叶栾树叶绿体基因组密码子偏好性分析

肖明昆; 聂恺宏; 沈绍斌; 刘倩; 段春芳; 李月仙; 张林辉; 《西南林业大学学报(自然科学) 》 2023 北大核心

摘要：为明确复羽叶栾树叶绿体基因组密码子的使用模式，以筛选到的52条CDS蛋白质编码序列为研究对象,利用Codon W 1.4.2和在线软件CUSP等获取复羽叶栾树密码子的GC、RSCU、ENC等参数，并进行中性绘图、PR2-plot和最优密码子分析。结果表明：复羽叶栾树密码子不同位置上的GC含量表现为GC₁（47.27%）＞GC₂（39.49%）＞GC₃（29.84%），且有29个密码子RSCU＞1，其中有28个以A/U结尾，表明密码子偏好以A/U结尾。有效密码子数ENC值在36～61之间，密码子使用偏性较弱。ENC与GC₃间具有极显著的相关关系，表明密码子第3位上的碱基组成影响密码子使用偏好性。中性分析结果显示，GC₃与GC₁₂间无显著的相关关系（r=0.198,P＞0.05），回归系数为0.265 2，说明选择对密码子使用偏好性有重要影响。ENC-plot分析和奇偶偏好性分析表明，密码子偏性也受到其他因素影响。综合分析发现复羽叶栾树叶绿体基因组密码子偏好性较弱，选择为主要影响因素，同时受到其他因素的影响。最终确定CUU、GUU、AGU、GCA、CAA、CAU、AAA、GAU、CGU、CGA、GGU、GGA共12个为最优密码子。

关键词： 复羽叶栾树 叶绿体基因组 密码子偏好性 最优密码子