科研产出
长尖叶蔷薇叶绿体基因组特征分析
《西南农业学报 》 2025 北大核心 CSCD
摘要：[目的]分析长尖叶蔷薇(Rosa longicuspis)的叶绿体基因组特征,为蔷薇属植物的分类鉴定、遗传变异分析以及系统发育关系研究提供科学依据.[方法]采用Illumina NovaSeq测序平台,对长尖叶蔷薇进行基因组重测序,并组装其叶绿体基因组.借助GeSeq在线平台,绘制其叶绿体基因组图谱和基因功能注释.利用MISA2.1、CodonW 1.4.2和MEGA 6.06等软件,对长尖叶蔷薇叶绿体基因组基本结构和功能进行分析.[结果]长尖叶蔷薇叶绿体基因组是四分体结构,长度为156 659 bp.通过注释分析,共识别出140个基因,分别是蛋白质编码基因(92个)、rRNA基因(8个)和tRNA基因(40个),GC含量占比较高(37.22%).长尖叶蔷薇的叶绿体基因组中,有一些基因包含内含子,这些基因主要分为两类:一类是含有1个内含子的基因,共有8个;另一类是含有2个内含子的基因,数量为3个.此外,在基因组中存在20个基因的重复现象,这些重复基因主要集中在反向重复区域;光合作用信号转导途径相关的基因(44个),参与核糖体大、小亚基构成的基因(21个)均为蛋白质编码基因.长尖叶蔷薇叶绿体基因组中含有57个SSR位点,共2种类型.长尖叶蔷薇的叶绿体基因组中,总共发现31种偏好密码子.在这些密码子中,有13种以碱基A结尾,16种以碱基U结尾,而以碱基G和碱基C结尾的密码子各自仅有1种.系统发育分析结果显示,长尖叶蔷薇和毛萼蔷薇的亲缘关系最近,聚合在一个分支上.'月月粉'作为外类群,但没有单独形成1个分支,表明古老月季母性遗传相对稳定.[结论]长尖叶蔷薇叶绿体基因组具有高度保守的结构,注释得到的基因主要与光合作用和自我复制相关,以碱基A或碱基U结尾是长尖叶蔷薇叶绿体基因组的密码子偏好.分析得到的SSR大多为单核苷酸SSRs,系统发育分析表明长尖叶蔷薇与毛萼蔷薇的亲缘关系最近.本研究结果为蔷薇属植物的物种分类和亲缘关系分析提供了理论参考.
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基于转录组序列的非洲菊密码子偏好性分析
《西南林业大学学报 》 2023 北大核心
摘要：利用CodonW 1.4.2 和在线软件CUSP分析非洲菊转录组 13769 条编码序列的密码子碱基组成、同义密码子相对使用度和密码子偏好性,并通过中性绘图分析、ENC-plot和PR2-plot分析影响密码子偏好性的因素.结果表明:非洲菊编码基因序列的密码子偏好性整体偏弱,影响密码子偏好性的主要因素为突变,同时确定 UUG、UUU、UAU、AUU、UGU、GUU、AGA、GGU、UCU、UCA、CCA、ACC、GCU等 13 个最优密码子,最优密码子偏好以A/U结尾.本研究为进一步明确非洲菊密码子进化特征和遗传转化中最优密码子的选择提供参考依据.
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