基于转录组序列的非洲菊密码子偏好性分析

卢珍红; 原晓龙; 李绅崇; 单芹丽; 王毅; 《西南林业大学学报 》 2023 北大核心

摘要：利用CodonW 1.4.2 和在线软件CUSP分析非洲菊转录组 13769 条编码序列的密码子碱基组成、同义密码子相对使用度和密码子偏好性,并通过中性绘图分析、ENC-plot和PR2-plot分析影响密码子偏好性的因素.结果表明:非洲菊编码基因序列的密码子偏好性整体偏弱,影响密码子偏好性的主要因素为突变,同时确定 UUG、UUU、UAU、AUU、UGU、GUU、AGA、GGU、UCU、UCA、CCA、ACC、GCU等 13 个最优密码子,最优密码子偏好以A/U结尾.本研究为进一步明确非洲菊密码子进化特征和遗传转化中最优密码子的选择提供参考依据.

关键词： 非洲菊 转录组 密码子