科研产出
滇池沉积物中反硝化细菌及产甲烷菌的分子鉴别研究
《西南农业学报 》 2018 北大核心 CSCD
摘要：【目的】为了解滇池沉积物中反硝化细菌及产甲烷菌的种类组成。【方法】采用引物NirS1F/NirS6R和Me1/Me2分别对沉积物总DNA进行PCR扩增,得到1000 bp的反硝化细菌和760 bp的产甲烷菌特异性片段。【结果】证实了滇池沉积物中存在反硝化细菌和产甲烷菌,且推测产甲烷菌的丰度高于反硝化细菌。2个克隆文库分别获得阳性克隆子55和99个,利用Mothur软件将序列分别划分为10和5个OUT,说明尽管反硝化细菌的丰度低于产甲烷菌,但物种多样性高于产甲烷菌。运用BLASTN程序在GenBank数据库中进行序列比对,发现55个反硝化细菌阳性克隆子可分为10个种类,OTU10类序列与细菌Dechloromonas aromatica的相似性达86%,是反硝化细菌中的优势类群;99个产甲烷菌阳性克隆子可分为5个种类,OTU5类序列与甲酸甲烷规则菌(Methanoregula formicicum)相似性达86%,该类群是反硝化细菌中的优势类群。【结论】滇池沉积物中的反硝化细菌与产甲烷菌多为潜在的未被培养的新种。
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滇池沉积物中厌氧氨氧化菌的分子生物学检测
《西南农业学报 》 2016 北大核心 CSCD
摘要：厌氧氨氧化(Anaerobic ammonium oxidation,Anammox)在海洋氮素循环中起了重要作用,而有关天然淡水生态系统中厌氧氨氧化菌的研究报道并不多。为探索滇池沉积物中是否存在厌氧氨氧化菌及厌氧氨氧化菌的种类,以滇池沉积物总DNA为模板,PCR扩增沉积物样品中厌氧氨氧化菌特异性16S r DNA片段,通过构建克隆、测序,将文库中有效克隆序列分别提交到Gen Bank中进行相似序列搜索,并利用MEGA4.0绘制系统发育树。分析发现,滇池沉积物中存在厌氧氨氧化菌,且种群多样性水平低,低于目前已报道的大部分自然生态系统,所有克隆序列与已发现的厌氧氨氧化菌Candidatus Brocadia Fulgida的同源性达97%以上,表明滇池沉积物中的厌氧氨氧化菌以Brocadia属的Fulgida菌为主。
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