科研产出
中甸刺玫的叶绿体基因组特征及种内变异
《广西植物 》 2025 北大核心 CSCD
摘要：中甸刺玫（Rosa praelucens）是云南香格里拉市的特有“极危”植物和国家二级重点保护植物，也是著名的高山花卉和重要的十倍体月季种质资源，种内存在丰富的表型多样性。为了澄清中甸刺玫种内表型变异的遗传背景，该文利用二代测序技术对40个不同表型的中甸刺玫代表性个体的叶绿体基因组进行测序、组装注释和比较分析。结果表明：（1）中甸刺玫的基因组序列长157 173～157 261 bp,植株间仅相差88 bp,共编码132个功能基因，主要为与光合作用和自我复制相关的基因。全部基因共由27 155个密码子编码，以A-和U-为末端的密码子较常见。（2）中甸刺玫的叶绿体基因组共鉴定出36个重复序列和73个简单重复序列（SSRs）,后者大部分为单核苷酸SSRs,主要位于大单拷贝（LSC）区的基因间隔区。（3）中甸刺玫种内叶绿体全基因组的单倍型多样性为0.928±0.027,核酸多态性（Pi）为0.000 12;位于LSC的petN-trnD、psaA-ycf3等基因间隔区，以及rps16和ycf1等基因的核酸多态性相对较高；不同表型的代表性个体的叶绿体基因组间在结构上不存在大片段或基因的逆转或者丢失。该研究结果表明，中甸刺玫种内在叶绿体基因组大小、序列和结构等方面均高度保守，其种内丰富的表型多样性并非由叶绿体基因组变异而引起。
关键词： 中甸刺玫 叶绿体基因组 比较基因组 简单重复序列 核酸多态性 密码子偏好
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