科研产出
中甸刺玫的叶绿体基因组特征及种内变异
《广西植物 》 2025 北大核心 CSCD
摘要：中甸刺玫（Rosa praelucens）是云南香格里拉市的特有“极危”植物和国家二级重点保护植物，也是著名的高山花卉和重要的十倍体月季种质资源，种内存在丰富的表型多样性。为了澄清中甸刺玫种内表型变异的遗传背景，该文利用二代测序技术对40个不同表型的中甸刺玫代表性个体的叶绿体基因组进行测序、组装注释和比较分析。结果表明：（1）中甸刺玫的基因组序列长157 173～157 261 bp,植株间仅相差88 bp,共编码132个功能基因，主要为与光合作用和自我复制相关的基因。全部基因共由27 155个密码子编码，以A-和U-为末端的密码子较常见。（2）中甸刺玫的叶绿体基因组共鉴定出36个重复序列和73个简单重复序列（SSRs）,后者大部分为单核苷酸SSRs,主要位于大单拷贝（LSC）区的基因间隔区。（3）中甸刺玫种内叶绿体全基因组的单倍型多样性为0.928±0.027,核酸多态性（Pi）为0.000 12;位于LSC的petN-trnD、psaA-ycf3等基因间隔区，以及rps16和ycf1等基因的核酸多态性相对较高；不同表型的代表性个体的叶绿体基因组间在结构上不存在大片段或基因的逆转或者丢失。该研究结果表明，中甸刺玫种内在叶绿体基因组大小、序列和结构等方面均高度保守，其种内丰富的表型多样性并非由叶绿体基因组变异而引起。
关键词： 中甸刺玫 叶绿体基因组 比较基因组 简单重复序列 核酸多态性 密码子偏好
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长尖叶蔷薇叶绿体基因组特征分析
《西南农业学报 》 2025 北大核心 CSCD
摘要：[目的]分析长尖叶蔷薇(Rosa longicuspis)的叶绿体基因组特征,为蔷薇属植物的分类鉴定、遗传变异分析以及系统发育关系研究提供科学依据.[方法]采用Illumina NovaSeq测序平台,对长尖叶蔷薇进行基因组重测序,并组装其叶绿体基因组.借助GeSeq在线平台,绘制其叶绿体基因组图谱和基因功能注释.利用MISA2.1、CodonW 1.4.2和MEGA 6.06等软件,对长尖叶蔷薇叶绿体基因组基本结构和功能进行分析.[结果]长尖叶蔷薇叶绿体基因组是四分体结构,长度为156 659 bp.通过注释分析,共识别出140个基因,分别是蛋白质编码基因(92个)、rRNA基因(8个)和tRNA基因(40个),GC含量占比较高(37.22%).长尖叶蔷薇的叶绿体基因组中,有一些基因包含内含子,这些基因主要分为两类:一类是含有1个内含子的基因,共有8个;另一类是含有2个内含子的基因,数量为3个.此外,在基因组中存在20个基因的重复现象,这些重复基因主要集中在反向重复区域;光合作用信号转导途径相关的基因(44个),参与核糖体大、小亚基构成的基因(21个)均为蛋白质编码基因.长尖叶蔷薇叶绿体基因组中含有57个SSR位点,共2种类型.长尖叶蔷薇的叶绿体基因组中,总共发现31种偏好密码子.在这些密码子中,有13种以碱基A结尾,16种以碱基U结尾,而以碱基G和碱基C结尾的密码子各自仅有1种.系统发育分析结果显示,长尖叶蔷薇和毛萼蔷薇的亲缘关系最近,聚合在一个分支上.'月月粉'作为外类群,但没有单独形成1个分支,表明古老月季母性遗传相对稳定.[结论]长尖叶蔷薇叶绿体基因组具有高度保守的结构,注释得到的基因主要与光合作用和自我复制相关,以碱基A或碱基U结尾是长尖叶蔷薇叶绿体基因组的密码子偏好.分析得到的SSR大多为单核苷酸SSRs,系统发育分析表明长尖叶蔷薇与毛萼蔷薇的亲缘关系最近.本研究结果为蔷薇属植物的物种分类和亲缘关系分析提供了理论参考.
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