科研产出
茶树菇复合群菌株内ITS序列异源特征分析
《西南林业大学学报(自然科学) 》 2021
摘要：ITS序列作为常用的分子标记,广泛应用于真菌系统学研究,然而在茶树菇类群分析中缺乏综合分析。结果表明:对茶树菇菌株ITS序列进行测序,从中发现了8个菌株ITS测序图谱存在套峰。各菌株分离的子代同核体群体中存在2种ITS序列类型,推测亲本由不同ITS类型同核体杂交而成。从混杂的ITS扩增产物里进行克隆测序后,发现ITS1和ITS2区域存在模板复制转换的现象。依据ITS和线粒体小亚基mtSSU构建的聚类树显示的拓扑结构不一致,部分来自于同一菌株的ITS序列聚类到不同的群中。因此,茶树菇的ITS序列显示出多样性且组成复杂,从ITS杂合菌株中直接进行克隆分析会产生不正确的序列信息,给菌株鉴定和系统分析造成错误的结果。
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茶组植物种间关系的cpDNA、rDNA ITS和mtDNA序列分析
《西南农业学报 》 2018 北大核心 CSCD
摘要：【目的】DNA序列分析在物种系统进化、分类和鉴定等方面展示出了强大的生命力。【方法】本研究对来源于cpDNA、rDNA ITS和mtDNA序列的15对引物在茶组植物的5种2变种共16份资源中进行了种间关系研究。【结果】在15对引物中,来自cpDNA的6对引物有5对完成了扩增与测序,来自rDNA ITS的3对引物均未得到单一目的片度,来自mtDNA序列的6对引物中,共有4对完成了扩增与测序。对在种间存在位点差异的8对引物序列比对:序列长度最长的为390F-1326R(859 bp),最短的为orf25(446 bp);品种间变异位点最多的为rbcla-rev(24个),最少的为nad4L/orf25(2个)。位点变异率最高的为rbcla-rev(4.76%),最低为nad4L/orf25(0.37%),cpDNA的碱基变异率平均值(2.91%)要远高于mtDNA(0.55%);8对引物在茶变种内发生变异的位点共有9个,占总位点数的0.19%;不同变种间发生变异的位点有90个,占总位点数的1.85%;将8对引物测序得到的序列拼接,按照MP法构建了分子系统树,可以将参试的16份茶树资源分为3大类。【结论】本研究为DNA序列分析在茶组植物中的应用提供了参考。
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