科研产出
贵州黔西南烟草中烟草脉带花叶病毒的鉴定及遗传结构分析
《植物病理学报 》 2024 北大核心 CSCD
摘要：为了明确贵州省黔西南州烟草中烟草脉带花叶病毒(tobacco vein banding mosaic virus,TVBMV)的发生和病毒的群体遗传结构,了解该TVBMV贵州烟草分离物上的遗传变异机制.利用电子显微镜负染色、超薄切片制样观察及分子生物学方法对采集自贵州省黔西南州兴义市具有典型TVBMV症状的烟草样品进行检测和鉴定,并利用生物信息学软件对其进行基于病毒分离物CP基因序列的系统进化和群体遗传结构分析.结果表明:采集的22份烟草样品中,TVBMV的检出率为13.64%;所获得的TVBMV贵州烟草分离物与GenBank上公布的其它42个分离物CP基因的核苷酸和氨基酸序列的一致性分别为94.1%-99.6%和93.4%~100%;基于CP氨基酸序列的系统发育分析按照地理分布将分离物划分为4个类群,聚类结果具有明显的地理分布特征;遗传多样性分析显示,受到地理分布的影响,各组TVBMV分离物均表现出较高的遗传多样性水平;种群遗传结构分析发现,负选择作用、遗传漂变和生态环境是TVBMV种群遗传变异的重要方式.研究结果为贵州烟草病毒病的防控和抗病育种提供一定的理论支持.
关键词： 烟草 烟草脉带花叶病毒 群体遗传结构 遗传变异 CP基因
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基于SNP芯片的云南玉米自交系遗传多样性和群体遗传结构分析
《南方农业学报 》 2020 北大核心 CSCD
摘要：[目的]对107个云南玉米自交系进行遗传多样性和群体遗传结构分析,为云南省玉米种质创新、遗传改良、品种管理等提供理论依据,也为今后深入挖掘优良性状相关基因打下基础.[方法]以云南当地推广的107个优良玉米自交系为供试材料,以45个我国常用玉米骨干自交系作为杂种优势群划分的参照,在Axiom?Maize56K SNP Array平台上利用玉米SNP芯片(56K)进行玉米全基因组扫描,并使用Treebest的NJ-tree模型构建系统发育进化树,利用GCTA(全基因组复杂性状分析)工具进行主成分分析,揭示其遗传多样性与群体遗传结构.[结果]从107个云南玉米自交系中检出5533个均匀分布的高质量SNP分子标记位点.基于这些SNP分子标记位点分析结果可知,107个云南玉米自交系的Nei's基因多样性指数(H)为0.2981~0.5000,平均为0.4832;多态信息含量(PIC)为0.2536~0.3750,平均为0.3662;最小等位基因频率为0.5000~0.8178,平均为0.5744.群体遗传结构分析结果显示,K=6时△K最大即供试自交系可划分为六大类群,分别为塘四平头血缘类群、PB血缘类群、335母本血缘类群、自330和旅大红骨血缘类群及2个未知类群,无自交系划分到其他杂交优势群,其中,2个未知类群共37个云南玉米自交系,未能与我国目前已知的10个杂种优势群归在一类.主成分分析结果显示,107个云南玉米自交系与45个我国常用玉米骨干自交系能明显区分,大部分云南玉米自交系集中在我国常用玉米骨干自交系附近,但少数云南玉米自交系与我国常用玉米骨干自交系距离较远.[结论]云南地区玉米种质资源遗传多样性较丰富,含有多个杂种优势群,育种亲本遗传基础丰富,与我国常用玉米骨干自交系能明显区分,且部分与骨干自交系遗传距离较远,可创建新的杂交优势群,具有良好的应用潜力.
关键词： 玉米 SNP芯片 群体遗传结构 遗传多样性 主成分分析
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