云南蔓草虫豆丛枝植原体rp基因序列分析及结构预测

王柱华; 杨子祥; 苏帆; 何孟兰; 毛清源; 万琼莲; 王连春; 蔡红; 《分子植物育种 》 2021 北大核心 CSCD

摘要：为了从亚组水平上明确云南元谋县的蔓草虫豆丛枝植原体的分类地位,本研究以rp（II）F1/rp（II）R1为引物,利用PCR对感病蔓草虫豆总DNA进行rp基因扩增。扩增产物进行序列分析和编码蛋白特性预测,并通过生物信息学软件对rp基因编码的rpl22、rps3蛋白特性进行分析。结果表明,PCR扩增测序得到1 171 bp的特异性片段,该片段包括全部rpl22基因和大部分rps3基因,两基因相互重叠,分别编码128和237个氨基酸。通过同源性比对及系统进化树分析,从亚组水平明确了蔓草虫豆丛枝植原体是16SrII-A亚组成员,且归属于rp-iii亚进化支。预测rp基因所编码的rpl22和rps3蛋白均为脂溶性蛋白,且二级结构包括螺旋、卷曲和折叠。本研究结果可为深入研究蔓草虫豆丛枝植原体蛋白跨膜运输的分子机理提供一定的理论参考。

关键词： 蔓草虫豆丛枝植原体 rp基因 序列分析 结构预测