科研产出
云南水稻种质资源的遗传多样性分析
《植物遗传资源学报 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：利用基因芯片GSR40K评估了135份来自云南不同海拔地区水稻种质资源的遗传多样性和群体结构。结果显示云南不同海拔地区水稻种质资源具有较丰富的遗传多样性，利用SNP标记进行籼粳特性分型，将种质资源分为籼稻类型、偏籼类型、中间类型、粳稻类型和偏粳类型；利用单倍型标记和功能标记鉴定了与育种相关的82个基因，结果表明135份材料都含有非落粒性相关的基因，接近70%的水稻品种含有稻瘟病抗性基因，含有抗虫基因及香味基因的品种数量较少；利用聚类和主成分分析将135份材料分成7个亚群，通过遗传分化指数GST值评估每一个标记位点在7个亚群之间的分化程度，结果表明7个亚群间存在高度的遗传分化，且135份水稻品种基因组区域上至少有0.09%的区域是完全不一样的，而有0.08%的区域是频繁交流和固定的，因此不同亚群间的基因交流频率极低。利用亚群间海拔高度的差异，分析群体间的差异基因组区域，推测可能是与海拔适应性相关。本研究结果为云南地方水稻资源的有效保护和高效利用提供科学依据。
关键词： 遗传多样性 群体结构 基因芯片 SNP标记 遗传分化
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基于ISSR标记的云南桑褐斑壳丰孢菌遗传多样性分析
《蚕业科学 》 2021 北大核心 CSCD
摘要：为明确云南省桑褐斑病病原菌桑褐斑壳丰孢菌（Phloeospora maculans）的遗传多样性及亲缘关系,采用ISSR分子标记对分离自云南省不同县市的58株桑褐斑壳丰孢菌进行遗传多样性分析。结果显示,物种水平上,Nei’s多样性指数H为0.276 3,Shnanon信息指数I为0.421 0,表明云南桑褐斑病病原菌具有丰富的遗传多样性;遗传距离分析表明,保山和曲靖的菌株种群遗传相似系数最高为0.945 0,亲缘关系最近,保山和蒙自的菌株种群遗传相似系数最低为0.870 6,亲缘关系相对较远;居群每代迁移数Nm为1.889（>1）,表明不同地理种群间存在一定的基因流动;利用NTSYS软件按UPGMA方法聚类分析,58株桑褐斑壳丰孢菌的遗传相似系数在0.69～1.00之间,当相似系数为0.73时,可将58个供试菌株分为4个类群,但菌株并没有按地理来源聚为不同的组,表明菌株之间的遗传多样性与其地理来源无明显的相关性。
关键词： 桑褐斑病 桑褐斑壳丰孢 ISSR标记 遗传多样性 遗传分化
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云南不同来源四路糯玉米waxy和tb1基因分析
《安徽农业科学 》 2020
摘要：[目的]为四路糯资源的保护、研究与开发利用特异资源提供科学依据。[方法]对8份云南不同来源的四路糯资源材料进行糯性基因waxy、分蘖基因tb1的测序及SSR分子标记分析,探讨不同来源四路糯的形成规律。[结果]试验所用糯玉米具有共同的突变类型wx-D10,即waxy基因第10外显子15-bp的缺失;检测控制分蘖的tb1基因发现,在四路糯中保留了2类不同的等位基因,并发现具有杂合基因型的植株存在;进一步利用40对SSR标记检测不同来源的四路糯,获得了27个多态性基因位点。[结论]试验所用四路糯有统一的起源,在形成后基因组内依然保留了大量多等位基因位点,由于四路糯在传播过程中发生不同等位基因的丢失,形成不同类型的四路糯。
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利用AFLP标记分析云南红花优异种质资源的遗传多样性
《山西农业科学 》 2019
摘要：在云南红花优异种质筛选研究基础上,从DNA水平分析和探讨云南优异红花种质的遗传多样性,为云南红花种质资源的保护、评价和红花新品种选育提供理论依据.利用108对AFLP标记引物及POPGENE 3.2,NTsys2.2软件对50份云南优异的红花种质资源材料,通过多态性检测、聚类分析,计算遗传距离、遗传一致度及Nei指数,揭示云南红花种质资源的遗传分化和遗传多样性.结果表明,利用AFLP标记筛选出8对引物,共扩增331条带,142条多态性带,多态位点百分率为33.42%~55.80%,平均多态性为42.42%.根据UPGMA聚类分析,在遗传相似系数0.64~0.66,把50份红花材料分为4个组,与传统形态学分类相似,但略有不同.在群体遗传分化研究中,群体总基因多态性为0.283 3,群体内基因多态性为0.157 4,其中,群体间遗传分化系数为0.444 5,总基因流为0.624 8;6个群体间的遗传一致度为0.747 9~0.909 0,条纹壳群体和抗锈病群体间的一致度最高,为0.909 0,而黄花群体和大粒群体的遗传一致度最低,为0.747 9,说明50份云南优异红花种质资源在种内遗传变异丰富.这6个群体得到的等位基因观察数分布在1.250 0~1.675 0,全部群体则达到了1.800 0.有效等位基因数分布在1.120 4~1.426 9,全部群体则达到了1.4334.Nei指数分布在0.077 1~0.251 3,其值由大到小顺序为条纹壳群体>高亚油酸群体>抗锈病群体>无刺群体>大粒群体>黄花群体.Shannon指数分布在0.120 0~0.373 8,其值由大到小为条纹壳群体>抗锈病群体>高亚油酸群体>无刺群体>大粒群体>黄花群体.说明云南红花群体具有复杂的遗传分化和丰富的遗传多样性,遗传变异主要在群体间,应注重群体保护,同时AFLP标记技术能有效地揭示红花种质资源的遗传多样性,为红花种质资源保护、品种选育及分子进化研究提供依据.
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云南省不同蚕区桑园中桑粉虱种群的遗传分化初步研究
《蚕业科学 》 2016 北大核心 CSCD
摘要：桑粉虱(Pealius mori)是云南蚕区主要的桑树害虫之一。对滇南至滇西沿线3个蚕桑区7个采样点的桑粉虱种群进行线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ基因(mt DNA COⅠ)序列分析,应用Dna SP5.0、Arlequin3.1.1.1、Network4.6软件进行桑粉虱样本的单倍型、遗传多样性、遗传分化分析。在35个样本的mt DNA COⅠ序列中,检测到23种单倍型,其中20种单倍型分别为7个种群独有;总群体的mt DNA COⅠ序列单倍型多样度(Hd)为0.966,各种群单倍型Hd介于0.700~1.000间;总群体遗传分化指数(FST)为0.747 98,基因流(Nm)为0.17。AMOVA分子变异分析表明桑粉虱的遗传变异主要来自种群间,种群内变异小于种群间变异;总群体及各种群间Tajima's D中性检验差异不显著,表明桑粉虱群体在近历史时期无群体扩张。构建的单倍型UPGMA聚类树与单倍型网络图显示,桑粉虱单倍型呈明显种群分布格局。依据研究结果初步认为:滇南至滇西沿线7个采样点的桑粉虱种群因遗传漂变产生了较大遗传分化;桑粉虱mt DNA COⅠ序列单倍型呈现明显的地理区域种群分布格局。
关键词： 桑粉虱 地理区域种群 线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ基因 遗传分化
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云南省5个雌雄异株工业大麻群体遗传结构评价
《分子植物育种 》 2015 北大核心 CSCD
摘要：为了揭示雌雄异株工业大麻品种群体的遗传结构,本研究采用RAPD和ISSR分子标记对云南省5个典型的雌雄异株工业大麻品种群体(云麻1号~云麻5号)的遗传多样性和遗传分化进行了评价。结果显示,所用的4条RAPD引物和8条ISSR引物在5个工业大麻品种群体共120个个体中扩增出74个位点,其中多态位点64个,多态率达86.5%。5个工业大麻品种总的Nei's基因多样性(He)为0.309 5,群体内Nei's基因多样性介于0.216 7~0.287 8,平均值为0.251 3,遗传多样性水平呈现出:云麻3号>云麻4号>云麻1号>云麻5号>云麻2号;群体间遗传相似系数介于0.874 9~0.925 5,群体间基因流(Nm)为2.159 5,表明5个工业大麻品种群体之间遗传同质化程度较高。5个品种群体之间遗传分化系数(Gst)为0.188,即总的遗传变异中有18.8%存在品种群体之间,人工选择使工业大麻品种间遗传分化显著大于风媒传粉植物居群间遗传分化的平均值(Gst为0.100)。本研究结果表明,雌雄异株工业大麻品种群体遗传相似性较高,加大群体内选择纯化或者使用遗传背景差异大的群体开展工业大麻品种育种具有较大潜力。
关键词： 工业大麻 遗传多样性 遗传分化 RAPD ISSR
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基于mtDNA-COⅠ的云南西花蓟马的遗传分析
《植物保护 》 2014 北大核心 CSCD
摘要：西花蓟马是我国重要的入侵害虫之一,为了解其不同地理种群的遗传分化,测定了云南6个地理种群141个个体的mtDNA-COⅠ基因片段。结果表明:在比对的433bp基因片段中,变异位点19个,共检测出5个共享单倍型,单倍型间出现了明显的遗传分化,证实了云南西花蓟马为一个复合种群。地理种群间的遗传距离较低,遗传距离与地理距离无显著相关性。各地理种群西花蓟马的遗传分化指数Fst为-0.021 19,种群间变异多为负值,表明云南西花蓟马种群遗传变异主要来自于种群内部,种群间未发生明显的遗传分化。
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三叶悬钩子自然居群遗传多样性的ISSR分析
《园艺学报 》 2012 北大核心 CSCD
摘要：利用ISSR分子标记对云南特有植物三叶悬钩子(Rubus delavayi Fanch.)的12个居群共248个个体进行了遗传多样性分析。结果表明:16个ISSR引物共扩增到199个位点,其中185个是多态性位点,占92.96%。三叶悬钩子居群具有很高的遗传多样性水平,在物种水平上平均每个位点的多态位点百分率(PPB)为97.99%,有效等位基因数(Ae)为1.427,Nei’s遗传多样性(H)为0.267,Shannon’s多态信息指数(I)为0.417;在居群水平上PPB为62.10%,Ae为1.289,H为0.177,I为0.275。居群间基因分化系数Gst=0.3351,与AMOVA分析的居群间遗传变异量占总量的33.03%相近,说明三叶悬钩子居群间存在一定程度的遗传分化。居群间遗传分化占总遗传变异的33.51%,居群内的遗传变异为66.49%,基因流(Nm)为0.9923。通过Mantel检测,居群间的遗传距离与地理距离不存在相关性。UMPGA聚类分析和二维主成分分析(PCA)结果一致。导致居群内高遗传变异水平原因主要是有限的基因流,而居群间较低的遗传多样性水平可能与生态破坏和生物入侵有关。
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海拔及细胞质背景对水稻测交群体遗传分化的影响
《生态环境学报 》 2012 北大核心 CSCD
摘要：温度是导致水稻(Oryza sativa L.)遗传分化的一个重要环境因素,而海拔是导致环境温度差异的一个重要的地理因素。水稻的雄配子即花粉粒的活性极易受环境温度的影响。研究用来自云南2 670 m海拔的粳稻地方品种小麻谷与具籼稻细胞质背景的籼粳交后代品系南34正反交产生的F1,然后将其分布种植在海拔高低相差达1 800 m的4个海拔点并与育性稳定的1个滇Ⅰ型细胞质不育系杂交产生了8个测交群体,用SSR标记检测发现海拔因素和细胞质背景都对测交群体的遗传分化产生了影响。结果表明:同一海拔产生的正反交群体(合系42A//小麻谷/南34)间的遗传多样性具有比较明显的差异。正交组合F1(小麻谷×南34)在1 860 m的海拔产生的群体的遗传多样性最高,在1 600 m的海拔产生的群体的遗传多样性最低。在反交组合F1产生的群体中,群体的遗传多样性随产生群体海拔(400 m海拔除外)的升高而降低。利用Nei′s遗传距离评价各群体间的遗传分化,正反交组合F1产生测交群体间的遗传分化均高于同一组合在不同海拔下产生的测交群体之间的遗传分化,同一组合在4个海拔产生的测交群体间的遗传分化总体趋势是随海拔差异的增加而增大。研究证实了环境温度差异及细胞质背景导致F1产生的雄配子基因型发生选择,导致雄配子基因型的遗传比例偏离孟德尔规律,影响其后代群体的遗传多样性和遗传分化。
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红泡刺藤居群的遗传多样性研究
《西北植物学报 》 2011 北大核心 CSCD
摘要：利用ISSR分子标记对红泡刺藤的12个居群共242个个体进行了遗传多样性分析。结果表明:(1)16个ISSR引物共扩增到257个位点,其中236个是多态性位点,占91.83%。(2)红泡刺藤居群具有较高水平的遗传多样性,在物种水平上,平均每个位点的多态位点百分率为97.50%,有效等位基因数为1.267,Nei’s遗传多样性为0.177,Shannon’s多态信息指数为0.296;居群水平上多态位点百分率为51.43%,有效等位基因数为1.205,Nei’s遗传多样性为0.127,Shannon’s多态信息指数为0.202。(3)居群间基因分化系数为0.281 5,AMOVA分析居群间遗传变异占总量的34.47%,二者结果相近,说明红泡刺藤居群间存在一定程度的遗传分化。居群内的遗传变异为65.53%,基因流为1.276 2。(4)Mantel检测显示居群间的遗传距离与地理距离不存在相关性。UPGMA聚类分析和二维主成分分析结果一致,红泡刺藤居群可分为2个居群组,即金沙江居群和维西居群为一个类群,其他居群为另外一大类,表明生态地理条件相似的居群优先集中。
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