科研产出
野生大麻居群遗传多样性ISSR分析的取样策略
《南方农业学报 》 2017 北大核心 CSCD
摘要：【目的】分析野生大麻居群的合理取样样本量,为全面了解我国大麻资源的遗传多样性及制定野生大麻保护策略提供参考依据。【方法】随机抽取96个辽宁科尔沁沙地野生大麻自然居群个体,采用计算机模拟方法从中随机抽取不同样本量(分别为5、10、15、20、25、30、35、40、50、60、70、80、90和96个个体)的抽样群体各20次,利用ISSR分子标记对其遗传多样性进行分析,确定合理的取样样本量。【结果】利用从60条ISSR引物中筛选出的9条引物对随机抽取的96个野生大麻个体进行PCR扩增,共获得76个位点,其中多态位点48个,多态率达63.16%,观测等位基因数(Na)为1.632,有效等位基因数(Ne)为1.250,Nei’s基因多样性指数(H)为0.156,Shannon’s信息指数(I)为0.245。由各遗传参数拟合曲线变化趋势分析结果可知,初始的4种抽样群体(分别为5、10、15和20个个体)遗传多样性水平呈急速增加趋势,之后随着样本量的加大,遗传多样性水平增加趋势明显变缓。当抽样群体样本量超过25个个体时,Na、Ne、H和I均包含了野生大麻居群90%以上的遗传变异。【结论】采用ISSR分子标记评估野生大麻群体遗传多样性时,群体取样样本量不宜小于25个个体才能较好地反映该居群总体的遗传多样性水平。
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云南省5个雌雄异株工业大麻群体遗传结构评价
《分子植物育种 》 2015 北大核心 CSCD
摘要：为了揭示雌雄异株工业大麻品种群体的遗传结构,本研究采用RAPD和ISSR分子标记对云南省5个典型的雌雄异株工业大麻品种群体(云麻1号~云麻5号)的遗传多样性和遗传分化进行了评价。结果显示,所用的4条RAPD引物和8条ISSR引物在5个工业大麻品种群体共120个个体中扩增出74个位点,其中多态位点64个,多态率达86.5%。5个工业大麻品种总的Nei's基因多样性(He)为0.309 5,群体内Nei's基因多样性介于0.216 7~0.287 8,平均值为0.251 3,遗传多样性水平呈现出:云麻3号>云麻4号>云麻1号>云麻5号>云麻2号;群体间遗传相似系数介于0.874 9~0.925 5,群体间基因流(Nm)为2.159 5,表明5个工业大麻品种群体之间遗传同质化程度较高。5个品种群体之间遗传分化系数(Gst)为0.188,即总的遗传变异中有18.8%存在品种群体之间,人工选择使工业大麻品种间遗传分化显著大于风媒传粉植物居群间遗传分化的平均值(Gst为0.100)。本研究结果表明,雌雄异株工业大麻品种群体遗传相似性较高,加大群体内选择纯化或者使用遗传背景差异大的群体开展工业大麻品种育种具有较大潜力。
关键词： 工业大麻 遗传多样性 遗传分化 RAPD ISSR
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云南泸定百合遗传多样性的表型与ISSR分析
《西北植物学报 》 2013 北大核心 CSCD
摘要：用表型变异分析并结合ISSR分子标记对云南境内10个泸定百合(Lilium sargenttiae)居群进行遗传多样性分析。结果显示:(1)云南10个泸定百合居群的7个表型性状的居群间F值在3.26～19.1之间,表型的居群间差异均达到显著或极显著水平;平均表型分化系数为71.22%,居群间变异(59.92%)大于居群内变异(23.42%),说明居群间表型变异是泸定百合居群变异的主要来源。(2)13个ISSR引物共检测到248个多态位点,物种水平上多态位点率98.80%,Nei’s多样性指数和Shannon多样性指数分别为0.265 5和0.413 1;居群内基因多样度(Hs)为0.175 7,居群间基因分化系数(Gst)0.336 7,Mantel检验显示泸定百合居群在地理距离和遗传距离间具有显著相关性(r=0.804 4,P=0.009 9)。研究表明,云南泸定百合的居群间表型和分子水平均具有较高的遗传多样性,居群间的遗传分化较大,并且分化趋势具有明显的地域性。因此,可选择迁地种植对泸定百合进行有效保护。
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悬钩子属野生种及品种亲缘关系的ISSR分析
《西南农业学报 》 2013 北大核心 CSCD
摘要：利用ISSR分子标记方法,对39份悬钩子属(Rubus L.)野生种或变种及17份栽培品种进行分析,探讨这56份材料间亲缘关系的远近。通过试验从35个引物中筛选出12个能扩增出清晰带型并具多态性的引物,共扩增出166条DNA片段,分子量在250～2300 bp之间,平均每条引物扩增出13.83条DNA片段,多态性比率为96.33%,然后采用NTSYS-pc软件和UPGMA法构建了系统树。聚类分析结果将野生种分成5大类群,其中15份栽培品种包含在内,而有2份栽培品种(酷它它和宝森)另成一类,区别于其他54份材料。试验认为ISSR分子标记技术适合作悬钩子属植物组间亲缘关系的分析。
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三叶悬钩子自然居群遗传多样性的ISSR分析
《园艺学报 》 2012 北大核心 CSCD
摘要：利用ISSR分子标记对云南特有植物三叶悬钩子(Rubus delavayi Fanch.)的12个居群共248个个体进行了遗传多样性分析。结果表明:16个ISSR引物共扩增到199个位点,其中185个是多态性位点,占92.96%。三叶悬钩子居群具有很高的遗传多样性水平,在物种水平上平均每个位点的多态位点百分率(PPB)为97.99%,有效等位基因数(Ae)为1.427,Nei’s遗传多样性(H)为0.267,Shannon’s多态信息指数(I)为0.417;在居群水平上PPB为62.10%,Ae为1.289,H为0.177,I为0.275。居群间基因分化系数Gst=0.3351,与AMOVA分析的居群间遗传变异量占总量的33.03%相近,说明三叶悬钩子居群间存在一定程度的遗传分化。居群间遗传分化占总遗传变异的33.51%,居群内的遗传变异为66.49%,基因流(Nm)为0.9923。通过Mantel检测,居群间的遗传距离与地理距离不存在相关性。UMPGA聚类分析和二维主成分分析(PCA)结果一致。导致居群内高遗传变异水平原因主要是有限的基因流,而居群间较低的遗传多样性水平可能与生态破坏和生物入侵有关。
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滇西北部分悬钩子属植物亲缘关系的ISSR分析
《西北农业学报 》 2011 北大核心 CSCD
摘要：利用ISSR分子标记研究滇西北39种悬钩子属植物的亲缘关系,从100个引物中筛选出12个能扩增出清晰带型并具多态性的引物,共扩增出166条DNA片段,片段大小为259~2 300 bp,平均每条引物扩增出13.83条DNA片段,多态性比率为95.78%。利用NTSYS-pc软件计算39种悬钩子属植物种间的Nei’s距离,并用UPGMA法构建系统树。结果表明,39份供试材料明显聚为5大类:即空心莓组、木莓组、刺毛莓组、矮生莓组和葡匐莓组,与形态学的分类结果基本一致。39个悬钩子属植物种间的遗传距离为0.452 8~0.941 1,说明滇西北悬钩子植物在DNA分子水平上具有丰富的遗传多样性。另外,UPGMA聚类结果表明,形态学分类上的同组不同种间具有较近的亲缘关系,不同组的种间具有复杂的遗传差异。
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应用ISSR标记对茶树新品种佛香茶亲本的鉴定
《西北农业学报 》 2011 北大核心 CSCD
摘要：为了明确佛香茶新品种的亲本来源,应用ISSR标记技术对佛香茶及其拟似亲本共15份材料进行亲缘关系分析。18个引物共扩增出235个位点,其中198个位点呈现多态性,多态性为84.25%,表明15个品种间遗传基础较窄。品种间相似系数变幅为0.580~0.860,平均0.724。相似系数分析表明,佛香1号、云抗10号和福鼎大白茶的相似系数比较一致;佛香2号、佛香4号、云抗14号、福鼎大白茶的相似系数较一致;而佛香3号、佛香5号、长叶白毫、福鼎大白茶的相似系数基本一致。UPGMA聚类则将佛香茶与云抗10号、长叶白毫、云抗14号、福鼎大白茶聚在一起。主成分分析显示,佛香1号与云抗10号距离较近;佛香2号、佛香4号、云抗14号之间距离较近;佛香3号、佛香5号、长叶白毫之间距离较近;而福鼎大白茶则处于中心位置,表明福鼎大白茶为佛香茶亲本之一。ISSR标记分析结果明确了佛香茶的亲本来源:佛香1号的亲本是云抗10号与福鼎大白茶;佛香2号、佛香4号的亲本是云抗14号与福鼎大白茶;佛香3号、佛香5号的亲本是长叶白毫与福鼎大白茶。
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红泡刺藤居群的遗传多样性研究
《西北植物学报 》 2011 北大核心 CSCD
摘要：利用ISSR分子标记对红泡刺藤的12个居群共242个个体进行了遗传多样性分析。结果表明:(1)16个ISSR引物共扩增到257个位点,其中236个是多态性位点,占91.83%。(2)红泡刺藤居群具有较高水平的遗传多样性,在物种水平上,平均每个位点的多态位点百分率为97.50%,有效等位基因数为1.267,Nei’s遗传多样性为0.177,Shannon’s多态信息指数为0.296;居群水平上多态位点百分率为51.43%,有效等位基因数为1.205,Nei’s遗传多样性为0.127,Shannon’s多态信息指数为0.202。(3)居群间基因分化系数为0.281 5,AMOVA分析居群间遗传变异占总量的34.47%,二者结果相近,说明红泡刺藤居群间存在一定程度的遗传分化。居群内的遗传变异为65.53%,基因流为1.276 2。(4)Mantel检测显示居群间的遗传距离与地理距离不存在相关性。UPGMA聚类分析和二维主成分分析结果一致,红泡刺藤居群可分为2个居群组,即金沙江居群和维西居群为一个类群,其他居群为另外一大类,表明生态地理条件相似的居群优先集中。
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20个云南无性系茶树良种的DNA指纹图谱构建
《热带作物学报 》 2011 CSCD
摘要：以20个云南无性系茶树良种为材料,选用7对多态性丰富、品种区分率高、易统计的ISSR引物对茶树良种进行分析。结果显示,7对ISSR引物共扩增出110条带,其中多态带93个,多态条带比例为84.54%,多态信息量平均为0.417,品种相似性系数在0.574~0.854之间,其中引物UBC835,ISSR2不仅多态性丰富,且单个引物就可区分所有品种,是最有效的核心引物;7对核心引物两两组合的效率分析表明,UBC835/UBC811、ISSR2/UBC835和UBC835/ISSR3是高效引物组合,可以完全有效区分所有品种,且品种相似性系数较低;同时使用15个地方品种验证3个高效引物组合,结果表明,UBC835/ISSR2是最佳引物组合,不仅能有效区分所有云南无性系茶树良种,而且能将云南无性系良种与15个地方品种最有效地区分开。使用品种的国家地区代码、育种单位英文缩写、核心引物名称和分子数据组成云南无性系茶树良种的DNA指纹图谱,不仅包含了品种的重要信息,而且其中的分子数据可用作茶树品种的真伪鉴定和遗传关系分析,为茶树品种的知识产权保护提供有效的科学依据。
关键词： 云南无性系茶树良种 ISSR DNA 指纹图谱 构建
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云南不同土壤铅背景值下大叶茶种群对铅的吸收积累特征及其遗传分化
《生态学报 》 2011 北大核心 CSCD
摘要：在具有不同土壤铅(Pb)背景值的云南大叶茶主产区,分析了11个大叶茶种群所在地的土壤Pb含量,相应各种群的老、嫩叶Pb含量和富集系数,并利用ISSR分子标记研究了这些种群的遗传特征,以期认识不同大叶茶种群在不同Pb背景值下对Pb的吸收积累特征及其遗传分化状况。结果表明:(1)在本研究区域内,大叶茶种群间土壤Pb含量、老叶和嫩叶Pb含量、富集系数差异显著,土壤有效Pb、嫩叶Pb含量分别在0.78—15.20mg/kg和2.03—7.02 mg/kg之间,嫩叶Pb富集系数变化范围为0.001—0.24;种群内差异小,例如P6种群内嫩叶Pb含量在2.82—2.84 mg/kg之间,嫩叶Pb富集系数变幅为0.09—0.10。(2)筛选的10个ISSR引物扩增出81条带,平均多态位点百分率(PPB)为75.25%;Shannon's指数(I)估算出种群间的变异为34.28%,利用POPGENE软件计算出种群间遗传分化系数GST为0.3116,分子方差分析(AMOVA)也显示种群间变异占35.37%(P<0.001),表明不同种群的大叶茶出现了遗传分化。(3)UPGMA聚类分析发现,11个种群可分为5个类群,对Pb吸收累积能力高的与能力低的种群在聚类分析中存在明显分异;相关性分析表明,土壤有效Pb含量与PPB、Ⅰ、Nei's基因多样性指数(H)的Pearson相关系数r分别为-0.633,-0.786,-0.581(P<0.05),土壤有效Pb含量与大叶茶种群遗传多样性水平程度不同呈负相关。讨论分析认为,在土壤Pb高背景值条件下,部分大叶茶种群遗传多样性水平降低,不同种群对Pb的吸收累积能力存在明显差异,种群间出现了显著的遗传分化。对低铅富集的遗传分化现象的深入研究将可能为遴选拒吸收污染物的洁净种质、在污染条件下进行无公害生产提供新途径。
关键词： 云南大叶茶 铅 吸收累积 ISSR 遗传多样性 遗传分化
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