科研产出
干旱胁迫下小粒咖啡SNP位点与可变剪接分析
《中国农业科技导报(中英文) 》 2025 北大核心 CSCD
摘要：为丰富小粒咖啡的SNP(single nucleotide polymorphism)位点，并阐明可变剪接（alternative splicing,AS）事件在小粒咖啡响应干旱胁迫中的作用，以小粒咖啡‘Catimor’为供试材料，分别进行7和14 d的干旱胁迫处理，利用RNA-seq技术结合生物信息学方法对小粒咖啡抗旱相关SNP位点和AS事件进行统计分析。结果表明，在所有样品中共鉴定到265 047个SNP位点，转换率和颠换率分别为60.72%和39.28%，分布于11条染色体，其中2号染色体上的SNP最多。位于基因外显子和内含子的SNP位点分别为110 582和100 936个。对SNP位点序列注释发现，SNP位点主要富集于氨基酸合成、运输及碳代谢等方面。AS事件分析表明，在干旱0 d与干旱7 d、干旱7 d与干旱14 d的比较中，分别鉴定到3 809、4 142个差异AS，其中外显子跳跃（skipped exon,SE）是最主要的剪接方式，这些发生AS事件的基因主要与剪接体、mRNA监控等途径显著关联。经差异表达基因与AS基因的比较分析，筛选出LOC113699257、LOC113712703、LOC113741326、LOC113730764共4个在干旱胁迫下持续显著上调的剪接因子，这些因子可能在调控咖啡响应干旱胁迫或根系发育中发挥重要作用。以上研究结果为进一步揭示小粒咖啡响应干旱胁迫的分子机制奠定了基础。
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马铃薯晚疫病数量抗性相关基因的SNP位点检测与抗病育种值分析
《植物遗传资源学报 》 2025 北大核心 CSCD
摘要：马铃薯晚疫病数量抗性受微效多基因控制，通过表型评价选择效率低下。为创制马铃薯数量抗性种质资源，本研究选用8个亲本材料杂交构建了9个杂交群体，在基于离体叶片抗性鉴定评价晚疫病抗性的基础上，结合SNP位点检测进行分子辅助选择。基于数量抗性基因PCR产物测序，检测了60个抗、感杂交后代材料8个数量抗性基因的19个单核苷酸多态性（SNP）位点，结果表明StAOS2-SNP691、StAOS2-SNP692、StGP28-SNP794、PLOX1-SNP8344有利等位基因与抗性存在正向关联，杂交后代群体中抗病材料的有利等位基因纯合基因型占比为9.56%，高于后代群体中的感病材料（5.65%），同时高于亲本材料（7.89%），联合8个基因19个SNP标记的系统发育分析可将60份材料聚类为3个抗病分支和3个感病分支。结合表型、育种系谱和数量抗性基因分子标记计算与抗晚疫病相关的育种值，筛选出育种值高且具有有利等位基因纯合基因型的PC2312-3、PC2312-15、PC2313-19等优异单株，为马铃薯数量抗性群体遗传改良提供了材料。
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