科研产出
基于SSR的云南野生猕猴桃种质资源亲缘关系分析
《中国农学通报 》 2024 CSCD
摘要：为探讨云南猕猴桃属种质资源的亲缘关系,采用SSR分子标记方法对70份云南野生猕猴桃种质资源的亲缘关系进行分析.UPGMA聚类分析结果表明,70份猕猴桃种质资源在遗传相似系数0.17水平上可分为4个类群,类群Ⅰ共6份材料,包括滇东南麻栗坡的中越猕猴桃MLP001和MLP010、西畴的中越猕猴桃TSH-1和TSH-4,以及滇南屏边的中越猕猴桃PB001和PB005;类群Ⅱ共31份材料,主要包括滇东北的18份材料,滇西北的3份紫果猕猴桃TC-8、TC-1、TC-10,以及5份贡山猕猴桃CJ-11、CJ-13、CJ-7、CJ-3、CJ-2;类群Ⅲ共14份材料,主要包括滇东北的10份美味猕猴桃和中华猕猴桃系列材料,滇东的JZS-5、JZS-9及JZS-7,以及滇东南西畴的黄毛猕猴桃XPS-1;类群Ⅳ共19份材料,主要包括滇东北的16份材料,滇东南西畴的京梨猕猴桃XCFD-1及革叶猕猴桃XCFD-3,果实无被毛且果皮带斑点,果实较小,与其他类群具有较远的亲缘关系.SSR分子标记反映了云南猕猴桃属70份种质资源间的遗传亲缘关系,其中一些材料按种类、资源分布地及形态学性状特征形成明显有规律的聚类关系.
关键词： 野生猕猴桃 亲缘关系 云南 种质资源 SSR分子标记
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抗根肿病大白菜材料SSR分子标记的初步筛选
《农学学报 》 2023
摘要：为了明确抗根肿病大白菜材料CCR12049中的抗病基因,进一步开发分子标记.以高抗根肿病的高代自交系大白菜CCR12049、高感根肿病的高代自交系大白菜CM12081、CCR12049和CM12081杂交得到的F1及F1自交构建的F2分离群体为试材,通过人工接种鉴定、聚丙烯酰胺凝胶电泳和序列比对.结果显示,该抗病材料中的根肿病抗性由显性单基因控制;36对引物在2个亲本和F1中初步筛选出4对有多态性的引物,在F2中进一步验证,发现只有1对(cr-26)在F2中的扩增结果与表型鉴定一致;2个亲本及F1的PCR产物测序比对发现,在95~111 bp这个位置,抗病亲本和F1的序列完全相同,但是感病材料在这个位置出现了17个碱基(TCTCTATCTCTTACGCA)的缺失.可以推断抗病材料可能是由于这17个碱基的插入从而表现出抗病性,该标记可以将抗感材料区分开,该标记可以作为一个初步筛选白菜抗根肿病的SSR分子标记来利用.
关键词： 大白菜 根肿病 SSR分子标记 遗传规律 序列比对
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云南同名地方稻种资源主要表型性状及遗传变异的比较分析
《南方农业学报 》 2022 北大核心 CSCD
摘要：[目的]比较分析云南同名地方稻种资源主要表型性状及遗传变异,为云南地方稻种质资源的保存、研究及利用提供科学依据.[方法]以133份云南同名地方稻种资源为材料,将同名或相似名资源划为1组,共分为11组,调查其13个表型性状,计算各组同名地方稻种资源的欧式距离,利用非加权配对平均法(UPGMA)对供试资源进行聚类分析,并结合SSR分子标记进行遗传多样性分析.[结果]133份云南同名地方稻种资源13个表型性状在11组内均存在不同程度的变异,变异系数为3.74%(J组的谷粒长)~82.96%(C组的每穗实粒数),且在各组同名地方稻种资源间均存在差异显著(P?0.05)或极显著(P?0.01)的表型性状.11组同名地方稻种资源间表型性状的欧氏距离差异明显,分别为1.63(G4与G7)~10.45(A5与A21),在欧式距离为1.95时,133份同名地方稻种资源被聚为八大类群.48个SSR标记在133份云南同名地方稻种资源中共检测到395个多态性位点,各标记扩增出的等位基因数为2(RM5622)~16(RM2851)个,平均为8.23个;48个SSR标记在11组同名地方稻种资源中检测到的等位基因数为154个(K组)~263个(A组).48个SSR标记的主要等位基因频率、基因多样性指数及多态信息含量(PIC)差异较大,主要等位基因频率为0.1617~0.7970,平均为0.3332,基因多样性指数为0.3562~0.9054,平均为0.7704,PIC为0.3388~0.8977,平均为0.7419.11组同名地方稻种资源的SSR分子标记遗传相似系数差异明显,为0.4545~0.9040,在遗传相似系数0.1400处可将133份资源分为七大类群.[结论]云南同名地方稻种资源的多样性丰富,经表型性状和SSR分子标记鉴定133份同名地方稻种资源中并未出现重复资源,两种鉴定方法得到的结果既有一定的联系,又有一些差异.所用标记的多态性丰富,具有区分云南同名地方稻种资源的能力,可用于云南水稻种质资源鉴别.
关键词： 云南同名地方稻 种质资源 表型性状 SSR分子标记
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中国南方地区水稻资源SSR指纹数据库的构建及遗传多样性分析
《分子植物育种 》 2020 北大核心 CSCD
摘要：本研究利用SSR分子标记构建了中国南方地区100份水稻资源的SSR指纹图谱身份证并对其进行遗传分析.22对引物共检测到161个等位基因,每对标记检测到2~14个等位基因数(Na),平均每对引物为7.318 2个,多态性信息含量(PIC)为0.269 8~0.859 6,平均0.671 6;根据所用引物扩增条带的缺失情况、引物间的相似性并结合ID Analysis软件分析结果,筛选出RM17、RM21、RM241、RM542、RM5608及RM6371共6对引物,并利用这6对引物构建了可区分100份水稻资源的SSR指纹图谱身份证.结果表明,云南水稻资源在6个省份中遗传多样性水平最高,而广东水稻资源的遗传多样性水平相对较低;对南方地区水稻资源的遗传分化分析发现100份水稻资源的基因流(Nm)为1.637 1>1,表明南方地区水稻资源间存在一定程度的基因交流现象;Structure群体遗传结构分析、PCA主成分分析及UPGMA聚类分析将所有的供试材料分为3大类群,6个省份的水稻资源中除广东和四川的资源按来源聚在一个类群中,其它省份的水稻资源分布于不同的类群中.研究表明,南方地区不同省份水稻资源间的遗传差异较大,构建的南方地区水稻资源SSR指纹图谱身份证及遗传分析的结果可为中国南方地区水稻资源的品种鉴别及遗传差异提供分子水平上的依据.
关键词： 南方地区水稻资源 SSR分子标记 SSR指纹图谱身份证 遗传分析 遗传多样性
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云南水稻种质资源的遗传多样性及群体结构分析
《西北农业学报 》 2019 北大核心 CSCD
摘要：利用SSR分子标记对覆盖云南16个州(市)的908份水稻种质资源进行遗传多样性及群体结构分析。结果表明,22对SSR标记共检测到193个等位基因,每对标记的等位基因数为4～18,平均8.78;主要等位基因的频率为0.204 8～0.794 1,平均0.380 3;基因多样性指数为0.347 7～0.887 6,平均0.730 7;多态信息含量为0.320 2～0.877 7,平均0.698 6。以地理来源进行分类并分析其遗传多样性,结果表明,云南水稻种质资源在不同州(市)间的遗传差异较大,其中普洱市水稻种质资源的多态性位点数、多态性位点百分率、观测等位基因数、有效等位基因数、Nei’s遗传多样性及Shannon’s指数最高,而迪庆州和楚雄州相对较低,说明普洱市水稻种质资源的遗传多样性最丰富,而迪庆州和楚雄州相对较低;遗传距离和遗传一致度分析表明,普洱市与西双版纳州水稻种质资源的遗传距离最小、遗传一致度较高,亲缘关系最近,而昆明市与楚雄州水稻种质资源的遗传距离最大、遗传一致度较低,亲缘关系最远。遗传分化分析显示,908份水稻种质资源的遗传变异主要来源于种质内个体间,且种质间的基因流为2.838 8,该值大于1,说明云南水稻种质资源间存在频繁的基因交流现象;NJ聚类分析、PCA主成分分析及Sturcture群体遗传结构分析均将供试材料分为2大类群,其中NJ聚类分析和PCA分析又在2大类群的基础上分为4个亚群,908份云南水稻种质资源并没有按照地理来源进行聚类,交错分布于各个类群中。表明云南水稻种质资源具有极其丰富的遗传多样性,且不同州(市)水稻种质资源的遗传差异较大,将为今后水稻新品种选育提供宝贵的资源材料。
关键词： SSR分子标记 云南 水稻种质资源 遗传多样性 群体结构
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云粳系列水稻品种分子身份证的构建
《江苏农业学报 》 2018 北大核心 CSCD
摘要：采用SSR分子标记技术建立云南省163个粳稻品种指纹图谱,针对云粳系列水稻品种进行二次引物筛选,筛选出最佳引物组合,构建35个云粳系列水稻品种的分子身份证。利用30对SSR多态性引物,对35个云粳系列水稻品种进行等位基因多样性和聚类分析。共检测到等位基因133个,每对引物检测到的等位基因数为1～9个之间,平均为4个。基因多样性指数变异范围为0～0. 74,平均为0. 40;多态信息含量(PIC)的变异范围为0～0. 72,平均为0. 36。根据引物扩增等位基因数和多态信息含量(PIC)指数,从1对引物开始逐步增加引物数量筛选可将供试材料全部区分的引物组合,最终确定5对核心引物可以区分全部供试品种。基于供试品种5个SSR位点指纹图谱的编码和品种商品信息,构建云粳系列水稻品种分子身份证,使每份种质具有可辨的分子身份证,达到了利用最少引物区分云粳系列水稻品种的目的。
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利用与抗稻瘟病基因Pil连锁的MRG4766标记鉴定173份云南地方稻种
《分子植物育种 》 2012 北大核心 CSCD
摘要：稻瘟病是世界上危害最严重的水稻病害之一,鉴定与发掘抗稻瘟病种质资源是抗稻瘟病育种的重要基础工作.本研究利用与抗稻瘟病基因Pil连锁的SSR引物MRG4766对173份云南地方稻种抗性基因Pil进行了检测,并选择其中30个材料进行了人工接种验证.结果表明,人工接种验证与分子鉴定结果完全相符,说明SSR引物MRG4766用于鉴定抗稻瘟病基因Pil是可行的.分子标记检测表明,供试的173份材料中有64份含有抗稻瘟病基因Pil,占36.99%;其中102份籼稻中有33份含有该基因,占32.35%,而71份粳稻中有31份含有该基因,占43.66%,粳稻含有抗稻瘟病基因Pil的比例比籼稻要高.检测到含有Pil基因的种质材料分布在云南省11个州市29个县(市),分布范围较为广泛.南部边缘水陆稻区分布频率为41.03%,滇南单双季籼稻区分布频率为32.69%,滇中一季粳稻籼稻区分布频率为35.29%、滇东北高原粳稻区为35.29%、滇西北高原粳稻区33.33%.
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利用与抗稻瘟病基因Pi1连锁的MRG4766标记鉴定173份云南地方稻种
《分子植物育种 》 2012 CSCD
摘要：稻瘟病是世界上危害最严重的水稻病害之一,鉴定与发掘抗稻瘟病种质资源是抗稻瘟病育种的重要基础工作。本研究利用与抗稻瘟病基因Pi1连锁的SSR引物MRG4766对173份云南地方稻种抗性基因Pi1进行了检测,并选择其中30个材料进行了人工接种验证。结果表明,人工接种验证与分子鉴定结果完全相符,说明SSR引物MRG4766用于鉴定抗稻瘟病基因Pi1是可行的。分子标记检测表明,供试的173份材料中有64份含有抗稻瘟病基因Pi1,占36.99%;其中102份籼稻中有33份含有该基因,占32.35%,而71份粳稻中有31份含有该基因,占43.66%,粳稻含有抗稻瘟病基因Pi1的比例比籼稻要高。检测到含有Pi1基因的种质材料分布在云南省11个州市29个县(市),分布范围较为广泛。南部边缘水陆稻区分布频率为41.03%,滇南单双季籼稻区分布频率为32.69%,滇中一季粳稻籼稻区分布频率为35.29%、滇东北高原粳稻区为35.29%、滇西北高原粳稻区33.33%。
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云南割手密82-114种间杂交后代SSR分子标记鉴定
《植物遗传资源学报 》 2009 北大核心 CSCD
摘要：针对云南割手密82-114(简称云割82-114)丰产、强生势的种质特性,利用福州果蔗(百眉蔗)×云割82-114获得99-67,利用99-67与云瑞99-248杂交获得03-1、03-3、03-12、03-16等18个杂交后代,利用03-16与ROC10杂交获得04-65,利用03-12与云瑞03-122杂交获得04-66等优良创新种质。SSR分子标记鉴定表明:99-67及03-5、03-7、03-10、03-13、03-15是真杂种,为甘蔗新品系的选育提供优良的创新种质。
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基于SSR分子标记分析云南月季种质资源亲缘关系(英文)
《西北植物学报 》 2009 北大核心 CSCD
摘要：利用简单重复序列SSR(simple sequence repeat)标记技术对48份月季种质资源(包括14份野生种、20份古老月季品种和14份栽培品种)的遗传多样性和亲缘关系进行了分析。结果表明,(1)18对SSR引物在18个SSR位点上共检测到160个等位基因,每一位点的等位基因变幅为6~13个,平均8.9个,材料间遗传相似系数变化范围为0.157 8~0.754 9,表明在分子水平上云南月季种质资源具有丰富的遗传多样性。(2)聚类分析结果显示,在相似系数为0.44处,可将14个野生种明显分为6个组,这与植物形态学分类结果上基本一致;在遗传相似系数为0.40水平上将48份供试材料分为八大组群。(3)亲缘关系分析结果显示,5个野生种和所有古老月季品种与大多数栽培品种的亲缘关系较近。
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