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关键词:实时荧光定量PCR(模糊匹配)
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枯萎病菌胁迫下3种黑籽南瓜HQRGA2表达及抗氧化酶活性差异分析

植物生理学报 2019 北大核心 CSCD

摘要:以云南栽培的3个黑籽南瓜(Cucurbita ficifolia)品种(白皮、花皮和绿皮品种)为试材,在室内接种评价枯萎病抗性基础上,研究了3种材料受枯萎病菌胁迫后NBS抗病基因同源序列HQRGA2(GenBank登录号MG946756)的表达差异,以及活性氧产生和抗氧化酶活性差异。结果显示,3种黑籽南瓜HQRGA2的表达均受枯萎病菌诱导,与感病白皮品种和中抗花皮品种相比,抗病绿皮品种HQRGA2的表达水平增加迅速且持续能力强,呈增加-降低的表达特点。接种枯萎病菌后,感病品种和中抗品种■产生速率呈上升趋势,抗病品种则在侵染中后期急剧升高。感病品种和中抗品种的POD活性、MDA含量主要呈升-降-升的变化趋势,SOD活性则主要呈先升后降的变化趋势;而抗病品种的POD和SOD活性变化平稳,MDA含量呈逐步增加的趋势。枯萎病抗性与侵染早期POD和SOD活性呈负相关,与后期MDA含量呈正相关,而CAT活性与抗性并无一致性,感病品种和抗病品种的变化平稳,中抗品种表现为平稳-升高。由此表明,枯萎病菌侵染黑籽南瓜后,产生了较高水平的■,感病品种主要依赖SOD和POD,中抗品种依赖POD、SOD和CAT来清除活性氧,以增加植株的抗氧化能力。与感病品种相比,抗病品种能迅速启动并维持NBS类抗病基因序列的高量表达,其抗氧化酶可维持较高的活性水平,但对枯萎病菌胁迫不敏感。

关键词: 黑籽南瓜 枯萎病 NBS类基因 qRT-PCR 抗氧化酶

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黑籽南瓜中NBS类抗病基因同源序列的克隆与表达分析

农业生物技术学报 2018 北大核心 CSCD

摘要:黑籽南瓜(Cucurbita ficifolia)是云南特有的对病害有较强抗性的一种瓜类作物。为发掘利用其蕴含的优异抗病基因资源,本研究根据已克隆到的植物核苷酸结合位点(nucleotide binding site,NBS)类抗病基因的保守氨基酸结构域基因设计简并引物,通过PCR扩增从黑籽南瓜基因组中分离了8条黑籽南瓜抗病基因同源序列(resistance gene analogous,RGAs),聚类分析和相似性比较结果显示,黑籽南瓜抗病基因同源序列2(black seed squash resistance gene analogous 2,HQRGA2(Gen Bank No.:MG946756)单独为一类,且具有核苷酸结合衔接子(nucleotide-binding adaptor shared by APAF-1,R proteins and CED-4;NBARC)结构,其余7条序列均不具有NBS保守结构域。核苷酸相似性分析表明,HQRGA2与部分抗病基因序列的相似性达到87%~99%,其中与南瓜(Cucurbita maschata)NBS类抗病蛋白基因13(squash resistance gene analogous,SQRGA-13)和SQRGA-8的相似性分别达到98.0%和97.0%。对HQRGA2编码的氨基酸保守结构域分析表明,其含有NBS类抗病基因的4个保守模块:P-loop、Kinase-2、Kinase-3a和GLPL区,且属于无Toll蛋白或白介素1受体类似的NBS富亮氨酸重复(non toll/interleukin-1 receptor like of NBS plus leucine-rich region,non-TIR-NBS-LRR)类抗病基因同源序列。HQRGA2编码氨基酸的同源性分析结果表明,其与南瓜抗病蛋白基因SQRGA-13氨基酸同源性较高,达到96.6%,与其余抗病基因同源性在16.6%~43.8%之间,NBS区域氨基酸系统进化树分析结果表明,HQRGA2可能是一个新的抗病基因片段。q RTPCR分析表明,黑籽南瓜HQRGA2片段的表达受尖孢镰刀菌(Fusarium oxysporum)的胁迫诱导,表现出先扬后抑的表达模式,说明HQRGA2可能为抗病相关基因片段。黑籽南瓜中NBS类抗病基因同源序列HQRGA2的获得为分离克隆其完整抗病基因提供了新线索。

关键词: 黑籽南瓜 核苷酸结合位点(NBS)类基因 保守结构域 qRT-PCR

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番茄环纹斑点病毒(TZSV)实时荧光定量PCR检测方法的建立

山东农业科学 2017

摘要:本研究根据番茄环纹斑点病毒(Tomato zonate spot virus,TZSV)保守N基因(Gen Bank登录号:13YV639)设计一对特异性引物,通过优化反应条件和反应体系,构建了TZSV的SYBR Green RT-qPCR检测方法。该方法稳定可靠,组内和组间的变异系数都小于2%;标准曲线的斜率和相关系数分别为-3.39和0.996,扩增效率为97.44%;最低能检测到1.07×10~4copies/μL的阳性质粒,灵敏度为常规PCR的1 000倍。同时利用构建的RT-qPCR方法检测TSWV、TNSa V、PCSV和TZSV四种病毒,只有TZSV有特异扩增曲线,表明该方法特异性良好。本研究构建的RT-qPCR方法能够为TZSV的早期预警与动态监测提供可靠的技术支撑。

关键词: 番茄环纹斑点病毒 实时荧光定量PCR 检测方法

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岩白菜实时荧光定量PCR分析的内参基因的筛选

基因组学与应用生物学 2017 北大核心 CSCD

摘要:本研究为筛选在岩白菜中稳定表达的内参基因,以用于岩白菜实时荧光定量PCR研究,以岩白菜的幼叶、成熟叶、叶柄、根、一年生根状茎和二年生根状茎为材料,采用实时荧光定量PCR技术比较了GAPDH、18S rRNA、β-actin、TUA、UBQ5和TUB等6个候选内参基因的表达情况,并经Ge Norm、Norm Finder和Best Keeper等3种软件分析,分析表明6个候选内参基因在岩白菜不同器官中的表达情况存在差异,其中GAPDH和18S rRNA的表达都较为稳定,可作为岩白菜实时荧光定量PCR分析的内参基因。

关键词: 岩白菜 实时荧光定量PCR 内参基因

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1-脱氧野尻霉素对家蚕中肠BmSuc1基因表达及其酶活性的影响

江苏农业科学 2016 北大核心

摘要:为研究1-脱氧野尻霉素(1-deoxynojirimycin,简称DNJ)对家蚕中肠BmSuc1基因表达及其酶活性的影响,以5龄第3天家蚕为试验材料,经口添食不同剂量的生物碱DNJ,采用实时荧光定量PCR方法检测中肠BmSuc1的表达情况,同时测定β-呋喃果糖苷酶的活性。结果表明,添食不同剂量的DNJ均能引起BmSuc1基因在添食6、9 h出现上调表达,但相对表达量有一定差异,添食4μg/头的处理组在添食6、9 h基因的相对表达量分别是对照组的1.9、2.9倍,添食2μg/头的处理组在添食6、9 h基因的相对表达量分别仅为对照组的1.5、1.8倍。另外,添食4μg/头的处理组β-呋喃果糖苷酶活性在添食6、9、12 h显著高于对照组,而添食2μg/头的处理组酶活性仅在添食6、9 h显著高于对照组。由结果可知,酶活性变化与基因的转录表达规律基本一致。

关键词: 家蚕 DNJ BmSuc1 β-呋喃果糖苷酶 实时荧光定量PCR

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饥饿对家蚕DefensinA和DefensinB表达水平的影响

西南农业学报 2016 北大核心 CSCD

摘要:通过不同时间饥饿处理5龄3 d家蚕,采用实时荧光定量PCR检测脂肪体DefensinA和DefensinB表达情况。结果显示,家蚕饥饿处理8,16,24 h后,DefensinB表达量均呈现上调趋势,其中饥饿16 h时DefensinB表达量上调最为明显,而DefensinA几乎无上调表达趋势。结果说明饥饿胁迫能诱导抗菌肽基因DefensinB的表达。

关键词: 家蚕 饥饿 DefensinA和DefensinB 实时荧光定量PCR

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甘蔗独脚金内酯生物合成基因ScCCD8的克隆与表达分析

中国农业科学 2016 北大核心 CSCD

摘要:【目的】克隆甘蔗的Sc CCD8,分析其序列特征并预测其功能,研究在甘蔗不同组织部位、不同胁迫处理条件以及不同生长时间点ScCCD8的表达情况,为该基因在甘蔗基因工程育种中的应用提供理论支撑。【方法】以NCBI中检索的甘蔗CCD8同源片段EST序列为模板设计引物,扩增甘蔗CCD8的片段,采用RACE和RT-PCR技术分别从甘蔗品种新台糖22号中克隆CCD8的5′、3′目的片段和全长cDNA序列,以生物信息学方法对序列进行预测分析,利用qRT-PCR方法分析CCD8在不同组织、不同逆境胁迫条件下和不同生长时间点的表达特性。【结果】克隆获得甘蔗CCD8,命名为ScCCD8,Gen Bank登录号为KP742973.1。该cDNA全长2 016 bp,含有1个1 623 bp的完整开放阅读框(ORF),编码540个氨基酸,编码的蛋白质分子量为59.534 kD。生物信息学分析表明ScCCD8编码的蛋白是定位于叶绿体上的非分泌性蛋白,不是典型的跨膜蛋白,没有信号肽位点。存在着多个糖基化位点和磷酸化位点等活性位点。序列分析表明,ScCCD8与其他植物的CCD8蛋白有很高的相似性。系统进化树分析显示,甘蔗ScCCD8与高粱的CCD8蛋白亲缘关系较近。实时荧光定量PCR(qRT-PCR)分析表明,ScCCD8的表达具有组织特异性,在根中的表达量最高,是老叶中表达量的18倍。其在模拟重度干旱胁迫(20%PEG)、盐胁迫(200 mmol·L~(-1)NaCl)、磷缺乏(1/8 mmol·L~(-1))和营养缺乏(纯水培养)4种胁迫处理下,茎尖中的ScCCD8均被诱导表达,且在处理24 h以后,ScCCD8的表达量增加较为明显。在不同生长时期,ScCCD8在甘蔗不同生长时期的茎尖中均有表达,且在幼苗期的表达量高于萌芽期和分蘖期。【结论】从甘蔗品种ROC22中克隆获得的甘蔗独脚金内酯生物合成关键基因ScCCD8是CCD8基因家族成员,推测ScCCD8可能与甘蔗SLs响应逆境胁迫有关。

关键词: 甘蔗 ScCCD8 独脚金内酯 实时荧光定量PCR 干旱胁迫

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滇南中蜂蜂王卵黄原蛋白基因实时荧光定量PCR的建立

蜜蜂杂志 2014

摘要:采用实时荧光定量PCR技术,以蜜蜂β-act in基因为内参,利用特异引物对滇南中蜂蜂王的卵黄原蛋白基因进行了转录水平上的定量分析。结果表明:所建立的SYBR Gr een-II实时荧光定量PCR技术扩增效率E=99.9%,R 2=0.99,最低检出量为13个循环。检测灵敏度高,能准确定量滇南中蜂初生蜂王中的Vg基因。

关键词: 滇南中蜂蜂王 卵黄原蛋白基因 实时荧光定量PCR 扩增曲线 标准曲线 基因表达

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致病菌与非致病菌诱导对家蚕抗菌肽基因defensinA/B的表达定量分析

西南农业学报 2013 北大核心 CSCD

摘要:在致病菌(Bacillus bombyseptieus)与非致病菌(Escherichia coli)诱导家蚕后的不同时间,采用实时荧光定量PCR方法,对抗菌肽基因defensinA/B在脂肪体中的表达进行了定量分析。结果表明,在家蚕被注射黑胸败血芽孢杆菌致病菌和非致病菌(大肠杆菌)后的3、9、12 h,检测到脂肪体中的Bm-defA/B的转录活性上调,Bm-defB的响应活性高于Bm-defA,Bm-defB对黑胸败血芽孢杆菌致病菌的响应快于Bm-defA,提示Bm-defensins在家蚕对抗细菌侵染的免疫反应中发挥重要的作用。

关键词: 家蚕 黑胸败血芽孢杆菌 大肠杆菌 defensinA/B 实时荧光定量PCR

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桑树绿枝扦插生根过程中乙烯合成相关基因aco和sams的表达分析

蚕业科学 2013 北大核心 CSCD

摘要:植物内源乙烯对愈伤组织的诱导、增殖,不定芽、不定根的形成以及体细胞胚的诱导等过程都会产生重要的影响。利用荧光定量PCR技术检测诱导桑树绿枝插穗基部皮层生根过程中与乙烯合成相关的1-氨基-羧酸环丙烷氧化酶基因aco和S-腺苷-L-蛋氨酸合成酶基因sams的转录水平变化。结果表明插穗生根发育过程中aco和sams均表现为表达下调,其中生根率低的未诱导对照组插穗中这2个基因的转录水平均表现出先小幅下降后升高的变化特点,而生根率高的诱导组插穗中这2个基因则表现为持续低水平转录,尤其在插穗生根发育后期,2个基因在2个试验组插穗中的转录水平变化呈现近乎相反的变化特点。研究结果初步说明,乙烯合成相关基因aco和sams的mRNA转录水平与桑树绿枝插穗的生根率呈现负相关性。

关键词: 桑树 扦插 生根率 内源乙烯 1-氨基-羧酸环丙烷氧化酶基因 S-腺苷-L-蛋氨酸合成酶基因 实时荧光定量PCR

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