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基于草莓基因组序列高通量开发月季SSR标记

文献类型： 中文期刊

作者： 李淑斌 1 ; 周宁宁 2 ; 王其刚 3 ; 陈敏 1 ; 周青 1 ; 蹇洪英 1 ; 晏慧君 1 ; 邱显钦 1 ; 张颢 1 ;

作者机构： 1.云南省农业科学院花卉研究所

2.国家观赏园艺工程技术研究中心

3.云南省花卉育种重点实验室

关键词： 草莓属;月季;基因组同线性;SSR开发

期刊名称： 西南农业学报

ISSN： 1001-4829

年卷期： 2015 年 28 卷 06 期

页码： 2681-2685

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 研究根据草莓基因组和月季基因组的同线性关系,高通量开发月季SSR共显性标记。利用MISA软件对总长206.8Mb的草莓基因组序列进行扫描,共识别49 029个SSR位点,平均每4.2 kb包含1个SSR位点。利用primer3软件成功对21 288个SSR位点设计引物。利用中国古老月季品种‘月月粉’(Rosa chinensis‘Old blush’)和园艺品种‘无刺光叶蔷薇’(Rosa wichuriana‘Basye’s thornless’),随机选取300对SSR引物进行PCR扩增,40对引物获得清晰条带,扩增率为13.3%,发现其中8个可转移的SSR位点位于草莓基因组第六染色体63 959 bp的基因组区间。研究结果为月季和草莓间的比较基因组学研究提供了分子证据,为月季生物学研究提供宝贵的标记资源。

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