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裸子植物DNA条形码ITS2高通用性引物的筛选(英文)

文献类型： 中文期刊

作者： 李燕 1 ; 吴丁 2 ; 高连明 3 ;

作者机构： 1.中国科学院昆明植物研究所生物多样性与生物地理学重点实验室

2.云南省农业科学院高山经济植物研究所

3.景德镇学院

关键词： DNA条形码;裸子植物;ITS2;引物通用性;物种鉴定

期刊名称： 植物分类与资源学报

ISSN： 2095-0845

年卷期： 2013 年 35 卷 06 期

页码： 751-760

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： DNA条形码技术是利用标准DNA片段进行准确快速鉴定物种的一种方法,理想的DNA条形码片段应具有高通用性。虽然核糖体DNA内部转录间隔区II(ITS2)被建议作为种子植物有效的DNA条形码,但目前裸子植物还没有通用性高的引物可用。为获得高通用性的ITS2引物,本研究基于裸子植物55个属的5.8S基因的保守序列区设计了3个正向引物,与已有的ITS反向引物组合,组成了7对ITS2引物进行通用性的评价。选取了裸子植物8目、12科和40属的56个种用于本文的研究。引物组合5.8SR/ITS4、5.8SRa/ITS4和5.8SF2/S3R因为在科水平评价中通用性低或者产生的PCR产物有双带,因而排除在全部物种水平上进一步评价。其余4对引物(GYM_5.8SF1/ITS4、GYM_5.8SF1/S3R、GYM_5.8SF2/ITS4和S2F/S3R)在56个物种的PCR检测中,均有100%的扩增率。基于PCR产物的亮度、序列质量和正反向引物覆盖率的综合评价,建议引物GYM_5.8SF2/ITS4作为裸子植物条形码片段ITS2最好的通用引物。

  • 相关文献

[1]云南省区收集琥珀蚕的mtDNA COⅠ基因克隆和系统进化分析. 钟健,江秀均,陈安利,唐芬芬,邵榆岚,柴建萍,白兴荣. 2014

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