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四种天麻基于SLAF测序的SNP标记开发与分析

文献类型： 中文期刊

作者： 丛琨 1 ; 朱新焰 1 ; 石亚娜 1 ; 付坚 1 ; 王家金 1 ; 钱均祥 1 ; 季鹏章 1 ;

作者机构： 1.云南省农业科学院药用植物研究所

关键词： 天麻(Gastrodia elata Bl.);SLAF测序;SNP标记

期刊名称： 分子植物育种

ISSN： 1672-416X

年卷期： 2020 年 005 期

页码： 1578-1584

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 为了分析天麻种质资源的遗传多样性及其进化关系,开发特异性SNP(Single nucleotide polymorphism)标记位点.实验通过对4种不同种或不同产地的同种天麻共28个样品进行SLAF测序,首次在天麻种质资源中得到SLAF标签并开发SNP标记,通过De nove测序技术,构建SLAF文库,利用GATK和SAMTOOLS技术开发SNP标记.共获得75.95 M高质量的reads数据,471 001个SLAF标签,其中多态性SLAF标签19 675个,并开发出60 238个群体SNP.对SNP标记的分析的结果表明,作为主要栽培种的天麻(W)由于长时间的人工培育,也许使得其遗传进化体系与其他的天麻种质资源存在较大差异.另外,所有样品中SNP标记的杂合率普遍高于20%,突出了天麻这一物种广泛的杂合性.而且,利用简化基因组测序技术SLAF-seq可以高效地、低成本地开发出大量的可用于群体遗传结构分析的SNP标记.

  • 相关文献

[1]云南水稻种质资源的遗传多样性分析. 邓伟,吕莹,董阳均,徐雨然,杨华涛,张锦文,张建华,奎丽梅,涂建,相罕章,管俊娇,董维,谷安宇,安华,杨丽萍,张笑,李小林. 2023

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