文献类型： 中文期刊
作者： 郑宽瑜 1 ; 董家红 1 ; 苏晓霞 1 ; 方琦 1 ; 郑雪 1 ; 张仲凯 1 ;
作者机构： 1.云南省农业科学院生物技术与种质资源研究所云南省农业生物技术重点实验室和农业部西南作物基因资源与种质创制重点实验室
关键词： 番茄斑萎病毒属;非结构蛋白;NSs;生物信息学
期刊名称： 西南农业学报
ISSN： 1001-4829
年卷期： 2014 年 27 卷 02 期
页码： 646-651
收录情况： 北大核心 ; CSCD
摘要： 番茄斑萎病毒属(Tospovirus)病毒编码的非结构蛋白NSs,可能在病毒复制、转录、抑制RNA沉默中起重要作用,本文利用生物信息方法对21个Tospovirus病毒成员的NSs序列进行分析,为进一步研究NSs的功能提供参考信息。从GenBank数据库中下载NSs基因序列,用DNAMAN5.0做NSs相似性矩阵分析,发现一些Tospovirus病毒成员之间的NSs氨基酸序列相似性很低,最低仅为7.1%;用ClustalX2.1进行NSs的氨基酸多序列比对分析,发现Tospovirus病毒成员的NSs相对保守区主要位于NSs的C端的位置,高度保守的氨基酸位点共有9个;PROSITE对NSs进行模体预测分析,结果显示Tospovirus病毒NSs共有的蛋白修饰:C蛋白激酶磷酸化、酪蛋白激酶II磷酸化和N-酰基化。此外,不同种的Tospovirus病毒NSs模体也表现出了多样性的特点。预测结果为下一步研究NSs功能奠定了基础。
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