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甘蔗TB1基因的克隆与生物信息学分析

文献类型： 中文期刊

作者： 李旭娟 1 ; 林秀琴 1 ; 刘洪博 1 ; 李纯佳 1 ; 徐超华 1 ; 刘新龙 1 ;

作者机构： 1.云南省农业科学院甘蔗研究所云南省甘蔗遗传改良重点实验室

关键词： 甘蔗;分蘖;TB1基因;克隆;生物信息学分析

期刊名称： 热带作物学报

ISSN： 1000-2561

年卷期： 2015 年 36 卷 11 期

页码： 1978-1985

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 以负调控禾本科植物分蘖的关键基因TB1为研究对象,根据水稻、玉米、高粱TB1同源基因保守序列设计引物,使用RT-PCR方法和RACE技术从甘蔗茎尖处克隆到该基因的同源基因Sc TB1。Sc TB1 c DNA全长1 668 bp,包含274 bp的5′UTR,1 149 bp的CDS和245 bp的3′UTR。生物信息学分析表明该基因可编码382个氨基酸残基,编码产物含有保守的SP区、TCP区和R区,属于TCP家族转录因子。其分子量为40.7 ku,理论等电点为8.55,蛋白亚细胞定位预测其主要定位于细胞质。系统进化分析表明Sc TB1属于CYC/TB1亚族蛋白,与高粱TB1和玉米TB1聚为一个亚类。根据序列的保守性和预测结果可推测Sc TB1很可能也参与了甘蔗分蘖性状的调控。

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