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云南甘蔗常用亲本资源遗传多样性的SSR分析
《植物遗传资源学报 》 2015 北大核心 CSCD
摘要：以63份云南育种机构常用的甘蔗亲本资源为研究对象,10份甘蔗原始亲本种为外群体,使用30对多态性较高、在甘蔗遗传连锁图谱上分布较为广泛的Genomic-SSR引物对云南甘蔗常用亲本资源开展遗传多样性评价。结果表明:云南甘蔗常用亲本在30个SSR位点上表现出丰富的多态性,共获得363个扩增条带,其中多态性条带数为352个,平均多态性条带比例和多态性信息量分别为96.97%和0.9441;在Jaccard相似性系数方面,云南甘蔗常用亲本材料之间的相似性系数范围在0.2804~0.7329之间,平均为0.4309,表现出较大的遗传差异,其中来自大陆地区的亲本遗传差异最大,其次为来自国外地区的亲本;UPGMA聚类分析将所有亲本材料分为一大一小两个类群,而大类群又可分为2个亚类群,中国大陆地区一些既是主栽品种又是亲本的材料表现出较近的亲缘关系,而引自国外的大部分亲本和一些老的国内自育亲本也表现出较近的亲缘关系。以上结果将为上述亲本资源的高效利用奠定良好的基础,并为全国育种机构在亲本选择和组合配置上提供重要参考。
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利用分子标记数据逐步聚类取样构建甘蔗杂交品种核心种质库
《作物学报 》 2014 北大核心 CSCD
摘要：甘蔗杂交品种是商业品种选育的重要亲本资源,为有效管理和评价这类资源,本研究使用SSR分子标记数据,依据不同相似性系数,采用逐步UPGMA聚类法对161份甘蔗杂交品种(136份来自前期构建的初级核心种质库和25份为新引入国家甘蔗种质资源圃的材料)构建核心种质库,以随机取样方法为对照。在核心种质库质量检测中,用Nei’s多样性指数、Shannon-Wiener多样性指数、总条带数、多态性条带数、多态性条带比例、变异系数符合率、极差符合率、方差差异百分率和均值差异百分率评价分析。结果表明,161份材料在20个SSR位点上具有丰富的多态性,获得294个条带,其中290个为多态性条带,平均多态性条带比例达98.64%;依据3种相似性系数(Jaccard、SM、Dice)和2种取样方法获得8个核心种质库,在核心种质库质量检测中Shannon-Wiener多样性指数、总条带数、多态性条带数表现出较高的检测效率,而其他指标相对较低,8个库中依据Jaccard或Dice相似性系数构建的核心种质库质量最优,该库由107份材料组成,Nei’s多样性指数(0.9785)和Shannon-Wiener多样性指数(4.1854)在P<0.05概率条件下与原库(分别为0.9801和4.4074)无显著差异,而且与原库的均值差异百分率为0(<20.00%),极差符合率为94.32%(>80.00%),对原库分子和农艺性状遗传多样性都具有较好的代表性,可为后续甘蔗杂交品种资源的准确评价、优异基因发掘和开发利用提供重要的前期基础。
关键词： 甘蔗杂交品种 分子标记 核心种质库 聚类 多样性指数
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