科研产出
甘蔗3个育种性状与SSR标记的关联分析及优异等位变异发掘
《作物学报 》 2024 北大核心 CSCD
摘要：株高、茎径和锤度是甘蔗产量和蔗糖分两大育种目标的主要构成因子,鉴定与其相关的分子标记、发掘优异等位变异及典型载体材料,可为甘蔗分子标记辅助育种提供依据。本试验以62份甘蔗种质资源为材料,于成熟期调查4个种植环境条件下甘蔗株高、茎径和锤度3个育种性状,对表型数据进行方差和遗传变异分析,并基于37对SSR标记的分子数据,利用MLM方法进行关联分析,鉴定出优异关联标记并进行表型效应解析,发掘优异等位变异及载体材料。结果表明,基因型、种植环境及其两者互作对株高、茎径和锤度具有极显着影响。3个性状的广义遗传力范围为0.68～0.76,说明具有较稳定的遗传特性,其表现型主要由基因型决定。表型数据统计分析表明, 3个性状均呈现出数量性状的正态分布特征,变异系数范围为6.73%～19.89%,具有较丰富的表型变异。37对SSR引物共检测到204个等位变异,平均每对扩增到5.5135个,基因多样性平均值为0.6779,PIC平均值为0.6252,高度多态性标记（PIC＞0.5）占总量的89.19%。群体结构分析表明该群体可分为3个亚群。基于MLM模型,共检测到与株高、茎径和锤度相关的标记20个,表型变异解释率为5.04%～27.98%。其中7个标记在2个及以上环境中均检测到认为是优异关联标记,经表型效应解析共鉴定出8个具有增效效应的优异等位变异及携带优异等位变异的典型载体材料10份。该研究结果对甘蔗产量和糖分性状候选基因挖掘和杂交组合亲本选配具有重要指导意义。
关键词： 甘蔗 育种性状 SSR 关联分析 优异等位变异 等位变异效应
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云南野生猕猴桃资源不同居群遗传多样性及遗传演化关系
《中国南方果树 》 2024 北大核心
摘要：应用SSR分子标记研究云南10个地理居群野生猕猴桃的遗传多样性及遗传演化关系.结果表明,不同地理居群间的遗传多样性水平差异不大;居群间的遗传一致度在0.989 9~0.999 1之间,遗传分化系数(Gst)在0.001 1~0.174 3之间.威信居群与彝良居群间的遗传一致度最高,遗传距离最小,亲缘关系最近;永善居群与云龙居群间的遗传一致度最低,遗传距离最大,亲缘关系最远.10个居群可分为两大类群,师宗、绥江、西畴和永善4个居群聚为类群Ⅰ,麻栗坡、屏边、云龙、镇雄、彝良和威信6个居群聚为类群Ⅱ.类群Ⅰ内的遗传演化关系可分为2个进化层次,师宗居群与绥江居群之间以及西畴居群与永善居群之间的遗传进化关系最近.类群Ⅱ内的遗传演化关系可分为5个进化层次,麻栗坡居群与屏边居群之间的遗传进化关系最近,云龙居群与威信居群之间的亲缘关系较远.研究结果可为加快云南猕猴桃属种质资源的研究利用提供参考.
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基于荧光SSR标记的鳄梨种质资源遗传多样性
《分子植物育种 》 2020 北大核心 CSCD
摘要：本试验对滇缅地区鳄梨种质资源遗传多样性进行了研究,为鳄梨种质资源保存、评价与利用提供了参考.本研究对采自中国云南德宏、保山、西双版纳、普洱、红河、缅甸克钦邦和掸邦地区共90份鳄梨资源利用毛细管电泳法进行荧光SSR-PCR产物检测,并利用所得结果评价鳄梨遗传多样性水平.7对SSR引物对90份鳄梨资源进行扩增,得到72个等位基因,不同引物扩增的等位基因差异较大,从5到14个不等,平均每个位点含10.29个等位基因.主要等位基因频率在0.238 9~0.811 1之间,平均值为0.434 9;观测杂合度在0.022 2~0.766 7之间,平均值为0.431 7;期望杂合度在0.314 1~0.877 0之间,平均值为0.692 7;多态性信息指数在0.273 2~0.859 9之间,平均值为0.653 5.UPMGA聚类分析表明,遗传相似系数介于0.1~1.0之间,平均值为0.46,在阈值0.41处可分为4大类群.本研究为新品种选育促进产业健康发展和开发利用该地区独特鳄梨资源提供帮助.
关键词： 鳄梨(Persea americana Mill.) SSR 聚类分析 遗传多样性
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苦荞麦不同部位干燥后DNA提取效果的比较及薄壳性状关联SSR引物筛选研究
《中国农学通报 》 2020
摘要：旨在为扩大苦荞麦DNA提取材料范围提供依据,筛选与薄壳性状相关联SSR引物,为苦荞麦特异性状分子标记奠定基础。分别以苦荞麦植株的子叶、嫩茎、嫩叶、老叶、老茎、叶柄为材料,40℃烘箱烘干后,采用植物DNA提取试剂盒,分别提取苦荞麦6个部位的基因组DNA,并进行DNA质量、浓度和纯度检测,利用700对SSR引物进行PCR扩增,筛选与苦荞麦薄壳性状相关联引物。结果表明:子叶提取的DNA浓度最高,为70.6 ng/μL;嫩茎次之,为69.6 ng/μL;老茎和叶柄获得的NDA浓度偏低,分别为20.0 ng/μL和7.2 ng/μL。采用子叶、嫩茎、嫩叶、老叶提取的DNA凝胶电泳条带清晰,采用老茎和叶柄提取的DNA凝胶电泳条带暗。SSR扩增效果除叶柄不能达到扩增要求外,其他没有明显差异都能达到扩增要求,可用于后续的分子实验。采用烘干组织提取DNA浓度虽然没有新鲜组织高,但除叶柄外都不影响后续分子试验。初步筛选出在薄壳和厚壳苦荞麦中具有多样性的SSR引物1对。
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苦荞种皮转录组SSR位点信息分析及其分子标记的开发
《分子植物育种 》 2020 北大核心 CSCD
摘要：为开发苦荞新的SSR标记,本研究利用MISA软件对苦荞种皮转录组测序数据进行SSR位点信息搜索,利用Primer 3设计引物并随机选择53对引物进行验证.结果表明:苦荞种皮转录组数据库中共搜索到9 094个SSR位点,其中,单核苷酸、三核苷酸和二核苷酸重复类型占优势,占总SSR的63.99%、19.35%、15.49%;共发现70种重复基元,其中A/T、AT/AT、AAG/CTT基元是优势基元.设计合成的53对引物中,41对引物(77.36%)获得有效扩增,21对引物具有多态性.本研究从转录组序列中大规模开发的SSR分子标记将有助于苦荞遗传多样性与分子育种研究.
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雄性不育东方百合转录组SSR信息分析及其分子标记开发
《西南农业学报 》 2019 北大核心 CSCD
摘要：【目的】对东方百合雄性不育系开展转录组测序分析,开发SSR分子标记,为东方百合雄性不育系遗传多样性研究奠定基础。【方法】利用MISA软件对筛选得到的1 Kb以上的Unigene做SSR分析,利用Primer3.0设计引物,随机选择71对引物进行多态性扩增。【结果】共获得135 483条Unigene,筛选得到12 391个SSR位点(占总Unigene的9.15%);其中SSR位点中主导类型为单核苷酸重复,占总SSR的63.94%;其次是二核苷酸重复,其出现频率为20.65%。通过Primer3.0设计得到11 948对SSR引物,随机选择71对SSR引物对24种不同来源的东方百合可育品种及雄性不育系进行多态性验证分析,结果显示在22对可扩增产物的SSR引物中,引物表现稳定可重复的多态性,各个位点的等位基因介于3～8个,平均等位基因数5个,多态信息含量PIC平均值0.5048、观测杂合度Ho平均值0.1977、期望杂合度He平均值0.4533。【结论】研究表明通过对东方百合雄性不育系转录组分析可获得较高频率的SSR位点且类型丰富,为东方百合雄性不育系遗传多样性分析和遗传图谱构建提供了候选标记。
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基于荧光标记的茶树花转录组序列SSR标记开发
《分子植物育种 》 2018 北大核心 CSCD
摘要：本研究对204 199条茶树花转录组Unigenes进行SSR简单重复序列的查找,得到含有SSR的序列60 581个,出现频率为29.67%。EST-SSR重复类型以单核苷酸和二核苷酸为主,占总SSR比例的85.69%,其中主要重复基序类型为单核苷酸,占总SSR的47.97%,A/T重复类型出现最多。采用荧光标记PCR技术对设计合成的100对SSR引物进行引物筛选,其中有28对引物扩增条带清晰、多态性好,在4个品种的茶树花中得到有效性验证。结果表明,茶树花转录组的SSR标记开发是可行的,这些EST-SSR的开发对茶树花遗传多样性分析、分子育种和开发茶树不育相关的SSR标记等具有重要意义。
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基于荧光标记的紫娟茶树转录组EST-SSR标记开发
《江苏农业学报 》 2018 北大核心 CSCD
摘要：为开发紫娟茶树转录组EST-SSR标记,基于前期对紫娟茶树芽、第2叶、开面叶、成熟叶转录组高通量测序所得到的242 757条Unigene进行多态性分析与评价,再利用荧光标记PCR技术,规模化开发茶树EST-SSR标记。结果表明:从紫娟茶树转录组中搜索得到46 041条Unigene含有57 976个SSR位点,出现频率为23.88%。EST-SSR类型以一核苷酸、二核苷酸、三核苷酸重复为主,占总SSR的98.54%。设计合成138对荧光SSR引物,采用荧光标记PCR技术对4个差异较大的茶树品种进行引物筛选,其中44对引物得到高质量的EST-SSR标记位点。这些EST-SSR可用于茶树遗传多样性分析、分子育种等。
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云南84个玉米杂交种的SSR遗传多样性分析
《西南农业学报 》 2017 北大核心 CSCD
摘要：【目的】通过对云南84个玉米杂交种的遗传多样性进行分析,为云南玉米育种提供参考依据,提高育种效率。【方法】利用SSR分子标记技术和UPMGA方法对试验材料进行分析。【结果】筛选出均匀分布在玉米10条染色体上的61对SSR标记引物对供试材料进行SSR标记,共检测到622个等位基因变异,每对引物2~22个等位变异位点,平均为10.23个;每对引物的多态信息量(PIC)在0.324~0.920,平均为0.779,相似系数在0.662~0.918;以0.745为界,将84份供试杂交种划分为5大类群,以0.753为界,将类群Ⅰ划分为4个亚群,84.5%的杂交种均聚在类群Ⅰ。【结论】试验表明云南玉米杂交种遗传基础较狭窄,杂交种间具有同质化趋势。
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云南常用玉米自交系SSR遗传多样性研究
《云南农业大学学报(自然科学) 》 2016 北大核心 CSCD
摘要：明确玉米自交系之间的亲缘关系对玉米种质的利用和强优势玉米杂交种选育具有重要意义。本研究主要应用改良CTAB法提取DNA、SSR分子标记技术和非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳结合银染显色技术,采用Excel2007和NTSYS-pc 2.10e软件进行数据处理及聚类分析,用筛选出的70对SSR引物分析19个云南常用自交系的遗传多样性,结果共检测到504个等位基因变异,每对引物检测到2~13个,平均7.21个;每对引物的多态信息量(PIC)变化范围为0.40~0.90,平均为0.73;19个自交系之间的遗传相似系数为0.611~0.841,平均值为0.703。利用UPGMA聚类分析方法,以0.697为标准,可将云南19个自交系划分为4个类群,表明云南自交系遗传基础丰富、多态性好,为玉米种质改良、杂种优势群划分和新品种选育提供了参考依据。
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