科研产出
基于荧光SSR标记的鳄梨种质资源遗传多样性
《分子植物育种 》 2020 北大核心 CSCD
摘要：本试验对滇缅地区鳄梨种质资源遗传多样性进行了研究,为鳄梨种质资源保存、评价与利用提供了参考.本研究对采自中国云南德宏、保山、西双版纳、普洱、红河、缅甸克钦邦和掸邦地区共90份鳄梨资源利用毛细管电泳法进行荧光SSR-PCR产物检测,并利用所得结果评价鳄梨遗传多样性水平.7对SSR引物对90份鳄梨资源进行扩增,得到72个等位基因,不同引物扩增的等位基因差异较大,从5到14个不等,平均每个位点含10.29个等位基因.主要等位基因频率在0.238 9~0.811 1之间,平均值为0.434 9;观测杂合度在0.022 2~0.766 7之间,平均值为0.431 7;期望杂合度在0.314 1~0.877 0之间,平均值为0.692 7;多态性信息指数在0.273 2~0.859 9之间,平均值为0.653 5.UPMGA聚类分析表明,遗传相似系数介于0.1~1.0之间,平均值为0.46,在阈值0.41处可分为4大类群.本研究为新品种选育促进产业健康发展和开发利用该地区独特鳄梨资源提供帮助.
关键词： 鳄梨(Persea americana Mill.) SSR 聚类分析 遗传多样性
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苦荞麦不同部位干燥后DNA提取效果的比较及薄壳性状关联SSR引物筛选研究
《中国农学通报 》 2020
摘要：旨在为扩大苦荞麦DNA提取材料范围提供依据,筛选与薄壳性状相关联SSR引物,为苦荞麦特异性状分子标记奠定基础。分别以苦荞麦植株的子叶、嫩茎、嫩叶、老叶、老茎、叶柄为材料,40℃烘箱烘干后,采用植物DNA提取试剂盒,分别提取苦荞麦6个部位的基因组DNA,并进行DNA质量、浓度和纯度检测,利用700对SSR引物进行PCR扩增,筛选与苦荞麦薄壳性状相关联引物。结果表明:子叶提取的DNA浓度最高,为70.6 ng/μL;嫩茎次之,为69.6 ng/μL;老茎和叶柄获得的NDA浓度偏低,分别为20.0 ng/μL和7.2 ng/μL。采用子叶、嫩茎、嫩叶、老叶提取的DNA凝胶电泳条带清晰,采用老茎和叶柄提取的DNA凝胶电泳条带暗。SSR扩增效果除叶柄不能达到扩增要求外,其他没有明显差异都能达到扩增要求,可用于后续的分子实验。采用烘干组织提取DNA浓度虽然没有新鲜组织高,但除叶柄外都不影响后续分子试验。初步筛选出在薄壳和厚壳苦荞麦中具有多样性的SSR引物1对。
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雄性不育东方百合转录组SSR信息分析及其分子标记开发
《西南农业学报 》 2019 北大核心 CSCD
摘要：【目的】对东方百合雄性不育系开展转录组测序分析,开发SSR分子标记,为东方百合雄性不育系遗传多样性研究奠定基础。【方法】利用MISA软件对筛选得到的1 Kb以上的Unigene做SSR分析,利用Primer3.0设计引物,随机选择71对引物进行多态性扩增。【结果】共获得135 483条Unigene,筛选得到12 391个SSR位点(占总Unigene的9.15%);其中SSR位点中主导类型为单核苷酸重复,占总SSR的63.94%;其次是二核苷酸重复,其出现频率为20.65%。通过Primer3.0设计得到11 948对SSR引物,随机选择71对SSR引物对24种不同来源的东方百合可育品种及雄性不育系进行多态性验证分析,结果显示在22对可扩增产物的SSR引物中,引物表现稳定可重复的多态性,各个位点的等位基因介于3～8个,平均等位基因数5个,多态信息含量PIC平均值0.5048、观测杂合度Ho平均值0.1977、期望杂合度He平均值0.4533。【结论】研究表明通过对东方百合雄性不育系转录组分析可获得较高频率的SSR位点且类型丰富,为东方百合雄性不育系遗传多样性分析和遗传图谱构建提供了候选标记。
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基于荧光标记的紫娟茶树转录组EST-SSR标记开发
《江苏农业学报 》 2018 北大核心 CSCD
摘要：为开发紫娟茶树转录组EST-SSR标记,基于前期对紫娟茶树芽、第2叶、开面叶、成熟叶转录组高通量测序所得到的242 757条Unigene进行多态性分析与评价,再利用荧光标记PCR技术,规模化开发茶树EST-SSR标记。结果表明:从紫娟茶树转录组中搜索得到46 041条Unigene含有57 976个SSR位点,出现频率为23.88%。EST-SSR类型以一核苷酸、二核苷酸、三核苷酸重复为主,占总SSR的98.54%。设计合成138对荧光SSR引物,采用荧光标记PCR技术对4个差异较大的茶树品种进行引物筛选,其中44对引物得到高质量的EST-SSR标记位点。这些EST-SSR可用于茶树遗传多样性分析、分子育种等。
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基于荧光标记的茶树花转录组序列SSR标记开发
《分子植物育种 》 2018 北大核心 CSCD
摘要：本研究对204 199条茶树花转录组Unigenes进行SSR简单重复序列的查找,得到含有SSR的序列60 581个,出现频率为29.67%。EST-SSR重复类型以单核苷酸和二核苷酸为主,占总SSR比例的85.69%,其中主要重复基序类型为单核苷酸,占总SSR的47.97%,A/T重复类型出现最多。采用荧光标记PCR技术对设计合成的100对SSR引物进行引物筛选,其中有28对引物扩增条带清晰、多态性好,在4个品种的茶树花中得到有效性验证。结果表明,茶树花转录组的SSR标记开发是可行的,这些EST-SSR的开发对茶树花遗传多样性分析、分子育种和开发茶树不育相关的SSR标记等具有重要意义。
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云南84个玉米杂交种的SSR遗传多样性分析
《西南农业学报 》 2017 北大核心 CSCD
摘要：【目的】通过对云南84个玉米杂交种的遗传多样性进行分析,为云南玉米育种提供参考依据,提高育种效率。【方法】利用SSR分子标记技术和UPMGA方法对试验材料进行分析。【结果】筛选出均匀分布在玉米10条染色体上的61对SSR标记引物对供试材料进行SSR标记,共检测到622个等位基因变异,每对引物2~22个等位变异位点,平均为10.23个;每对引物的多态信息量(PIC)在0.324~0.920,平均为0.779,相似系数在0.662~0.918;以0.745为界,将84份供试杂交种划分为5大类群,以0.753为界,将类群Ⅰ划分为4个亚群,84.5%的杂交种均聚在类群Ⅰ。【结论】试验表明云南玉米杂交种遗传基础较狭窄,杂交种间具有同质化趋势。
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云南常用玉米自交系SSR遗传多样性研究
《云南农业大学学报(自然科学) 》 2016 北大核心 CSCD
摘要：明确玉米自交系之间的亲缘关系对玉米种质的利用和强优势玉米杂交种选育具有重要意义。本研究主要应用改良CTAB法提取DNA、SSR分子标记技术和非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳结合银染显色技术,采用Excel2007和NTSYS-pc 2.10e软件进行数据处理及聚类分析,用筛选出的70对SSR引物分析19个云南常用自交系的遗传多样性,结果共检测到504个等位基因变异,每对引物检测到2~13个,平均7.21个;每对引物的多态信息量(PIC)变化范围为0.40~0.90,平均为0.73;19个自交系之间的遗传相似系数为0.611~0.841,平均值为0.703。利用UPGMA聚类分析方法,以0.697为标准,可将云南19个自交系划分为4个类群,表明云南自交系遗传基础丰富、多态性好,为玉米种质改良、杂种优势群划分和新品种选育提供了参考依据。
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云南及不同地理分布粳稻的SSR遗传多样性分析
《分子植物育种 》 2016 北大核心 CSCD
摘要：亲本遗传背景狭窄是目前国内外粳稻育种面临的瓶颈问题,本研究旨在分析比较云南及国内外不同地理分布粳稻的遗传多样性及其差异。结果表明:196份供试材料基于77个SSR标记可以划分为13个亚群,来自云南的125个材料在13个亚群中均有分布,来自华中单双季稻稻作区的材料大部分聚在了第11亚群,来自东北早熟单季稻稻作区的材料大部分聚在了第3亚群,来自台湾的材料大部分聚在第10亚群,来自美国的5个材料分别聚在第1、第4和第11亚群;根据地理分布6大类群的遗传多样性参数多重比较和聚类类型分析,云南材料的整体遗传多样性较高,其次是美国材料和华中稻作区材料,遗传多样性较低的是台湾材料;供试材料SSR标记的聚类与其地理分布具有很好的相关性,其中云南不同生态稻作区和不同育种系列粳稻相互关联、但高寒粳稻也有独立成亚群的趋势。该研究为拓宽粳稻育种亲本遗传背景、创制新种质提供重要参考。
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基于表型与分子数据的斑茅核心种质构建
《植物遗传资源学报 》 2016 北大核心 CSCD
摘要：斑茅(Saccharum arundinaceum L.)是重要的"甘蔗复合群"野生资源,在我国分布广泛,但目前尚未在遗传育种研究中得到很好的利用。本研究以国家甘蔗种质资源圃保存的来自全国9省区的147份斑茅无性系为原始种质,首先基于表型数据筛选58份材料构建了斑茅初级核心种质,然后基于SSR和AFLP分子标记数据筛选16份材料构建斑茅微核心种质,分别占原始种质的39.46%和10.88%。通过表型与分子遗传多样性参数的比较分析,验证了斑茅核心种质具有较好代表性。最后对甘蔗种质资源和遗传育种研究中斑茅核心种质的构建方法和利用策略等问题进行了探讨,以期为"甘蔗复合群"野生类群核心种质的构建及创新利用提供参考,促进资源研究工作重心由数量保存型向创新利用型转变。
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基于紫娟茶叶片转录组的SSR引物开发
《华北农学报 》 2016 北大核心 CSCD
摘要：以稀有茶树品种紫娟茶为研究对象,进行SSR引物开发的研究,从紫娟茶叶片转录组中筛选重复基元最多的SSR,设计并筛选紫娟茶的SSR引物。通过从已测序的紫娟茶叶片转录组中设计SSR引物共87对,通过对紫娟茶以及随机采摘的3份不同品种茶树提取DNA后进行PCR扩增,1%琼脂糖凝胶电泳分析,在紫外凝胶成像仪中观察拍照,判断是否扩增出目标条带。通过试验筛选出可以扩增出清晰目标条带的引物63对,有效率达72.4%,其中有33对表现出多态性,占有效SSR引物的52.4%。结果表明,从紫娟茶叶片转录组中设计引物是可行的。下一步研究将从这63对引物中开发紫娟茶的特异引物。
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