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基于高光谱3D成像技术的不同成熟度玉米种子表型特征分析研究
《江西农业学报 》 2022
摘要：采用高通量表型测量系统Scanalyzer HTS,结合图像分析系统和植物颜色性状分析系统,选择水平距离、最远两点距离、垂直距离、表面积、周长、圆度这6个表型特征指标,分析了8个玉米品种不同成熟度种子的表型特征,以及种子内水分含量和占比情况.结果表明:6个表型特征值均随着种子成熟度的增加而增大,但甜质型和糯质型玉米品种在30~40 d时收获种子的各项表型特征值已达到最大;圆度与其他5个表型特征指标间的相关性不高;通过表型分析系统测定得出的表示相对水分含量高低的蓝、绿、红色均值均随着种子成熟度的增加而呈下降趋势,说明种子的相对含水量总体在不断下降;甜质型品种在50~60 d收获时,表示水分含量最低的红色均值高于蓝色和绿色均值,这与实际情况相符.
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基于荧光检测技术的青稞品种鉴定方法的建立
《生物技术通报 》 2021 北大核心 CSCD
摘要：本研究通过筛选出一套SSR核心引物,建立青稞DNA指纹鉴定体系,为青稞品种选育、品种鉴定提供高通量检测技术方法.首先以形态差异大的24份种质为材料,对198对SSR引物进行初筛,筛选出42对多态性好、扩增稳定、条带清晰的SSR引物,并对之进行荧光标记.采用筛选出的42对引物对226份材料进行PCR扩增,扩增产物经毛细管电泳检测,最终筛选出28对SSR荧光引物建立基于高通量荧光SSR标记的青稞品种鉴定体系.采用28对SSR引物构建的DNA指纹图谱进行226个青稞材料的鉴定.28对SSR引物共检测到252个等位基因,每对引物可检测到有效等位基因数为5-16个,平均等位基因数为9;基因多样性指数变异范围为0.48-0.86,平均为0.68;多态信息量(PIC)变幅为0.44-0.84,平均为0.65.226份材料的遗传距离为0-0.99,该套引物可以将大部分参试材料区分开.从28对SSR引物中选择了7对分布于不同染色体上、扩增和检测效果较好的引物(Bmag0211、Scssr07759、HVM62、EBmac0679、Scssr03907、Bmag0870、EBmac0827),构建青稞品种(系)DNA的指纹图谱库.为消除不同检测平台、不同试验批次等引起的误差,为7对SSR核心引物各主要等位变异选择相应的参照品种,作为普通聚丙烯酰胺凝胶电泳的读带依据.最终构建了在2个检测平台(毛细管电泳平台及聚丙烯酰胺凝胶电泳平台)通用的SSR分子标记青稞品种鉴定体系.
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利用SSR标记构建青花菜的分子身份证
《中国蔬菜 》 2021 北大核心
摘要：为快速鉴别和利用青花菜品种资源,采用SSR分子标记荧光检测技术,对22个青花菜主要栽培品种进行等位基因多样性和聚类分析,筛选出最佳引物组合,构建22份青花菜品种的分子身份证。根据引物扩增等位基因数和多态性信息含量（PIC）,从1对引物开始逐步增加引物数量,筛选可将参试品种全部区分开的引物组合,最终确定了BoGMS0501、BoE718、BoGMS0941、BoE723等4对核心引物。通过对4个SSR标记在品种中的等位变异进行数字化赋值,构建了22份青花菜品种的分子身份证。利用SSR标记构建青花菜分子身份证操作简便可行,品种信息数据简洁直观,可以在青花菜品种的真实性鉴定和品种权益保护等方面提供技术支持。
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基于SNP芯片的云南玉米自交系遗传多样性和群体遗传结构分析
《南方农业学报 》 2020 北大核心 CSCD
摘要：[目的]对107个云南玉米自交系进行遗传多样性和群体遗传结构分析,为云南省玉米种质创新、遗传改良、品种管理等提供理论依据,也为今后深入挖掘优良性状相关基因打下基础.[方法]以云南当地推广的107个优良玉米自交系为供试材料,以45个我国常用玉米骨干自交系作为杂种优势群划分的参照,在Axiom?Maize56K SNP Array平台上利用玉米SNP芯片(56K)进行玉米全基因组扫描,并使用Treebest的NJ-tree模型构建系统发育进化树,利用GCTA(全基因组复杂性状分析)工具进行主成分分析,揭示其遗传多样性与群体遗传结构.[结果]从107个云南玉米自交系中检出5533个均匀分布的高质量SNP分子标记位点.基于这些SNP分子标记位点分析结果可知,107个云南玉米自交系的Nei's基因多样性指数(H)为0.2981~0.5000,平均为0.4832;多态信息含量(PIC)为0.2536~0.3750,平均为0.3662;最小等位基因频率为0.5000~0.8178,平均为0.5744.群体遗传结构分析结果显示,K=6时△K最大即供试自交系可划分为六大类群,分别为塘四平头血缘类群、PB血缘类群、335母本血缘类群、自330和旅大红骨血缘类群及2个未知类群,无自交系划分到其他杂交优势群,其中,2个未知类群共37个云南玉米自交系,未能与我国目前已知的10个杂种优势群归在一类.主成分分析结果显示,107个云南玉米自交系与45个我国常用玉米骨干自交系能明显区分,大部分云南玉米自交系集中在我国常用玉米骨干自交系附近,但少数云南玉米自交系与我国常用玉米骨干自交系距离较远.[结论]云南地区玉米种质资源遗传多样性较丰富,含有多个杂种优势群,育种亲本遗传基础丰富,与我国常用玉米骨干自交系能明显区分,且部分与骨干自交系遗传距离较远,可创建新的杂交优势群,具有良好的应用潜力.
关键词： 玉米 SNP芯片 群体遗传结构 遗传多样性 主成分分析
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SSR标记在辣椒DUS测试中的应用研究
《植物遗传资源学报 》 2019 北大核心 CSCD
摘要：为了评价SSR分子标记在辣椒(Capsicum annuum L.)品种特异性、一致性、稳定性(DUS)测试中的应用潜力,采用聚丙烯酰胺凝胶电泳技术和毛细管电泳技术,对辣椒SSR引物进行筛选,采用入选的30对核心引物,构建130份不同来源品种的指纹图谱。30对引物共检测到等位基因163个,每对引物等位基因变幅为2～15,平均等位基因数为5.43,多态信息量(PIC)的变异范围为0.17～0.76,平均为0.43。聚类分析表明,该套引物可以将所有参试品种区分开来,遗传基础相近的品种优先聚在一起。130个品种的遗传距离为0.01～0.91。有20对品种遗传距离小于0.10,其中3对品种有1个位点的差异,采用差异位点数判断品种特异性更适合目前辣椒品种现状。采用10对引物对品种0313963-4进行了一致性检测,综合一致性比率R值为96.5%,低于DUS测试中对表型性状一致性的要求。因此SSR标记直接用于辣椒DUS判定还需进一步研究,但是可用于近似品种筛选。
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42份云南玉米自交系基于SSR荧光标记的遗传多样性分析
《江西农业学报 》 2019
摘要：通过分析云南常用42份玉米自交系品种的遗传多样性,以及云南近些年新育成自交系的遗传背景,为云南地区玉米育种提供参考依据.利用30对SSR多态性引物,对42个玉米自交系品种进行等位基因多样性和聚类分析,共检测到277个等位基因变异,平均每个位点检测到的等位基因数为9.2个,变化范围4~17个,片段大小介于86~434 bp之间,每个SSR位点的多肽信息量(PIC)在0.7008~0.9979之间,平均为0.9712.基于UPGMA进行遗传聚类分析,供试材料分类不明显,遗传相似系数均大于0.82,遗传相似度较高.目前由于大部分的玉米自交系品种都由骨干自交系而来,品种资源狭窄、遗传多样性不够丰富,导致新育成的玉米品种遗传背景相似,血缘关系相近,因此亟需在品种资源的有效利用、资源评价、材料共享和交流等方面开展相关工作,促进玉米种业发展.
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云粳系列水稻品种分子身份证的构建
《江苏农业学报 》 2018 北大核心 CSCD
摘要：采用SSR分子标记技术建立云南省163个粳稻品种指纹图谱,针对云粳系列水稻品种进行二次引物筛选,筛选出最佳引物组合,构建35个云粳系列水稻品种的分子身份证。利用30对SSR多态性引物,对35个云粳系列水稻品种进行等位基因多样性和聚类分析。共检测到等位基因133个,每对引物检测到的等位基因数为1～9个之间,平均为4个。基因多样性指数变异范围为0～0. 74,平均为0. 40;多态信息含量(PIC)的变异范围为0～0. 72,平均为0. 36。根据引物扩增等位基因数和多态信息含量(PIC)指数,从1对引物开始逐步增加引物数量筛选可将供试材料全部区分的引物组合,最终确定5对核心引物可以区分全部供试品种。基于供试品种5个SSR位点指纹图谱的编码和品种商品信息,构建云粳系列水稻品种分子身份证,使每份种质具有可辨的分子身份证,达到了利用最少引物区分云粳系列水稻品种的目的。
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