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云南蔓草虫豆丛枝植原体rp基因序列分析及结构预测
《分子植物育种 》 2021 北大核心 CSCD
摘要：为了从亚组水平上明确云南元谋县的蔓草虫豆丛枝植原体的分类地位,本研究以rp（II）F1/rp（II）R1为引物,利用PCR对感病蔓草虫豆总DNA进行rp基因扩增。扩增产物进行序列分析和编码蛋白特性预测,并通过生物信息学软件对rp基因编码的rpl22、rps3蛋白特性进行分析。结果表明,PCR扩增测序得到1 171 bp的特异性片段,该片段包括全部rpl22基因和大部分rps3基因,两基因相互重叠,分别编码128和237个氨基酸。通过同源性比对及系统进化树分析,从亚组水平明确了蔓草虫豆丛枝植原体是16SrII-A亚组成员,且归属于rp-iii亚进化支。预测rp基因所编码的rpl22和rps3蛋白均为脂溶性蛋白,且二级结构包括螺旋、卷曲和折叠。本研究结果可为深入研究蔓草虫豆丛枝植原体蛋白跨膜运输的分子机理提供一定的理论参考。
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云南芝麻丛枝和花变叶植原体16S rRNA和rp基因序列分析
《植物病理学报 》 2021 北大核心 CSCD
摘要：本研究通过对表现出丛枝和花变叶症状的芝麻感病植株总DNA进行植原体16S rRNA和rp基因的PCR扩增、克隆、测序及序列分析,明确了两种病株的病原均为植原体,并将其命名为云南元谋芝麻丛枝植原体（SEWB-YNym）和云南元谋芝麻花变叶植原体（SEP-YNym）。两个株系的16S rRNA基因片段长度均为1 248 bp,并且碱基序列完全一致。通过与其他地区报道的芝麻植原体株系16S rRNA基因序列比对后发现这两个株系与来自缅甸的株系不存在位点差异,而与泰国、中国台湾、印度的株系分别存在3～6个位点差异。同时,还从两个株系中获得了长度均为1 171 bp并且碱基序列也完全一致的SEWB-YNym和SEP-YNym的rp基因序列。此rp基因序列包括全部rpl22基因（nt90-476）和部分rps3基因（nt550-1170）,分别编码128和206个氨基酸。通过对16S rRNA和rp基因的序列进行同源性比对、构建系统进化树等分析,表明两个株系与候选种‘Candidatus Phytoplasma aurantifolia’相关,为16SrII-A亚组成员,并归属于植原体rp-iii亚进化支。
关键词： 芝麻 丛枝 花变叶 植原体 16S rRNA基因 rp基因
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