科研产出
基于体外肠道微生物消化预测不同工艺大叶茶的健康作用
《食品与发酵工业 》 2024 北大核心 CSCD
摘要：大叶茶是我国重要的茶树品种，茶叶成分组成的差异影响肠道微生态、糖脂代谢等。该研究比较了经不同工艺制备而成的大叶种白茶、普洱生茶、普洱熟茶及酸茶对不同人群肠道微生态的影响。利用正常及肠杆菌型便秘人群的粪便样本构建体外肠道微生物消化模型，与茶汤共培养1 d后，测定发酵液的微生物组成及短链脂肪酸含量，并进行PICRUSt2代谢通路预测。在2种模型中，大叶茶均降低厚壁菌门/拟杆菌门比值，促进瘤胃球菌、毛螺菌、真细菌、丁酸球菌等产丁酸菌、嗜黏蛋白阿克曼菌丰度增加，抑制链球菌、葡萄球菌等致病菌，提高短链脂肪酸含量。在普通模型中，消化、能量及脂质代谢、外源化合物生物降解、肠道炎症保护等代谢途径被显著干预，而在便秘模型中，仅心血管健康和循环系统相关的2条代谢途径被普洱熟茶显著干预。与其他大叶茶相比，普洱熟茶组较为显著地提高了肠道菌群多样性，酸茶最为显著地增加了便秘模型的短链脂肪酸含量。
关键词： 肠道菌群 大叶茶 普洱茶 酸茶 短链脂肪酸 代谢通路
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利用RNA-seq技术筛选药用野生稻抗白叶枯病相关基因
《广东农业科学 》 2024 北大核心 CSCD
摘要：【目的】药用野生稻(Oryza officinalis)属于稻属CC染色体组，在长期的自然生存过程中，积累了大量适应恶劣环境的抗性基因。利用转录组测序(RNA-seq)挖掘植物抗病相关基因，为开展基因功能与调控机制研究等奠定基础。【方法】对云南省6个居群(Ⅰ～Ⅵ)的38份药用野生稻进行白叶枯病菌CX28-3和PXO99的抗性评价，以PXO99人工接种处理筛选到的药用野生稻36号(抗病)与37号(感病)植株为对象，于0、24、48 h取其叶片进行转录组测序分析，并预测药用野生稻抗白叶枯病相关基因。【结果】6个居群38份云南药用野生稻材料对2个菌株(CX28-3和PXO99)表现为不同的抗病性，总体为中抗至抗以上，其中抗病率最高的是V居群、为93.50%，最低的是III居群、为62.50%。38份药用野生稻对CX28-3菌株感病的植株有5份，感病率为13.15%；对PXO99菌株的感病率为42.10%，表明PXO99的致病力强。此外，抗2个菌株的药用野生稻材料有20份，占全部材料的66.67%，37号材料对2个菌株均表现为中感，36号材料对2个菌株都表现为抗。转录组测序共鉴定到75 650个差异表达基因(DEGs)。GO功能富集分析显示，PXO99处理后共包含45个显著富集的生物进程GO类别，其中富集DEGs数量最多的集中在细胞过程、代谢过程、细胞解剖实体、绑定、催化活性等。KEGG富集分析表明，抗病和感病野生稻材料共显著富集到19个KEGG通路，其中与抗病相关的蛋白等KEGG通路显著富集上升，进一步明确抗病药用野生稻36号的抗病性受白叶枯病菌激发显著。筛选到共同DEGs 256个，11个基因可能与野生稻白叶枯病抗性密切相关；Unigene1184、Unigene15669、CL1239、CL1421、CL4899、CL660、CL7463 7个基因在抗病材料中上调表达，在感病材料中下调表达；Unigene18206、CL210、CL3554、CL9248 5个基因在抗病材料中下调表达，在感病材料中上调表达。【结论】6个居群38份云南药用野生稻材料对CX-28和PXO99菌株表现出不同的白叶枯病抗性，总体为中抗至抗以上。利用RNA-seq技术获得与药用野生稻白叶枯病(PXO99)抗性相关基因11个，可为药用野生稻抗白叶枯病相关基因的挖掘和功能研究提供参考。
关键词： 药用野生稻 白叶枯病抗性 转录组测序 差异表达基因 代谢通路 抗病相关基因
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睡莲叶片胎生发育转录组分析
《热带作物学报 》 2021 北大核心 CSCD
摘要：睡莲叶片胎生现象是繁育途径的重要补充,对种群的传播、扩散和生态环境的适应性有重要作用。通过转录组测序技术筛选和分析睡莲叶片胎生现象相关的代谢路径和调控基因,为深入认识睡莲叶片胎生发育的分子机制提供参考。以叶片具有胎生现象的‘小花睡莲’（X）和叶片无胎生现象的‘蓝星睡莲’（L）为材料,利用RNA-Seq技术对叶片4个发育阶段的叶脐部分进行生物信息学分析。分析对照（L）和样品（X）叶片不同发育阶段测序结果:筛选出的差异表达基因（DEGs）中,34 909个基因（48.65%）表达上调,36 850个基因（51.35%）表达下调。DEGs分析显示,随着叶片的发育,X和L上调基因和下调基因数均呈增加趋势。对L1-vs-X1、L4-vs-X4阶段的GO和KEGG功能富集分析表明,DEGs主要富集在质膜和膜相关成分、胞外区域、细胞壁等相关的细胞组分中,涉及到代谢过程、生物合成和应急响应等;Pathway代谢通路表明,DEGs主要参与到植物激素信号转导、苯丙烷类生物合成、氨基酸类代谢、类黄酮生物合成、甘油磷脂类代谢以及细胞周期相关等过程。对DEGs进一步分析,克隆出了4个可能参与睡莲叶片胎生发育的转录因子。
关键词： 睡莲 叶片胎生 转录组分析 差异表达基因 代谢通路
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