科研产出
铁炮百合'萨莉'鳞茎各发育时期及不同组织qPCR内参基因筛选和验证
《分子植物育种 》 2024 北大核心 CSCD
摘要：为筛选铁炮百合杂交系鳞茎不同发育阶段以及相同发育阶段不同组织中稳定表达的内参基因，本研究以铁炮百合观赏品种‘萨莉’为研究对象，采用实时荧光定量PCR （qPCR）分析百合的6个候选的内参基因（ACT, BHLH, EF1, EIF, GAPDH, lilyact）在‘萨莉’鳞片的不同发育时期以及不同组织中的扩增效率，再使用Normfinder、Bestkeeper、ge Norm、比较ΔCt法以及RefFinder 5种软件或方法对候选内参基因的表达稳定性进行评估。结果表明在所有样品中和在不同发育阶段的鳞茎中都是EIF和BHLH综合稳定性最佳，在不同组织中GAPDH和EIF的综合稳定性最佳，而在所有样品中及不同组织中，ACT的稳定性最差。本研究所得结果为‘萨莉’鳞茎的不同发育阶段以及不同组织的表达量分析提供了合适的内参基因组合，为其后续基因表达量的研究提供了基础。
关键词： 铁炮百合杂交系 内参基因 qPCR geNorm 百合
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钝裂银莲花花色素合成相关基因qRT-PCR内参基因的筛选
《园艺学报 》 2021 北大核心 CSCD
摘要：为了筛选适合于钝裂银莲花类黄酮/花青素合成途径中相关基因q RT-PCR表达分析时的内参基因,根据钝裂银莲花蓝/白不同花色花器官组织的转录组测序结果,选取了多聚泛素酶基因（polyubiquitin,UBQ）、微管蛋白基因（β-tubulin,β-TUB）、水通道蛋白基因（aquaporin,AQP）、肌动蛋白基因（actin,ACT）、甘油醛–3–磷酸–脱氢酶基因（glyceraldehyde-3-phosphatedehydrogenase,GAPDH）、组蛋白基因（histone,HIS）、转录延伸因子基因（elongation factor 1-β,EF-1β）和60S核糖体蛋白基因（60S ribosomal protein L13-1,RPL13）等8个常用内参基因作为候选基因,以钝裂银莲花的叶片、茎杆和蓝/白色花器官等不同组织为试验材料,通过qRT-PCR检测这8个候选内参基因的表达情况,利用geNorm、NormFinder和BestKeeper等软件对其稳定性进行分析评价。结果表明:8个候选内参基因中,UBQ表现最稳定,而β-TUB相对稳定性最差。以最稳定的UBQ为内参对钝裂银莲花类黄酮/花青素合成途径中16个相关基因表达情况进行q RT-PCR分析,结果与前期转录组测序结果一致。UBQ为钝裂银莲花花色素合成途径相关基因表达分析的最适内参基因。
关键词： 钝裂银莲花 实时荧光定量PCR 内参基因 筛选 稳定性 类黄酮/花青素合成途径
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朱砂叶螨各发育阶段内参基因评估及筛选
《湖北农业科学 》 2021 北大核心
摘要：在实时荧光定量PCR试验中需引入一个或几个表达稳定的内参基因作为参照物对表达结果进行校正和标准化处理,但并非所有内参基因都完美地适用于任何特定试验条件下的生物样本,要得到准确、真实的定量结果,就需要筛选与试验匹配的最佳内参基因。研究通过实时荧光定量技术,利用geNorm软件分析,对朱砂叶螨敏感品系及抗炔螨特品系各个发育阶段中6个常用内参基因的表达稳定性进行评估。结果表明,两个品系间RPS18与α-TUB内参基因组合表达稳定度较高;不同发育阶段α-TUB与GAPDH内参基因组合表达稳定度较高。
关键词： 朱砂叶螨 实时荧光定量PCR 内参基因 评估及筛选
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西南鸢尾花色变异实时定量PCR内参基因的筛选与验证
《核农学报 》 2019 北大核心 CSCD
摘要：为筛选适用于不同花色西南鸢尾花色合成途径相关基因表达分析的内参基因,本研究根据西南鸢尾及其白花变型白花西南鸢尾花蕾组织的转录组测序数据,筛选了6个常用内参基因(ɑ-TUB、β-TUB、AQP、ACT、GAPDH、UBQ),同时以百合18S做为对照内参基因,在西南鸢尾及其白花变型白花西南鸢尾的花蕾组织中,分别通过反转录PCR(RT-PCR)初筛和RT-qPCR检测表达量,并利用geNorm、NormFinder和BestKeeper软件对7个候选内参基因的稳定性进行评价。RT-PCR初筛结果显示,7个候选内参基因引物的特异性均较好,在6个样品间没有明显差异; RT-qPCR分析表明,7个候选内参基因的表达量存在一定差异,其中18S表达量最高,UBQ最低; geNorm、NormFinder和BestKeeper分析结果表明,ACT表现最稳定,最适合做为内参基因,β-TUB相对稳定性最低;以Actin为内参对西南鸢尾类黄酮/花青素和类胡萝卜素2类色素合成途径中部分相关基因的RT-qPCR分析结果与转录组测序结果相一致。本研究为鸢尾属植物花色素合成相关基因表达分析内参基因的筛选以及鸢尾属植物资源利用和花色育种研究提供了理论参考。
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琥珀蚕内参基因的克隆及表达稳定性检测
《蚕业科学 》 2018 北大核心 CSCD
摘要：琥珀蚕(Antheraea assama)是一种重要的野蚕种质资源。为了开展琥珀蚕功能基因的研究,选择合适的内参基因非常必要。通过c DNA末端快速扩增技术获得琥珀蚕功能基因研究的3个常用内参基因β-actin、GAPDH和18S rRNA的c DNA全长序列,采用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)分析3个基因在蚕体不同组织中的转录水平,并利用标准化分析软件ge Norm和Norm Finder分析其表达的稳定性。结果显示,3个内参基因的表达稳定性依次为β-actin、GAPDH、18S rRNA。就组织表达而言,β-actin在幼虫的中肠、脂肪体、马氏管、气孔、丝腺和卵巢以及蛹的输卵管中表达相对稳定;就发育时期的表达而言,β-actin在蛾期的表达也相对稳定。此外,GAPDH在幼虫头部、表皮和血液中的表达相对稳定;18S rRNA在幼虫精巢中的表达相对稳定。对琥珀蚕功能基因表达进行qRT-PCR所需内参基因数量的分析表明,选用2个内参基因即可满足试验需求。
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岩白菜实时荧光定量PCR分析的内参基因的筛选
《基因组学与应用生物学 》 2017 北大核心 CSCD
摘要：本研究为筛选在岩白菜中稳定表达的内参基因,以用于岩白菜实时荧光定量PCR研究,以岩白菜的幼叶、成熟叶、叶柄、根、一年生根状茎和二年生根状茎为材料,采用实时荧光定量PCR技术比较了GAPDH、18S rRNA、β-actin、TUA、UBQ5和TUB等6个候选内参基因的表达情况,并经Ge Norm、Norm Finder和Best Keeper等3种软件分析,分析表明6个候选内参基因在岩白菜不同器官中的表达情况存在差异,其中GAPDH和18S rRNA的表达都较为稳定,可作为岩白菜实时荧光定量PCR分析的内参基因。
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