科研产出
甘蓝型油菜BnEOD3基因克隆与比较测序分析
《西南农业学报 》 2019 北大核心 CSCD
摘要：【目的】克隆拟南芥籽粒大小发育母体效应基因EOD3在甘蓝型油菜籽粒中表达的同源基因拷贝,并在大、小籽粒材料间开展序列比较分析。【方法】以1份大籽粒与1份小籽粒种质发育中的籽粒为研究材料,利用RT-PCR克隆发育中籽粒表达的BnEOD3基因拷贝,结合生物信息学手段在大、小籽粒材料间进行差异比较分析。【结果】生物信息学分析发现BnEOD3基因在甘蓝型油菜中有4个同源拷贝(BnaC04g00760D,BnaA05g01200D,BnaC04g50960D,BnaA04g27100D)。其中BnaA04g27100D在大、小籽粒材料发育籽粒中均有表达,且在第114碱基处存在SNP变异(大籽粒为C,小籽粒为G),BnaC04g50960D则仅在小籽粒材料中检测到表达,BnaC04g00760D与BnaA05g01200D基因则在大、小籽粒中均未检测到表达。【结论】BnEOD3基因仅有2个拷贝(BnaA04g27100D和BnaC04g50960D)在发育籽粒中检测到表达,其中BnaA04g27100D在第114碱基处的SNP变异导致氨基酸序列甘氨酸(G)与丙氨酸(A)的氨基酸的差异,可能与大、小籽粒性状有关。
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基于优化ACGM标记的甘蓝型油菜大籽粒材料聚类分析(英文)
《Agricultural Science & Technology 》 2012
摘要：[目的]利用AGGM标记对甘蓝型油菜大籽粒材料进行聚类分析。[方法]根据18个拟南芥籽粒发育相关基因,并结合同源油菜EST序列,设计开发44对ACGM引物。选择其中18对引物对16份大籽粒材料和4份小籽粒材料进行聚类分析。[结果]这18对引物分别稳定扩增出2-6条特异条带,扩增差异明显,多态性丰富,重复度高,表明优化的ACGM标记在甘蓝型油菜中具有良好的通用性。聚类结果显示20份材料在相似系数0.6处分为A、B、C3个类群,其中A、B类又可在相似系数0.67处分为A1、A2、A3、B1、B2五个亚群。[结论]为下一步利用这些材料进行育种及相关科研工作提供一定的理论基础。
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