科研产出
峨眉蔷薇Ro-DREB1C的克隆与生物信息学分析
《西南农业学报 》 2018 北大核心 CSCD
摘要：[目的]丰富月季CBF基因研究的基础数据库,对峨眉蔷薇原变种(Rosa omeiensis Rolfe f. omeiensis) CBF/DREB基因进行克隆和生物信息学分析.[方法]设计特异引物克隆Ro-DREB1C基因的完整CDS区及部分5'端和3'端UTR区序列,使用生物信息学软件分析该基因编码蛋白的理化性质、二三级结构和预测亚细胞定位,构建系统进化树确定Ro-DREB1C隶属的基因家族.[结果]获得峨眉蔷薇Ro-DREB1C基因CDS区603 bp,Gen Bank登录号为KX397104,编码200个氨基酸.蛋白质分子式为C968H1539N263O299S11,其中丝氨酸、亮氨酸和丙氨酸的频率较高,分别占11. 5%、11. 0%和9. 5%,属于不稳定类、弱酸性、亲水蛋白;二级结构以无规则卷曲(71. 5%)为主,不能被归入明确的二级结构如折叠片或螺旋的多肽区段;三级结构预测模板为d1gcca,识别预测序列范围为59~119,识别长度61 bp;该蛋白质无跨膜区和信号肽的存在,亚细胞定位Ro-DREB1C分布在细胞核中的分布最多.与RhCBF比较:Ro-DREB1C的编码区没有单碱基的缺失或插入,共存在21个潜在SNP位点,导致10个差异氨基酸.系统进化分析表明Ro-DREB1C隶属于AP2家族DREB亚家族A-1亚组成员.[结论]峨眉蔷薇可作为优秀的月季耐寒育种材料加以保存和利用.
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峨眉蔷薇Ro-DREB1C的克隆与生物信息学分析
《西南农业学报 》 2018 北大核心 CSCD
摘要：【目的】丰富月季CBF基因研究的基础数据库,对峨眉蔷薇原变种(Rosa omeiensis Rolfe f. omeiensis) CBF/DREB基因进行克隆和生物信息学分析。【方法】设计特异引物克隆Ro-DREB1C基因的完整CDS区及部分5'端和3'端UTR区序列,使用生物信息学软件分析该基因编码蛋白的理化性质、二三级结构和预测亚细胞定位,构建系统进化树确定Ro-DREB1C隶属的基因家族。【结果】获得峨眉蔷薇Ro-DREB1C基因CDS区603 bp,Gen Bank登录号为KX397104,编码200个氨基酸。蛋白质分子式为C968H1539N263O299S11,其中丝氨酸、亮氨酸和丙氨酸的频率较高,分别占11. 5%、11. 0%和9. 5%,属于不稳定类、弱酸性、亲水蛋白;二级结构以无规则卷曲(71. 5%)为主,不能被归入明确的二级结构如折叠片或螺旋的多肽区段;三级结构预测模板为d1gcca,识别预测序列范围为59～119,识别长度61 bp;该蛋白质无跨膜区和信号肽的存在,亚细胞定位Ro-DREB1C分布在细胞核中的分布最多。与RhCBF比较:Ro-DREB1C的编码区没有单碱基的缺失或插入,共存在21个潜在SNP位点,导致10个差异氨基酸。系统进化分析表明Ro-DREB1C隶属于AP2家族DREB亚家族A-1亚组成员。【结论】峨眉蔷薇可作为优秀的月季耐寒育种材料加以保存和利用。
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峨眉蔷薇居群遗传多样性的SSR分析
《江苏农业科学 》 2012 北大核心 CSCD
摘要：以收集的11个峨眉蔷薇群体的88份样本为研究对象,利用SSR技术分析其群体水平遗传多样性。88份样本的多态位点百分率、Nei氏基因多样性指数(H)和Shannon信息指数(I)分别为90.48%、0.196 0和0.316 6。比较11个群体的遗传多样性指标,种质间遗传变异44.73%,种质内遗传变异55.27%。东环线的遗传多样性最高(H=0.137 7,I=0.206 8,多态位点百分率为38.78%)。聚类分析结果显示,11个群体可聚为4支。群体间遗传分化系数(Gst)和基因流(Nm)分别为0.447 3和0.617 9,表明峨眉蔷薇基因分化明显,各群体间基因交流受阻。
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云南峨眉蔷薇天然群体的表型多样性
《西南农业学报 》 2009 北大核心 CSCD
摘要：为了从数量上分析峨眉蔷薇(Rosa omeiensis Rolfe)天然居群表型性状在居群间和居群内的变异,对分布在云南的9个峨眉蔷薇天然居群的11个表型性状进行了测量和比较分析。结果表明,11个性状群体间和群体内的F值均达到极显著水平,说明峨眉蔷薇表型性状在群体间和群体内存在着极其丰富的变异。11个性状群体平均表型分化系数为73.55%,群体间变异(50.65%)大于群体内变异(17.81%),说明群体间变异是峨眉蔷薇表型性状的主要变异来源。利用群体间欧氏距离进行的UPGMA聚类分析结果表明,9个天然群体可以划分为3类,群体间的遗传距离关系与群体采种点的生态地理位关系基本上一致。
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