裸子植物DNA条形码ITS2高通用性引物的筛选(英文)

李燕; 吴丁; 高连明; 《植物分类与资源学报 》 2013 北大核心 CSCD

摘要：DNA条形码技术是利用标准DNA片段进行准确快速鉴定物种的一种方法,理想的DNA条形码片段应具有高通用性。虽然核糖体DNA内部转录间隔区II(ITS2)被建议作为种子植物有效的DNA条形码,但目前裸子植物还没有通用性高的引物可用。为获得高通用性的ITS2引物,本研究基于裸子植物55个属的5.8S基因的保守序列区设计了3个正向引物,与已有的ITS反向引物组合,组成了7对ITS2引物进行通用性的评价。选取了裸子植物8目、12科和40属的56个种用于本文的研究。引物组合5.8SR/ITS4、5.8SRa/ITS4和5.8SF2/S3R因为在科水平评价中通用性低或者产生的PCR产物有双带,因而排除在全部物种水平上进一步评价。其余4对引物(GYM_5.8SF1/ITS4、GYM_5.8SF1/S3R、GYM_5.8SF2/ITS4和S2F/S3R)在56个物种的PCR检测中,均有100%的扩增率。基于PCR产物的亮度、序列质量和正反向引物覆盖率的综合评价,建议引物GYM_5.8SF2/ITS4作为裸子植物条形码片段ITS2最好的通用引物。

关键词： DNA条形码 裸子植物 ITS2 引物通用性 物种鉴定