'波邦'咖啡叶绿体基因组密码子使用特征研究

李亚麒; 李贵平; 李亚男; 付兴飞; 黄家雄; 毕晓菲; 喻好好; 刘德欣; 胡发广; 《种子 》 2024 北大核心 CSCD

摘要：本研究对小粒咖啡‘波邦’叶绿体基因组进行系统分析，探讨影响密码子使用偏性形成的因素。结果表明，‘波邦’叶绿体基因组密码子偏好性较弱，倾向于A/T结尾的密码子。ENC-GC3s绘图、PR2绘图以及中性绘图分析表明，‘波邦’密码子偏好性受突变影响的同时，也受自然选择等因素的影响，但自然选择起到更大的作用。进一步对应分析发现，基因表达水平、基因长度、GC含量对‘波邦’密码子偏性也有影响。密码子使用频率结果表明，拟南芥、烟草和酿酒酵母可考虑作为‘波邦’基因的表达受体系统，其中，烟草与酿酒酵母更为理想。研究表明，在‘波邦’中发现了GCT、TGT、GAT等20个高频密码子，确定了GCA、GCT、TGT等21个最优密码子。

关键词： ‘波邦’ 小粒咖啡 叶绿体基因组 密码子偏好性 表达效率