文献类型： 中文期刊

作者： 李亚麒 ¹ ; 李贵平 ¹ ; 李亚男 ¹ ; 付兴飞 ¹ ; 黄家雄 ¹ ; 毕晓菲 ¹ ; 喻好好 ¹ ; 刘德欣 ¹ ; 胡发广 ¹ ;

作者机构： 1.云南省农业科学院热区生态农业研究所

关键词： ‘波邦’;小粒咖啡;叶绿体基因组;密码子偏好性;表达效率

期刊名称： 种子

ISSN： 1001-4705

年卷期： 2024 年 004 期

页码： 27-36

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 本研究对小粒咖啡‘波邦’叶绿体基因组进行系统分析，探讨影响密码子使用偏性形成的因素。结果表明，‘波邦’叶绿体基因组密码子偏好性较弱，倾向于A/T结尾的密码子。ENC-GC3s绘图、PR2绘图以及中性绘图分析表明，‘波邦’密码子偏好性受突变影响的同时，也受自然选择等因素的影响，但自然选择起到更大的作用。进一步对应分析发现，基因表达水平、基因长度、GC含量对‘波邦’密码子偏性也有影响。密码子使用频率结果表明，拟南芥、烟草和酿酒酵母可考虑作为‘波邦’基因的表达受体系统，其中，烟草与酿酒酵母更为理想。研究表明，在‘波邦’中发现了GCT、TGT、GAT等20个高频密码子，确定了GCA、GCT、TGT等21个最优密码子。