科研产出
云南烟草产区辣椒脉斑驳病毒的调查及其遗传多样性分析
《植物保护 》 2024 北大核心 CSCD
摘要：明确辣椒脉斑驳病毒(chilli veinal mottle virus,ChiVMV)在云南6个州(市)烟草生产区的分布、遗传多样性和群体遗传结构,对病害的防控预警具有重要意义.本研究以2022年采集自云南6个州(市)不同烟草产区的96份疑似感染ChiVMV的烟草样品为试验材料,利用电子显微镜负染色观察和分子生物学方法对病毒进行检测和鉴定,获得21个ChiVMV云南烟草分离物的 cp基因序列.利用SDT、MEGA、RDP、DnaSP及Arlequin等生物学软件对21个云南烟草分离物及NCBI上下载的38个来自不同国家、地区及寄主的ChiVMV分离物cp基因序列的系统进化、遗传多样性和群体遗传结构特征进行分析.结果显示,从云南6个州(市)烟草生产区采集的96份烟草样品中,ChiVMV检出率为51.04%;序列比对发现,本研究获得的cp基因与NCBI中38个ChiVMV分离物cp基因的核苷酸一致性在84.1%以上;系统发育分析发现,59个ChiVMV分离物按照地理位置的远近被划分为4个分支,聚类结果具有明显的地理分布特征,而与寄主植物无关;遗传多样性和遗传分化分析表明,4个地理种群的ChiVMV cp基因遗传多样性水平均较高,中国种群与印度、泰国和其他国家种群间发生了很大的遗传分化且差异显著(P<0.05);遗传力分析显示,基因交流、遗传漂变和基因的负选择压力是ChiVMV分离物适应性进化的重要方式.
关键词： 辣椒脉斑驳病毒 云南 遗传多样性 遗传结构 cp基因
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滇龙胆居群遗传多样性和遗传结构分析
《中草药 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：目的 揭示不同分布区滇龙胆Gentiana rigescens的遗传多样性与遗传结构。方法 基于GBS（genotyping-by-sequencing）简化基因组（reduced-representation genome sequencing,RRGS）技术对采自云南、四川和贵州的19个居群147株滇龙胆进行测序；利用样本SNPs数据集结合聚类树分析、主成分分析、遗传结构分析、Mantel检验等方法，从基因组水平研究滇龙胆居群的遗传多样性与遗传结构；结果 聚类树分析、主成分分析及遗传结构分析显示，不同分布区采集的样品有明显的基因型差异；依据样品地理来源，19个居群大致可分为横断山区（分布于滇西北和川西南的居群）及云贵高原（分布于滇西、滇中、滇东南及贵州的居群）2个亚群。通过观测观测杂合度（observed heterozygosity,Ho）、期望杂合度（expected heterozygosity,He）、多态信息含量（polymorphic information,PIC）、Shannon多样性指数（shannon’s diversity index,I）、Nei’s多样性指数（Nei’s gene diversity,Nei’s）、核苷酸多样性（nucleotide diversity，π）比较，发现云贵高原的居群遗传多样性高于横断山区的居群(云贵高原居群遗传多样性参数均值：Ho=0.052,He=0.110,PIC=0.088,I=0.164,Nei’s=0.127，π=1.677×10-3；横断山区居群遗传多样性参数均值：Ho=0.051,He=0.098,PIC=0.077,I=0.144,Nei’s=0.114，π=1.175×10-3)；居群遗传分化系数（genetic differentiation index,FST）和基因流（gene flow,Nm）分析显示，滇龙胆居群间存在一定的遗传分化和基因流；遗传变异分析（AMOVA）显示滇龙胆种内变异主要来自居群内；基于23个环境变量的环境差异分析显示，横断山亚群与云贵高原亚群生境的热量与UV-B辐射存在差异；Mantel检验显示，居群间的遗传分化主要由环境差异导致，其中UV-B辐射与居群FST呈极显著正相关（P＜0.01）。结论 横断山区与云贵高原滇龙胆居群遗传结构和遗传多样性具有差异，分布区UV-B辐射变化可能是驱动滇龙胆居群遗传分化的重要因素。
关键词： 滇龙胆 遗传多样性 遗传结构 简化基因组测序 资源评价
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云南不同稻区稻瘟病菌群体遗传结构的SSR分析
《中国农学通报 》 2023 CSCD
摘要：为了解稻瘟病菌的群体遗传结构，选用13对SSR标记对2007—2013年分离自云南省陆稻区、籼稻区和粳稻区（共计13个州）的125个稻瘟病菌单孢菌株的全基因组DNA进行PCR扩增及分析，结果13对引物共检测出128个等位基因；聚类分析表明，在相似系数为0.57时，125个供试菌株可划分为29个遗传宗谱，优势宗谱YN02包含了39个菌株，占总菌株数的31.20%，次优势宗谱YN08包含了15个菌株，占总菌株数的12.00%，其余71个菌株分属27个宗谱；表明云南省既有优势宗谱，又有较多遗传多样性的小宗谱，菌株群体遗传多样性丰富；比较不同稻区菌株群体的宗谱频率发现，陆稻区菌株的宗谱频率为65.52%，粳稻区和籼稻区菌株的宗谱频率分别为27.59%和13.79%，表明陆稻区菌株群体的遗传结构比粳稻区、籼稻区菌株复杂。因此，针对菌株群体宗谱较少，且优势宗谱突出的地方，应加强品种多样化种植，有利于稻瘟病菌群体的稳定化选择，降低病害流行风险。
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云南粳稻遗传多样性及群体结构分析
《生物技术通报 》 2018 北大核心 CSCD
摘要：通过分析云南省不同育种单位粳稻选育品种的遗传多样性,阐明云南粳稻品种的遗传结构及其亲缘关系,为粳稻育种提供参考依据。利用30对SSR多态性引物,对7个育种单位的163份粳稻选育品种进行等位基因多样性、遗传结构和聚类分析。共检测等位基因207个,每个位点等位基因变幅为2-17,平均等位基因数为6.6;基因多样性指数变异范围为0.024 4-0.823 9,平均为0.479 8;多态信息含量(PIC)变异范围为0.024 1-0.802 5,平均为0.440 7。基于Nei’s遗传距离的系统聚类把供试材料分为4大类群,基于模型的群体结构分析,供试材料被分为2个亚群。来自大理州农科院和保山市农科院的品种全部分在第1亚群中,楚雄州农科院和云南省农业科学院的品种主要集中在第2亚群中。丽江市农科院、曲靖市农科院的品种平均分布在两个亚群中。云南省育成的粳稻品种遗传多样性不够丰富,同一单位选育的品种遗传相似度较高,品种间亲缘关系与地域性存在一定的相关性,云南省丰富的粳稻资源还没有被完全挖掘利用。
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蜜蜂囊状幼虫病毒多聚蛋白基因遗传结构分析
《西南师范大学学报(自然科学版) 》 2015 北大核心 CSCD
摘要：为了解蜜蜂囊状幼虫病毒的遗传变异及分化,采用多聚蛋白基因对其进行遗传结构分析.结果表明:在比对的441bp基因片段中,有356个保守位点,85个变异位点,无缺失位点.构建系统进化树显示该病毒存在3个明显的分支,分支Ⅰ为中国的重庆、云南病毒株;分支Ⅱ为印度病毒株;分支Ⅲ为德国、英国、奥地利、韩国病毒株.中国、韩国、尼泊尔、印度等亚洲地区存在多个病毒株.中介网络图显示病毒株基本按照宿主种类进行聚类,表明同一地区存在多个病毒株系可能与宿主有密切关系.
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三七栽培居群遗传多样性的EST-SSR分析
《植物遗传资源学报 》 2011 北大核心 CSCD
摘要：利用EST-SSR标记分析比较6个文山三七居群的遗传多样性和遗传结构,并以2个近缘种为对照进行聚类分析。17对人参属EST-SSR引物在8个居群中共检测到205个多态位点。在居群水平上,6个三七栽培居群的平均多态性信息量为0.729,Ne i′s基因多样性为0.1568,Shannon多样性指数为0.2466,居群间的遗传分化系数为0.2350。研究显示三七具有丰富的遗传多样性,但彼此间具较高的基因交流,居群间遗传分化水平低,遗传差异主要存在于居群内;另外,遗传相似度和聚类分析显示,三七及其近缘种被划分为3个大类群,6个三七栽培居群被分为3个小类群,三七与珠子参有较近的遗传关系,而与屏边三七的遗传距离较远。
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