科研产出
野生蒜芥茄SsRPM1基因的生信分析、亚细胞定位及表达分析
《华北农学报 》 2025 北大核心 CSCD
摘要：为了探究NBS-LRR类基因RPM1在茄属植物抗黄萎病中的作用，以茄属中的野生茄-蒜芥茄为材料，在其转录测序的基础上，克隆RPM1基因同源序列，分析该序列编码蛋白的理化性质、分子结构，构建进化树，以及在烟草中进行亚细胞定位，同时检测蒜芥茄不同部位中RPM1基因的相对表达量，以及在接种大丽轮枝菌(黄萎病病原菌的一种)后4个时间点(0,24,48,72 h)的相对表达量。结果发现，在蒜芥茄中RPM1基因(命名为SsRPM1)序列全长2 772 bp,编码924个氨基酸。SsRPM1蛋白总分子质量为105.99 ku,是不存在跨膜结构的碱性亲水蛋白，该蛋白主要由α螺旋和无规卷曲构成，包括LRR、NBC和CC 3种结构域，欧白英RPM1蛋白与其亲缘性关系最近；在烟草中的亚细胞定位发现该蛋白位于细胞膜上；SsRPM1基因在蒜芥茄的不同器官(根、茎、叶)中均有表达，其中茎的相对表达量最高，其次是叶，最后是根。在接种大丽轮枝菌后，总体上看，对照组和接菌处理组的SsRPM1基因表达情况皆呈现先上升后下降的趋势，在24 h最高。与对照组相比，接菌处理组的基因相对表达量较低，暗示蒜芥茄SsRPM1是响应黄萎病胁迫的负调控基因。
关键词： 野生茄 RPM1基因 黄萎病 生物信息学 亚细胞定位 基因表达
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云南野生茄资源的分类和遗传多样性研究
《热带作物学报 》 2018 北大核心 CSCD
摘要：为了明确云南野生茄资源的遗传背景,对其进行分类鉴定,本研究利用9个形态性状和8对SSR引物对从云南省搜集的43份野生茄资源进行遗传多样性分析。6个数量性状的变异系数在14.89%~95.64%之间,变异系数最大的性状是单果重,最小的是果实横径,遗传多样性指数在1.638~1.993之间。3个质量性状中,果实颜色主要为绿色和绿紫色,果实形状主要为圆球形和卵圆形,而果肉颜色主要是白色和绿白色。特征值大于1的主成分共有3个,累计贡献率为69.453%,其中果实特征占主要成分。8对SSR引物的平均有效等位基因数为1.7276,Shannon’s信息指数为0.641 1,多样性指数为0.385 0。非加权算术平均法(UPGMA)聚类分析表明,在相似系数0.48处,43份野生茄资源划分为2大类群,第一类群包括7份野茄材料,其余36份为第二类群。以上结果可为野生茄资源的进一步研究和利用提供理论依据。
关键词： 野生茄 形态性状 SSR标记 遗传多样性 聚类分析
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