科研产出
福建及贵州等地烟草青枯菌系统发育分析
《植物保护 》 2012 CSCD
摘要：[目的]探寻烟草上青枯菌的系统发育。[方法]采用演化型分类框架对福建及贵州等地的62个烟草青枯病菌株进行鉴定分析。[结果]基于内切葡聚糖酶基因系统发育学的分析结果表明:所有参试菌株均归属于青枯菌亚洲分支的4个序列变种,分别为序列变种15、17、34和44;尚未发现归属于美洲或非洲分支的烟草青枯病菌株。其中序列变种15和17为优势菌系,序列变种34的菌株都来自福建省,只发现3个菌株属于序列变种44。基于avrA基因的氨基酸序列比对结果表明4个序列变种的avrA基因都属于RS1000类型。[结论]本研究表明福建及贵州等地烟草上的青枯菌存在一定的遗传分化。
植物病原细菌(Ralstonia solanacearum)染色体基因组分泌信号肽计算机分析
《西南农业学报 》 2008 北大核心 CSCD
摘要：应用SignalP 3.0、TMHMM 2.0、THUMBUP、big-PI、TargetP1.01、Lipop 1.0、TatP 1.0等7种软件对植物病原细菌Ralstonia solanacearum GMI1000染色体基因组3448个氨基酸序列进行预测分析。结果表明,该物种染色体基因组分泌信号肽ORFs有178个,占其基因组编码ORFs的5.2%,其中有150个ORFs属于Ⅰ型分泌信号肽,28个ORFs属于Ⅱ型分泌信号肽。在178个ORFs中具RR-motif信号肽结构的有13个,其中11个属于Ⅰ型信号肽,2个属于Ⅱ型信号肽。通过软件预测未发现Comc型信号肽与细菌素-信息素型信号肽结构。在染色体分泌信号肽ORFs中,有116个具可预测功能,其余62个为功能未知的推定蛋白。已知功能主要集中于细胞代谢、细胞调控及转运、细胞膜结构等领域,这些功能是该物种在长期进化过程中与环境中各种因子发生互作,相互适应的结果。
关键词： Ralstonia solanacearum GMI1000 染色体基因组 分泌信号肽
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