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植物病原细菌(Ralstonia solanacearum)染色体基因组分泌信号肽计算机分析

文献类型： 中文期刊

作者： 周晓罡 1 ; 丁玉梅 1 ; 张绍松 1 ; 孙茂林 1 ; 李建平 2 ;

作者机构： 1.云南省农业科学院生物技术与种质资源研究所

2.云南农业大学农业职业技术学院

关键词： Ralstonia solanacearum;GMI1000;染色体基因组;分泌信号肽

期刊名称： 西南农业学报

ISSN： 1001-4829

年卷期： 2008 年 21 卷 02 期

页码： 340-345

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 应用SignalP 3.0、TMHMM 2.0、THUMBUP、big-PI、TargetP1.01、Lipop 1.0、TatP 1.0等7种软件对植物病原细菌Ralstonia solanacearum GMI1000染色体基因组3448个氨基酸序列进行预测分析。结果表明,该物种染色体基因组分泌信号肽ORFs有178个,占其基因组编码ORFs的5.2%,其中有150个ORFs属于Ⅰ型分泌信号肽,28个ORFs属于Ⅱ型分泌信号肽。在178个ORFs中具RR-motif信号肽结构的有13个,其中11个属于Ⅰ型信号肽,2个属于Ⅱ型信号肽。通过软件预测未发现Comc型信号肽与细菌素-信息素型信号肽结构。在染色体分泌信号肽ORFs中,有116个具可预测功能,其余62个为功能未知的推定蛋白。已知功能主要集中于细胞代谢、细胞调控及转运、细胞膜结构等领域,这些功能是该物种在长期进化过程中与环境中各种因子发生互作,相互适应的结果。

  • 相关文献

[1]Development of a specific molecular tool for the detection of epidemiologically active mulberry causing-disease strains of Ralstonia solanacearum phylotype I (historically race 5-biovar 5) in China. Xu, J.,Xu, J. S.,Zhang, H.,Chen, K. Y.,Tian, Q.,Zhang, L. Q.,Liu, L.,He, L. Y.,Feng, J.,Prior, P.,Pan, Z. C..

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