四种天麻基于SLAF测序的SNP标记开发与分析

丛琨; 朱新焰; 石亚娜; 付坚; 王家金; 钱均祥; 季鹏章; 《分子植物育种 》 2020 北大核心 CSCD

摘要：为了分析天麻种质资源的遗传多样性及其进化关系,开发特异性SNP(Single nucleotide polymorphism)标记位点.实验通过对4种不同种或不同产地的同种天麻共28个样品进行SLAF测序,首次在天麻种质资源中得到SLAF标签并开发SNP标记,通过De nove测序技术,构建SLAF文库,利用GATK和SAMTOOLS技术开发SNP标记.共获得75.95 M高质量的reads数据,471 001个SLAF标签,其中多态性SLAF标签19 675个,并开发出60 238个群体SNP.对SNP标记的分析的结果表明,作为主要栽培种的天麻(W)由于长时间的人工培育,也许使得其遗传进化体系与其他的天麻种质资源存在较大差异.另外,所有样品中SNP标记的杂合率普遍高于20%,突出了天麻这一物种广泛的杂合性.而且,利用简化基因组测序技术SLAF-seq可以高效地、低成本地开发出大量的可用于群体遗传结构分析的SNP标记.

关键词： 天麻(Gastrodia elata Bl.) SLAF测序 SNP标记