科研产出
云南水稻种质资源的遗传多样性分析
《植物遗传资源学报 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：利用基因芯片GSR40K评估了135份来自云南不同海拔地区水稻种质资源的遗传多样性和群体结构。结果显示云南不同海拔地区水稻种质资源具有较丰富的遗传多样性，利用SNP标记进行籼粳特性分型，将种质资源分为籼稻类型、偏籼类型、中间类型、粳稻类型和偏粳类型；利用单倍型标记和功能标记鉴定了与育种相关的82个基因，结果表明135份材料都含有非落粒性相关的基因，接近70%的水稻品种含有稻瘟病抗性基因，含有抗虫基因及香味基因的品种数量较少；利用聚类和主成分分析将135份材料分成7个亚群，通过遗传分化指数GST值评估每一个标记位点在7个亚群之间的分化程度，结果表明7个亚群间存在高度的遗传分化，且135份水稻品种基因组区域上至少有0.09%的区域是完全不一样的，而有0.08%的区域是频繁交流和固定的，因此不同亚群间的基因交流频率极低。利用亚群间海拔高度的差异，分析群体间的差异基因组区域，推测可能是与海拔适应性相关。本研究结果为云南地方水稻资源的有效保护和高效利用提供科学依据。
关键词： 遗传多样性 群体结构 基因芯片 SNP标记 遗传分化
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四种天麻基于SLAF测序的SNP标记开发与分析
《分子植物育种 》 2020 北大核心 CSCD
摘要：为了分析天麻种质资源的遗传多样性及其进化关系,开发特异性SNP(Single nucleotide polymorphism)标记位点.实验通过对4种不同种或不同产地的同种天麻共28个样品进行SLAF测序,首次在天麻种质资源中得到SLAF标签并开发SNP标记,通过De nove测序技术,构建SLAF文库,利用GATK和SAMTOOLS技术开发SNP标记.共获得75.95 M高质量的reads数据,471 001个SLAF标签,其中多态性SLAF标签19 675个,并开发出60 238个群体SNP.对SNP标记的分析的结果表明,作为主要栽培种的天麻(W)由于长时间的人工培育,也许使得其遗传进化体系与其他的天麻种质资源存在较大差异.另外,所有样品中SNP标记的杂合率普遍高于20%,突出了天麻这一物种广泛的杂合性.而且,利用简化基因组测序技术SLAF-seq可以高效地、低成本地开发出大量的可用于群体遗传结构分析的SNP标记.
关键词： 天麻(Gastrodia elata Bl.) SLAF测序 SNP标记
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