基于草莓基因组序列高通量开发月季SSR标记

李淑斌; 周宁宁; 王其刚; 陈敏; 周青; 蹇洪英; 晏慧君; 邱显钦; 张颢; 《西南农业学报 》 2015 北大核心 CSCD

摘要：研究根据草莓基因组和月季基因组的同线性关系,高通量开发月季SSR共显性标记。利用MISA软件对总长206.8Mb的草莓基因组序列进行扫描,共识别49 029个SSR位点,平均每4.2 kb包含1个SSR位点。利用primer3软件成功对21 288个SSR位点设计引物。利用中国古老月季品种‘月月粉’(Rosa chinensis‘Old blush’)和园艺品种‘无刺光叶蔷薇’(Rosa wichuriana‘Basye’s thornless’),随机选取300对SSR引物进行PCR扩增,40对引物获得清晰条带,扩增率为13.3%,发现其中8个可转移的SSR位点位于草莓基因组第六染色体63 959 bp的基因组区间。研究结果为月季和草莓间的比较基因组学研究提供了分子证据,为月季生物学研究提供宝贵的标记资源。

关键词： 草莓属 月季 基因组同线性 SSR开发