科研产出
西方蜜蜂囊状幼虫病病毒云南毒株的多聚蛋白基因扩增及序列分析
《中国生物制品学杂志 》 2021 CSCD
摘要：目的扩增云南地区西方蜜蜂（Apis mellifera）自然感染囊状幼虫病病毒（sacbrood virus,SBV）的多聚蛋白（polyprotein）基因,并进行序列分析。方法采用RT-PCR方法分别从云南3份感染SBV的西方蜜蜂幼虫样本中扩增SBV的多聚蛋白基因,进行序列测定、拼接、序列比对、基因重组及分子进化分析。结果通过序列拼接得到3条云南西方蜜蜂的SBV（AmSBV-YN）序列,占SBV基因组长度的97%,包含完整的多聚蛋白基因。3条AmSBV-YN序列间的同源性大于99%,与GenBank上已知SBV序列的同源性为91%～93%。AmSBV-YN与韩国西方蜜蜂的SBV（AmSBV-Kor）KP296800可能在5′端发生重组。多聚蛋白基因构建的进化树显示,AmSBV-YN单独构成云南基因型,在RNA依赖的RNA聚合酶（RNA-dependent RNA polymerase,RdRp）基因进化树中显示,AmSBV-YN与其他感染中国西方蜜蜂的SBV（AmSBV-Chn）聚集成云南基因型。结论成功扩增出SBV云南毒株的多聚蛋白基AmSBV-YN,SBV具有丰富的遗传多样性,AmSBV-YN可能是感染我国西方蜜蜂SBV的代表株。
关键词： 蜜蜂 囊状幼虫病病毒 多聚蛋白基因 同源性 进化树
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基于细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ基因的小蜡螟系统进化分析
《应用昆虫学报 》 2019 北大核心 CSCD
摘要：【目的】小蜡螟Achroia Grisella Fabricius作为蜂业生产中的主要虫害,为确认它在鳞翅目昆虫中的遗传地位,本研究克隆了小蜡螟细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ基因COⅠ,并对其序列进行相关生物信息学分析。【方法】根据NCBI已登录鳞翅目昆虫线粒体基因组mtDNA中COⅠ基因保守序列设计简并引物,以小蜡螟基因组为模板进行PCR,克隆并测序得到小蜡螟mtDNA CO Ⅰ基因序列(GenBank登录号:MF509586)。【结果】对CO Ⅰ基因编码区进行序列分析发现,其翻译的起始码子为TTG,以碱基T作为不完全终止;通过CO Ⅰ基因同源性和遗传距离分析发现,小蜡螟与大蜡螟Galleria mellonella同源性最高且遗传距离最近,分别为88.3%、0.117。系统进化分析发现,小蜡螟与其它鳞翅目昆虫聚为一支,其中螟蛾科昆虫大蜡螟、小蜡螟、米蛾Corcyra cephalonica和梢斑螟Corcyra cephalonica聚在一个小的分支。【结论】小蜡螟与大蜡螟的进化地位最为相近,也说明了利用CO Ⅰ基因可以区分同属不同种的蜡螟,研究结果为了解小蜡螟的遗传背景提供理论基础。
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miR-124在西方蜜蜂三种蜂型中的表达分析与功能推测
《应用昆虫学报 》 2017 北大核心 CSCD
摘要：【目的】miR-124与神经系统发育相关,在多细胞动物脑中特异表达。本研究拟验证miR-124是否在西方蜜蜂3种蜂型的脑中特异表达以及在3种蜂型当中表达差异与功能分析,为西方蜜蜂中miR-124功能研究奠定基础。【方法】设计茎-环状引物反转录miRNA,定量PCR(称为stem-loop RT-qPCR检测法)检测miR-124在西方蜜蜂3种蜂型头部及其他部位表达情况;以邻位相连法构建miR-124系统进化树;利用BioEdit软件对miR-124成熟序列进行同源性分析;查找miR-124在西方蜜蜂当中的靶基因并对靶基因进行功能分析。【结果】miR-124在3种蜂型头部高量表达,其中工蜂最高,雄蜂次之,蜂王最低;miR-124在3种蜂型的其他部位微量表达,相对于3种蜂型头部几乎不表达;多物种中,miR-124同源性最低达到82.6%,最高达到100%;在西方蜜蜂中获得96个miR-124靶基因,45个靶基因获得基因注释,功能归类显示多个miR-124靶基因参与神经发育与调节。【结论】miR-124在3种蜂型头部特异表达,其中在工蜂头部表达最高,雄蜂次之,蜂王最低,而在三型蜂中,由于工蜂的脑最发达,雄蜂的次之,蜂王的最小,推测miR-124与西方蜜蜂3种蜂型的脑发育和调控3种蜂型分工相关。
关键词： miR-124 神经发育 分子进化 同源性 GO分析 Pathway分析
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miR-124在西方蜜蜂三种蜂型中的 表达分析与功能推测
《应用昆虫学报 》 2017 北大核心 CSCD
摘要：[目的]miR-124与神经系统发育相关,在多细胞动物脑中特异表达.本研究拟验证miR-124是否在西方蜜蜂3种蜂型的脑中特异表达以及在3种蜂型当中表达差异与功能分析,为西方蜜蜂中miR-124功能研究奠定基础.[方法]设计茎-环状引物反转录miRNA,定量PCR(称为stem-loop RT-qPCR检测法)检测miR-124在西方蜜蜂3种蜂型头部及其他部位表达情况;以邻位相连法构建miR-124系统进化树;利用BioEdit软件对miR-124成熟序列进行同源性分析;查找miR-124在西方蜜蜂当中的靶基因并对靶基因进行功能分析.[结果]miR-124在3种蜂型头部高量表达,其中工蜂最高,雄蜂次之,蜂王最低;miR-124在3种蜂型的其他部位微量表达,相对于3种蜂型头部几乎不表达;多物种中,miR-124同源性最低达到82.6%,最高达到100%;在西方蜜蜂中获得96个miR-124靶基因,45个靶基因获得基因注释,功能归类显示多个miR-124靶基因参与神经发育与调节.[结论]miR-124在3种蜂型头部特异表达,其中在工蜂头部表达最高,雄蜂次之,蜂王最低,而在三型蜂中,由于工蜂的脑最发达,雄蜂的次之,蜂王的最小,推测miR-124与西方蜜蜂3种蜂型的脑发育和调控3种蜂型分工相关.
关键词： miR-124 神经发育 分子进化 同源性 GO 分析 Pathway 分析
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傅里叶红外光谱对野生及栽培滇龙胆不同部位的研究
《光谱学与光谱分析 》 2016 EI SCI 北大核心 CSCD
摘要：中药及其制剂的应用具有悠久历史,随着研究的深入,市场需求量日益增加,野生资源难以满足市场需求,开展野生和栽培品及化学成分累积动态的研究具有重要意义。为了比较野生和栽培的滇龙胆不同部位(根、茎、叶)化学成分的差异,用傅里叶红外光谱、二阶导数光谱对其进行分析及评价研究。采集60份样品的红外光谱数据,用Nicolet Omnic8.0软件计算各个样品的二阶导数光谱和匹配值。结果显示,野生和栽培滇龙胆根、茎及叶的红外光谱图整体峰形相似,在1 732,1 643,1 613,1 510,1 417,1 366,1 322,1 070cm-1附近主要为酯类、萜类、糖类物质的吸收峰。1 800~600cm-1波段范围内,样品与龙胆苦苷标准品二阶导数光谱的峰位和峰强有差异,具有多个指纹特征峰,分别为1 679,1 613,1 466,1 272,1 204,1 103,1 074,985,935cm-1;野生和栽培样品的根在1 613cm-1(龙胆苦苷中萜类物质C—C吸收峰)附近特征峰明显强于茎和叶,根中龙胆苦苷类成分高于茎及叶;野生样品的茎在1 521,1 462,1 452cm-1附近为木质素类物质的苯环骨架振动峰,并呈现强吸收峰,栽培样品茎呈现中等强峰,茎富含木质素类物质。所有样品红外光谱与野生样品根的平均光谱相似度较大,二阶导数光谱与野生样品根的平均光谱的相关性差异较大,相似度大小分别为:根>茎>叶。红外光谱法结合二阶导数谱能为同类物种野生和栽培药材不同部位的差异分析和评价提供参考。
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云南羊肚菌rDNA的ITS序列与亲缘关系分析
《食用菌学报 》 2007
摘要：采用ITS(Internal Transcribed Spacers)序列比对技术分析了根据形态挑选的14个羊肚菌子实体(其中11个来自云南,3个来自浙江)。结果表明,云南的11个羊肚菌子实体(M1~M11)可分为4个种:高羊肚菌(Morchella elata),尖顶羊肚菌(Morchella conica),粗柄羊肚菌(Morchella crassipes)和大孔(宽肋)羊肚菌(Morchella costata)。浙江的3个羊肚菌子实体(M12~M14)经鉴定为未知羊肚菌种。14个羊肚菌子实体样品和GenBank中黑脉(小顶)羊肚菌[Morchella angusticeps(AJ698476)]、美味羊肚菌[Morchella esculenta(AJ698475)]以及羊肚菌科常见属钟菌属Verpa conica(AJ544206)的ITS序列聚类,以钟菌(AJ544206)作为外类群,可分为三大聚类群:高羊肚菌、大孔(宽肋)羊肚菌和黑脉(小顶)羊肚菌为第1类群(Group1);美味羊肚菌和尖顶羊肚菌为第2类群(Group2);粗柄羊肚菌和浙江的3个羊肚菌为第3类群(Group3)。
关键词： 羊肚菌 Internal Transcribed Spacers序列 相似性
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云南美味牛肝菌ITS区域结构特点
《云南植物研究 》 2006 北大核心 CSCD
摘要：利用ITS的通用引物(ITS5-ITS4)对云南的美味牛肝菌(Boletusedulis)子实体的DNA进行PCR扩增,扩增产物回收后直接测序。序列的聚类分析表明,在ITS1-5.8SrDNA-ITS2区域,云南的美味牛肝菌与欧洲的夏牛肝菌(B.aestivalis)和铜色牛肝菌(B.aereus)同源性较高,但在ITS2区域夏牛肝菌和铜色牛肝菌分别有一段美味牛肝菌没有的大小分别为73bp和26bp的特征序列。
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