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基于优化ACGM标记的甘蓝型油菜大籽粒材料聚类分析(英文)

Agricultural Science & Technology 2012

摘要:[目的]利用AGGM标记对甘蓝型油菜大籽粒材料进行聚类分析。[方法]根据18个拟南芥籽粒发育相关基因,并结合同源油菜EST序列,设计开发44对ACGM引物。选择其中18对引物对16份大籽粒材料和4份小籽粒材料进行聚类分析。[结果]这18对引物分别稳定扩增出2-6条特异条带,扩增差异明显,多态性丰富,重复度高,表明优化的ACGM标记在甘蓝型油菜中具有良好的通用性。聚类结果显示20份材料在相似系数0.6处分为A、B、C3个类群,其中A、B类又可在相似系数0.67处分为A1、A2、A3、B1、B2五个亚群。[结论]为下一步利用这些材料进行育种及相关科研工作提供一定的理论基础。

关键词: 甘蓝型油菜 大籽粒 聚类分析 ACGM标记

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基于优化ACGM标记的甘蓝型油菜大籽粒材料聚类分析

江苏农业科学 2012 北大核心 CSCD

摘要:利用从44对优化的ACGM引物中选出18对标记对16份油菜大籽粒材料和4份小籽粒材料进行聚类分析聚类结果显示20份材料在相似系数0.6处分为A、B、C 3个类群,其中A、B类又可在相似系数0.67处分为A1、A2、A3、B1、B2 5个亚群。这18对引物分别稳定扩增出2~6条特异条带,扩增差异明显,多态性丰富,重复度高,表明优化的ACGM标记在甘蓝型油菜中具有良好的通用性。

关键词: 甘蓝型油菜 大籽粒 聚类分析 ACGM标记

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云南红花种质资源主要农艺性状的遗传多样性分析

植物遗传资源学报 2012 北大核心 CSCD

摘要:为加强红花种质资源的研究利用,对筛选出的66份云南红花优异种质资源16个形态性状进行聚类分析与主成分分析。结果表明:云南红花种质资源具有丰富的遗传多样性,多样性指数最高的是果球着粒数,其次是株高、最末分枝高度和千粒重;性状变异系数最大的是分枝总数,其次分别是单株有效果球数和第一分枝高度,最小的为顶果球直径;基于各种质间形态性状的遗传差异,把66份红花种质聚类并划分为6大类群。第Ⅰ类群可作为有增产潜力的亲本材料,第Ⅲ类群可作为高产量目标选育的亲本,第Ⅳ类群可作为大粒型选育亲本,第Ⅴ类群可作为高含油量选育目标亲本,第Ⅵ类群既是大粒型又是高含油量双重选育目标亲本。11个数量性状的主成分分析结果表明,前4个主成分累计贡献率达82.59%,第一主成分反映植株高度,第二主成分反映产量构成因子,第三、第四主成分分别反映千粒重和果球着粒数。研究结果表明云南红花地方种质资源的变异较大,遗传较丰富。

关键词: 云南 红花 种质资源 遗传多样性 聚类分析 主成分分析

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布朗族当前种植稻作地方品种的SSR位点多样性分析

中国水稻科学 2011 北大核心 CSCD

摘要:调查收集了80份布朗族当前仍在种植的稻作地方品种,利用分布于水稻12条染色体上的72对SSR引物,进行了遗传多样性分析。共检测出271个等位基因,平均每对引物3.764个;197个有效等位基因,平均每对引物2.739个;多态性信息含量变幅为0.163~0.827,平均为0.582;稀有等位基因数20个。云南省内3个不同地区布朗族种植的地方品种遗传多样性有差异,表现为勐海县>双江县>墨江县。地方品种的遗传相似系数变幅为0.111~0.875,平均为0.411;在相似系数0.266处可以将供试品种分为籼粳两大类,但不能再将布朗族同一集居区的地方品种完全聚成同一亚类,暗示着布朗族不同集居区的条件对地方品种进化的影响还比较有限。最后还就布朗族对地方品种多样性的贡献及可能的原因等进行了讨论分析,对如何防止地方品种收集中同名异种和同种异名问题发生提出了建议。

关键词: 水稻 地方品种 微卫星标记 聚类分析 遗传多样性

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滇西北部分悬钩子属植物亲缘关系的ISSR分析

西北农业学报 2011 北大核心 CSCD

摘要:利用ISSR分子标记研究滇西北39种悬钩子属植物的亲缘关系,从100个引物中筛选出12个能扩增出清晰带型并具多态性的引物,共扩增出166条DNA片段,片段大小为259~2 300 bp,平均每条引物扩增出13.83条DNA片段,多态性比率为95.78%。利用NTSYS-pc软件计算39种悬钩子属植物种间的Nei’s距离,并用UPGMA法构建系统树。结果表明,39份供试材料明显聚为5大类:即空心莓组、木莓组、刺毛莓组、矮生莓组和葡匐莓组,与形态学的分类结果基本一致。39个悬钩子属植物种间的遗传距离为0.452 8~0.941 1,说明滇西北悬钩子植物在DNA分子水平上具有丰富的遗传多样性。另外,UPGMA聚类结果表明,形态学分类上的同组不同种间具有较近的亲缘关系,不同组的种间具有复杂的遗传差异。

关键词: 滇西北悬钩子 ISSR 聚类分析 亲缘关系

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酸角品质评价指标的选择

热带作物学报 2011 CSCD

摘要:在云南省内采集89份酸角样品,测定单果重、果实厚度、果实宽度、单果种子数、种子质量百分比、果肉质量百分比、果实长度等9项品质评价指标。采用相关分析、主成分分析聚类分析方法对数据进行分析。相关分析结果表明,单果重与果实厚度、果实宽度、单果种子数、果实直线长间相关性极显著,果肉质量百分比与厚宽比间相关性显著,果肉质量百分比与种子质量百分比间负相关性显著;主成分分析结果表明,前4个主要成分的累计方差贡献率达90.51%,即代表了全部信息的90.51%;聚类分析结果表明,通过聚类分析中的欧氏距离平方、类间平均链锁法,9项品质指标聚为4类,最终将9项指标简化为单果重、果肉质量百分比、种子质量百分比和厚宽比4项具有代表性品质评价指标。

关键词: 酸角 品质 评价指标 相关分析 主成分分析 聚类分析

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甘蔗创新种质的因子分析聚类分析

西南农业学报 2011 北大核心 CSCD

摘要:对13份甘蔗创新种质和2个对照种的13个性状进行因子分析,前4个公因子方差累计贡献率达90.21%,反映了原变量的绝大部分变异信息,以前4个公因子得分为综合指标,采用非加权组平均法进行系统聚类,在欧氏距离为2.69时可将参试材料聚为4类,其中Ⅰ类和Ⅱ类综合表现较好。

关键词: 甘蔗 创新种质 因子分析 聚类分析

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云南高原粳稻品质特性分析

植物遗传资源学报 2011 北大核心 CSCD

摘要:采用表型主成分及聚类分析法,对76个云南高原粳稻的11个品质性状进行分析。结果表明:(1)直链淀粉含量的平均值达食用稻品种品质1级标准,糙米率、透明度、碱消值和胶稠度达2级标准,精米率达3级标准,其余品质性状的平均值均在3级以下。品种间变异最小的品质性状是糙米率和碱消值,变异最大的是垩白度,其次是垩白粒率。(2)稻米品质性状间存在复杂的相关关系。(3)在选出的6个影响云南稻米品质的主因子中,精米率、垩白粒率和垩白度因子对稻米品质的累积贡献率为49.6%。(4)76个云南粳稻聚为4类,其中第1类包括52个品种,表明遗传距离近,遗传基础狭窄。在今后的云南粳稻品质育种中,应降低垩白粒率和垩白度,提高精米率和整精米率,同时拓宽遗传基础。

关键词: 云南高原粳稻 稻米品质性状 主成分分析 聚类分析

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云南茶树种质资源形态性状多样性分析

云南农业大学学报(自然科学版) 2011 北大核心 CSCD

摘要:选用19个形态形状对112份茶树种质资源进行遗传多样性分析,结果表明:云南茶树种质资源具有丰富的形态多样性,质量性状多样性指数平均为1.038,数量性状变异系数平均为22.11%。通过主成分分析,将19个性状综合为6个主成分,前6个主成分的累积贡献率达74.419%,即叶背茸毛、芽叶茸毛、芽叶色泽、叶片大小、花瓣数、柱头开裂数和子房茸毛等7个性状是其形态分化的主要指标。基于形态性状的聚类分析把112份材料聚为4大类,第Ⅰ类包括茶(Camellia sinensis)和普洱茶(C.sinensis var.assamica),第Ⅱ类为白毛茶(C.sinensis var.pubilimba),第Ⅲ类包括大理茶(C.taliensis)和厚轴茶(C.crassicolumna),第Ⅳ类为秃房茶(C.gymnogyna)。

关键词: 茶树 种质资源 形态多样性 主成分分析 聚类分析

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8种野生百合的花粉形态及聚类分析

江苏农业科学 2011 北大核心 CSCD

摘要:应用扫描电镜对野生百合属百合组、钟花组和卷瓣组的8个野生百合种(变种)的花粉形状、大小、外壁纹饰等作了比较研究。结果表明,几种百合花粉形状皆呈椭球形或长椭球形,形状较为一致,具单沟萌发孔,沟延伸到两端;不同种或变种的花粉粒在大小、网纹等性状上存在不同程度的差异。在花粉形态性状比较基础上,通过SAS软件聚类分析,得到了百合属这3个组植物的合理进化关系,表明花粉形态对区分百合属的某些种具有一定参考价值。

关键词: 野生百合 花粉形态 聚类分析

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