科研产出
云南野生稻抗稻瘟病Pi-ta基因的检测及分析
《中国水稻科学 》 2014 北大核心 CSCD
摘要：以16个不同来源的云南野生稻作为供试材料,用抗稻瘟病Pi-ta基因特异引物(KG2/KG4)进行PCR扩增,并对PCR产物进行克隆、测序及分析。结果表明,16个野生稻中7个品种持有抗稻瘟病Pi-ta基因,其中,来自云南景洪的紫秆普通野生稻中Pi-ta基因的编码区与原始型的抗稻瘟病Pi-ta基因的DNA序列完全相同。可见,云南可能是抗稻瘟病基因Pi-ta的起源地之一。
关键词： 野生稻 抗稻瘟病Pi-ta基因 克隆 测序分析
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烟草属RGP-3基因克隆及多样性分析
《西南农业学报 》 2014 北大核心 CSCD
摘要：前期研究表明普通烟草(N.tabacum cv.Xanthi)中富含甘氨酸RNA结合蛋白基因(NtRGP-3),该基因为涉及渗透胁迫相关的一个重要转录后调节基因,本研究旨在明确烟草属不同种中RGP-3基因多样性。通过PCR同源克隆方法克隆了12个烟草种中RGP-3基因,对RGP-3基因及其编码蛋白的结构、变异和系统进化等方面进行了分析。结果显示,RGP-3在烟草属不同种中相似性介于89%~100%,其中栽培烟草种(N.tabacum_K326)和野生林烟草(N.sylvestris)相似性为100%;多序列比较显示,RGP-3在不同烟草种中存在484个变异位点,其中外显子中变异占8.88%,内含子中变异占79.55%,3'UTR中变异占11.57%,推导的氨基酸仅有14个变异位点,且RNA识别结构域(RRM)高度保守;系统进化分析显示,普通烟亚属(Tabacum)和碧冬烟亚属(Petunioides)中RGP-3遗传距离较近,而和黄花烟亚属(Rustica)较远,与植物分类学上烟草亲缘关系结论一致。研究结果表明烟草属中RGP-3基因变异丰富,而编码的蛋白较保守,且RGP-3基因能够较好地用于烟草系统进化分析,这些结果为进一步研究烟草属中RGP-3的生理功能奠定了基础。
关键词： 烟草 富含甘氨酸RNA结合蛋白 RGP-3 克隆 基因多样性
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茶树糖转运蛋白CsPLt基因的克隆与序列分析
《湖南农业科学 》 2014
摘要：对利用cDNA-AFLP技术所获得茶树应答低温诱导的差异表达片段TDF(transcript derived fragment,TDF),采用RACE技术克隆了茶树糖转运蛋白基因全长cDNA,命名为CsPLt(GenBank accession No.AFI61955)。序列分析结果表明:该cDNA全长1 865 bp,开放阅读框1 596 bp,编码532个氨基酸。应用生物信息学软件对编码蛋白的理化性质、结构和功能进行了分析和预测,该蛋白结构中含有两个MFS(major facilitator super-family)结构域,属于MFS家族的糖转运子(sugar transporter)亚族。
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滇龙胆GrHMA基因的克隆和原核表达
《生命科学研究 》 2014 北大核心 CSCD
摘要：HMA蛋白(heavy metal transporting ATPase)是一种在植物中广泛存在的多功能蛋白。根据滇龙胆转录组GrHMA基因序列,设计特异性引物,通过RT-PCR扩增GrHMA基因序列,并进行TA克隆、测序及序列分析;构建原核表达载体pGEX-4T-1-GrHMA,转入E.coli Rosetta(DE3)中,并在37℃、1.0 mmol/L IPTG下成功诱导表达。序列分析表明,GrHMA基因是HMA超家族的成员;GrHMA氨基酸序列系统发育分析表明,GrHMA与TcHMA处于同一进化枝。SDS-PAGE结果表明所表达蛋白与预期蛋白大小一致。这些结果为GrHMA蛋白的进一步纯化及结构和功能的研究奠定基础。
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川乌头F3′5′H基因的cDNA克隆与表达分析
《园艺学报 》 2012 北大核心 CSCD
摘要：利用RT-PCR结合RACE技术,从川乌头(Aconitum carmichaeli Debx.)花朵中克隆到1个类黄酮-3′,5′-羟基化酶基因的cDNA全长序列,全长1720bp,包含1个编码506个氨基酸的开放阅读框,命名为Ac-F3′5′H(GenBank登录号:JN635708)。序列分析表明Ac-F3′5′H编码的氨基酸序列中包含有已确定的保守基序,包括CYP基序、I螺旋区和血红素结合区等。氨基酸序列比对显示Ac-F3′5′H与其它物种的F3′5′H有很高的序列相似性。以川乌头18SrRNA基因(FJ748878)为内参,通过半定量RT-PCR对Ac-F3′5′H的时空表达模式进行了分析,结果显示Ac-F3′5′H随花朵发育,表达量呈递增趋势,并且在正在开放的花朵中达到最高,而在根、茎、叶中不表达,推测该基因可能在调节川乌头蓝色花朵形成中发挥作用。
关键词： 川乌头 类黄酮-3′,5′-羟基化酶基因 克隆 基因表达
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云南普通野生稻和地方稻WRKY45基因的克隆及转化
《西北植物学报 》 2012 北大核心 CSCD
摘要：以云南地方稻‘三磅七十箩’(SB70)和景洪普通野生稻为材料,根据GenBank中水稻WRKY45基因序列设计引物,进行PCR扩增。结果表明,经测序得到目的基因长约1.3kb,推导的氨基酸具有WRKY蛋白典型的保守区域WRKYGQK。经BLAST分析,与GenBank中不同栽培稻WRKY45基因的相似性在85%以上,但也存在一些核苷酸差异,这些差异可能导致其调控抗逆能力更强。构建该基因的表达载体pCAMBIA1300,重组克隆后通过农杆菌介导法转入云南栽培粳稻‘云资粳41号’中,经PCR鉴定获得24株转基因阳性植株。
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野蔷薇(Rosa multiflora)抗白粉病基因RmMlo的克隆与表达分析
《园艺学报 》 2011 北大核心 CSCD
摘要：以野蔷薇(Rosa multiflora)为试材,采用RT-PCR和RACE方法从叶片中获得了一个Mlo同源基因的cDNA全长,命名为RmMlo,GenBank登录号为JF310747。序列分析结果表明,RmMlo基因cDNA全长为1993bp,包含49bp的5′非编码区、243bp的3′非编码区和一个长度为1700bp编码567个氨基酸的开放阅读框。氨基酸序列分析显示其蛋白质的C末端具有两个保守的MLO模体。序列比对和系统进化分析表明,RmMlo与拟南芥等双子叶植物的Mlo亲缘关系较近,相似性达90%以上。半定量RT-PCR分析表明,RmMlo在感病叶片中的表达量最高,在根中不表达,其表达模式与拟南芥的AtMlo有一定差别。
关键词： 野蔷薇 月季 白粉病 Mlo基因 克隆 组织特异性表达
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家蚕淀粉酶基因(Bmamy2)的分子克隆及表达特征和序列分析
《蚕业科学 》 2008 北大核心 CSCD
摘要：淀粉酶在生物体内的碳水化合物代谢中起重要作用。根据预测的基因序列设计引物,克隆了一个家蚕淀粉酶基因(Bmamy2),获得完整的编码区序列(全长1 752 bp,编码583个aa)。用推导的氨基酸序列与其它物种的淀粉酶基因作相似性比较和系统发育分析,发现所克隆的Bmamy2基因是一个起源很早的拷贝,在细菌、果蝇、非洲蟾蜍、人和鸡等多种生物中存在与之同源的基因。该基因编码蛋白的功能结构域预测有2个起催化作用的关键氨基酸发生突变,推测该基因可能失去了催化水解碳水化合物的功能。RT-PCR和基因芯片检测结果表明,该基因在家蚕5龄第3天幼虫的中肠和脂肪体中表达,且在中肠中的表达丰度较高。
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矮牵牛花色CHS-A基因启动子(Pchsa)的克隆及序列分析
《西南农业学报 》 2006 CSCD
摘要：根据国外报道,矮牵牛花色相关基因CHS-A的启动子Pchsa具有花期特异性启动子的活性,人工合成2个特异性引物并从矮牵牛基因组中经PCR分离出长约500 bp的DNA片段,经纯化后测序得到499 bp的目的片段。在NCBI中通过BLAST程序与序列号为S52984的PchsA比较,其同源性为95.73%。应用DNAMAN软件进行序列分析,结果表明该片段除含有启动子的保守序列TATA-box、CAAT-box、GC-box、G-box外,还含有花期特异表达的启动序列TACPyAT-box。这为该序列在花卉改良中的进一步运用奠定了基础,同时也证明不同品种间的PchsA存在差异。
关键词： 矮牵牛 CHS-A基因启动子 克隆 序列分析
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