科研产出
茶树EST-SSRs特点及应用
《西北农业学报 》 2011 北大核心 CSCD
摘要：利用NCBI公共数据库下载获得的3 306条茶树EST,去除其中低质量和冗余的序列,得到全长为635.46 kb的1 335条无冗余EST,在这些序列中共发现216个SSR,分布于185个EST中,出现的频率为16.18%,平均每2.94 kb的表达序列中有1个SSR。茶树的EST-SSR类型丰富,其中二核苷酸重复出现的频率最高,占主导地位。利用Primer 5.0软件从185条含有SSR的EST中设计引物100对,从中随机选取60对引物检测EST-SSR在云南茶树资源中的多态性。结果表明,有30对引物在供试的63份茶树资源中得到有效扩增,并具有多态性;共检测到等位基因数71个,每对引物检测出的等位基因数2~8个,平均4.9个;多态信息量(PIC)变幅为0~0.731,平均为0.499;观察杂合度变幅为0~0.970,平均0.392。EST-SSR标记分析表明云南茶树资源具有较高的遗传多样性。
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EST-SSR分析云南茶树资源的遗传多样性和亲缘关系
《核农学报 》 2010 北大核心 CSCD
摘要：利用EST-SSR标记对云南134份茶树资源遗传多样性和亲缘关系进行了分析。30对引物共检测到等位位点127个,平均每对引物产生4.23个;共检测到263个基因型,平均每对引物所扩增的基因型有8.8个;遗传多态性信息含量平均达0.501,高于其它地区的相关研究结果,表明云南茶树资源具有丰富的遗传多样性。资源间的平均遗传距离和相似系数分别为0.413和0.597,说明资源间的遗传差异比较大,遗传基础较宽。聚类可将134份资源划分为4大组。8个种群间的遗传相似系数变异范围为0.753～0.981,平均遗传相似系数为0.891,表明不同种群间的遗传差异比较小。云南茶树资源间亲缘关系的揭示为今后茶树资源保存和新品种选育提供了一定理论依据。
利用ISSR和EST-SSR标记分析茶树遗传多样性的比较
《热带作物学报 》 2009 CSCD
摘要：为了比较EST-SSR和ISSR2种标记在茶树遗传多样性分析上的适用性,应用这2种技术分析了33份茶树资源的遗传多样性。12个ISSR引物共扩增出248条谱带,多态性比率为91.94%,平均多态信息量(PIC)为0.318。30对EST-SSR引物每个位点平均等位基因数为4.9个,平均多态信息量(PIC)为0.499。2种标记都能揭示茶树资源较高的遗传多样性,但从信息量上比较,ISSR标记比EST-SSR标记有较高的分析效率。ISSR和EST-SSR揭示的茶树遗传相似系数分别为0.709和0.734,二者接近。聚类分析表明二者有一定差异,遗传相似系数矩阵相关性分析结果表明2种标记间存在一定的正相关性(r=0.817,P<0.01)。因此,这2种标记均可适用于茶树遗传多样性分析。
基于差减cDNA文库EST信息的月季花香突变体SSR标记的开发
《遗传 》 2009 北大核心 CSCD
摘要：在前期月季花香突变体差减文库EST序列信息的工作基础上,文章开发出新的与花香相关的SSR标记。从正反向差减文库391条EST中检索到10条含有10个SSR的序列,SSR的检出率为2.6%,EST-SSR的重复基元共搜索到10种。利用部分EST-SSRs序列设计了6对SSR引物,以花香突变体‘往日情怀’及其野生型‘金银岛’DNA为模板,对引物进行筛选,5对引物有扩增条带,其中3对引物有特异性扩增条带。同时利用这些可扩增的引物对典型芳香和无香两组月季栽培品种进行多态性检测,发现这5对引物均显示多态性。表明所建立的SSR标记是一种可行而有效的方法。
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