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三种人参属植物的EST-SSR信息分析及其在三七中的应用

文献类型： 中文期刊

作者： 杨维泽 1 ; 金航 1 ; 崔秀明 2 ; 沈涛 1 ; 杨美权 1 ; 张金渝 1 ;

作者机构： 1.云南省农业科学院药用植物研究所

2.文山三七科学院

关键词： 人参属;三七;EST-SSR

期刊名称： 基因组学与应用生物学

ISSN： 1674-568X

年卷期： 2011 年 30 卷 01 期

页码： 70-79

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 为了解人参属植物EST中SSR分布特点及其在三七SSR标记中的应用,利用生物信息学方法,用primer3软件对dbEST数据库中人参属植物人参、西洋参和三七的EST序列进行搜索,发现人参属植物EST-SSR出现频率为11.54%,平均每4.39kb出现1个SSR。人参属植物单核苷酸重复基元占主导地位,其次为三核苷酸重复基元和二核苷酸重复基元,分别占总SSR的54.48%、17.31%和16.36%。人参属EST-SSR的优势类型为A/T和AT/TA,分别占54.73%和8.21%。根据人参属植物EST中的SSR设计48对引物,在合适的PCR扩增体系下,用5个三七样品的DNA为模板进行PCR扩增,引物有效扩增率85.42%,其中多态性引物占可扩增引物的70.73%。结果表明,利用人参属EST序列开发三七EST-SSR标记是可行的。

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