科研产出
大粒裸燕麦(Avena nuda L.)遗传连锁图谱的构建
《植物遗传资源学报 》 2013 北大核心 CSCD
摘要：以元莜麦和555杂交得到的281个F2单株为作图群体,利用20对AFLP引物、3对SSR引物和1个穗型性状构建了一张大粒裸燕麦遗传连锁图。该图谱全长1544.8 cM,包含19个连锁群,其上分布有92个AFLP标记、3个SSR标记和1个穗型形态标记,不同连锁群标记数为2～14个,长度在23.7～276.3 cM之间,平均长度为81.3 cM,标记间平均距离为20.1 cM。穗型标记分离比符合3∶1,11个AFLP标记表现为偏分离,偏分离比为11.5%。该图谱符合遗传连锁框架图的要求,为今后大粒裸燕麦的QTL定位、分子标记辅助育种和比较基因组学等研究奠定基础。
云南长尖叶蔷薇自然居群遗传多样性分析
《植物遗传资源学报 》 2013 北大核心 CSCD
摘要：采用SSR标记对云南地区的8个长尖叶蔷薇天然居群进行了遗传多样性分析。结果显示:所选用的14对SSR引物,共检测到77个等位位点;在物种水平上,总居群的Nei's基因多样性指数(He)和香农指数(I)分别为0.3139和0.4747;该居群内遗传变异(65.47%)大于居群间遗传变异(34.53%),说明居群内变异是其居群的主要变异来源;利用Popgene计算出两两居群间的Nei's遗传一致度(I)和遗传距离(D),其范围分别为0.7879～0.8986和0.1070～0.2384,依据遗传距离可将8个居群分为3组,8个居群并没有严格依据地理距离的远近而聚类;海拔与Nei's基因多样性的相关系数为0.8771,呈显著正相关。研究结果表明,云南地区的长尖叶蔷薇居群遗传多样性较高,居群间遗传变异存在中度的遗传分化。基于得到的居群遗传信息,建议采取就地保护为主的保护策略,但当个别居群野外的生存环境被自然或者人为因素破坏时,建议采取迁地保护的保护策略。
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利用SSR分析滇型杂交稻亲本籼粳分化与杂种优势的关系
《西南农业学报 》 2012 北大核心 CSCD
摘要：以滇型杂交稻不育系4个、恢复系31个及其组配的31个杂交种为试验材料,利用SSR籼粳特异引物研究亲本籼粳分化程度及与杂种优势的关系。结果表明,在所检测的18个位点上,4个不育系均以粳稻血缘为主,31个恢复系总体上偏粳,但含有不同成分的籼稻血缘,其籼性比率Pi为0～27.8%。亲本SSR遗传距离、籼粳差异与杂种优势相关分析表明,亲本SSR遗传距离与小区产量超父优势等7个性状相关显著;亲本的籼粳分化差异与百粒重超父优势等4个性状显著相关;亲本SSR遗传距离、籼粳差异与小区产量竞争优势相关不显著,说明SSR遗传距离、亲本籼粳分化差异与产量竞争优势无线性关系,但籼粳分化差异适中的亲本杂交,容易得到正向优势极端组合,可从中筛选出杂种优势强的组合。
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云南铁壳麦抗条锈病基因的SSR分子初步检测
《麦类作物学报 》 2012 北大核心 CSCD
摘要：为探讨云南小麦亚种(Triticum aestivumssp yunnanense King,俗称铁壳麦)不同品种可能携带的已知和未知的抗条锈病基因,用38对与51个已知小麦抗条锈病基因连锁的SSR引物,对37份云南铁壳麦进行了SSR分子检测。结果显示,云南铁壳麦携带有丰富的与已知抗条锈病基因Yr9、Yr10、Yr29、Yr41、YrTp1、YrSM139、YrSP、YrGn6、Yrvav-B1、YrSyria、YrXu、YrM8003和YrCD等连锁的SSR位点,其中24份具有与中国春相同或类似、且与Yr18连锁的Xgwm295标记。用8对引物Xgwm582、Xwmc477、Xwmc364、Xg-wm429、Xwmc702、Xwmc438、Xwmc810和Xgdm116检测到部分云南铁壳麦携带来自黑麦的Yr9和YrM8003、长穗偃麦草的YrTp1和YrTp2、华山新麦草的YrHy和中间偃麦草的Yr88375和YrZhong22抗条锈病基因的片段,并可能含有抗条锈病新基因,应重视其发掘与定位研究;许多云南铁壳麦含有高度慢条锈病的Yr18基因,应在云南小麦新品种选育中高度重视和加以利用。
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SSR分子标记分析彩色马铃薯品种间的遗传关系
《东北农业大学学报 》 2012 北大核心 CSCD
摘要：利用SSR分子标记对来源不同的30份彩色马铃薯种质材料进行遗传多样性研究。结果表明,41个SSR引物扩增30个供试品种得到152条带,其中128个为多态性带,平均每个引物扩增3.12个多态性条带,其中包括一些品种特异性的SSR位点。UPGMA法进行聚类分析,在简单遗传相似系数SM=0.65处可将供试材料分成两大类群:类群Ⅰ为来自北美和欧洲的彩色马铃薯品种,在SM=0.72处可分为紫色马铃薯亚群,红色马铃薯亚群和白色马铃薯亚群;类群Ⅱ主要是不同来源的彩色马铃薯种质资源,包括二倍体原始栽培种,二倍体野生种和四倍体栽培种安弟斯亚种资源。聚类遗传关系表明类群Ⅰ和类群Ⅱ遗传关系较远,性状差异较大,可以作为极好的遗传资源进行杂交育种,扩展和丰富彩色马铃薯种质遗传背景。
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不同地理来源水稻品种的SSR分子标记遗传相似性分析
《中国农学通报 》 2011 北大核心 CSCD
摘要：为了评价云南水稻品种与国内外水稻品种间的遗传相似性,利用48个SSR分子标记对90个来自9个不同国家的水稻品种进行遗传相似性分析,结果共检测到269个等位基因(Na),平均每个SSR标记检测到5.604个,变幅为3～10;共检测到159.775个有效等位基因(Ne),平均为3.329,变幅为1.578～6.090;每个SSR标记的多态性信息含量(PIC)变幅为0.366～0.836,平均为0.661。90个水稻品种间的遗传相似系数(GS)变幅为0.021～0.875,平均为0.328。90个品种在相似系数0.212处分为籼、粳两亚种类群;聚类树形图能划分品种的地理来源;亚种内,粳型品种较籼型品种的遗传相似度高。云南粳稻育成品种的遗传相似性较高,云南水稻地方品种的遗传多样性较高,应加强对云南水稻地方品种的有效保护和籼粳分化等研究。
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云南当前种植地方稻种SSR遗传多样性分析
《植物遗传资源学报 》 2011 北大核心 CSCD
摘要：选用20对SSR引物对2007-2008年间从云南省56个县(区)收集的416份地方稻种进行遗传多样性分析。共检测到116个等位变异,每个位点变幅为3～13,平均为5.8个;SSR引物多态性信息含量PIC指数平均为0.681,最小为RM18的0.349,最大的RM6748为0.891;56个县的PIC变幅为0.025～0.679,平均为0.381,勐海县的PIC最高,广南县等仅有1份参试材料的8个县的PIC最低。聚类结果表明,在遗传一致度为0.362处将56个县的稻种分为3个类群,第Ⅰ类包括勐海等54个县,在阈值为0.499处又分为2个亚类,其中亚类Ⅰ-1包括36个县,亚类Ⅰ-2包括18个县,第Ⅱ类仅包括思茅区,第Ⅲ类仅包括河口县;楚雄州的牟定县与姚安县的遗传一致度最大,为0.943,大姚县与姚安县的遗传一致度也较高,为0.925,思茅区与宁蒗县的遗传一致度最小,为0.033,各县(区)的遗传一致度与地理位置有一定的相关性。本研究结果表明,云南当前种植的地方稻种具有丰富的遗传多样性,但分布很不均匀,遗传多样性主要集中在西双版纳、德宏、普洱、临沧和红河5个州市。
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绢毛蔷薇居群遗传多样性的SSR分析
《西南农业学报 》 2011 北大核心 CSCD
摘要：以收集的8个绢毛蔷薇居群的80份样本为研究对象,利用SSR技术分析其遗传多样性。80个样本的多态位点百分率、Nei's基因多样性指数(H)和Shannon信息指数(I)分别为69.66%、0.1425、0.2296。比较8个居群的遗传多样性指标,显示居群间遗传变异55.53%,居群内遗传变异44.47%。茂林居群的遗传多样性最高(H=0.0879,I=0.1331,多态位点百分率为25.84%)。聚类分析结果显示,8个居群可聚类为2组。居群遗传分化系数(Gst)和基因流(Nm)分别为0.5553和0.4005,表明绢毛蔷薇基因分化明显,基因交流受阻。
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云南甘蔗自育品种DNA指纹身份证构建
《作物学报 》 2010 北大核心 CSCD
摘要：以云南27份甘蔗自育品种为材料,从国际微卫星协会提供的120对SSR引物中筛选出8对多态性丰富、品种聚类区分率高、易统计的引物组成核心引物。8对SSR引物共产生129条带,123个为多态带,多态条带比例为95.35%,多态信息量平均为0.9445,品种相似性系数在0.269~0.767之间,其中引物SMC1047HA,MSSCIR21不仅多态性丰富,而且单个引物就可区分所有品种,是最有效的核心引物。8对核心引物两两组合的效率分析表明,MSSCIR36/MSSCIR2、MSSCIR16/MSSCIR36和MSSCIR36/SMC336BS是高效引物组合,可以完全有效区分所有品种,且品种相似性系数较低;同时使用蔗区种植面积较大的10个主栽品种验证3个高效引物组合,结果表明,MSSCIR16/MSSCIR36是最佳引物组合,不仅能有效区分所有云南甘蔗自育品种,而且能将云南甘蔗自育品种与10个主栽品种最有效地区分开。使用品种的国圃号、国家地区代码、育种单位英文缩写、核心引物名称和分子数据组成云南甘蔗自育品种的DNA指纹身份证,不仅包含了品种的重要信息,而且其中的分子数据可用于品种的真伪鉴定和遗传关系分析,为品种的知识产权保护提供有效的科学依据。
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甘蔗SSR和AFLP分子遗传连锁图谱构建
《作物学报 》 2010 北大核心 CSCD
摘要：采用甘蔗商业品种Co419与野生种割手密Y75/1/2杂交,获得269个单株,组成F1群体,用F102/356与商业品种ROC25回交获得266个单株,组成BC1群体。利用筛选的多态性条带丰富的36对SSR引物和12对AFLP引物,对两个群体进行PCR扩增和分子遗传连锁分析,构建甘蔗分子遗传连锁图谱。用F1群体获得630个分离标记,经χ2检测,298个标记为单双剂量标记,占总标记数的47%;用BC1群体获得571个分离标记,有264个标记为单双剂量标记,占总标记数的46%;4个亲本获得单双剂量标记的数量依次为Co419>02/356>Y75/1/2>ROC25。在LOD≥5.0,相邻标记遗传距离≤40cM的条件下,F1群体有134个单双剂量标记被纳入55个连锁群,其中39个连锁群归属8个同源组,16个未列入,总遗传距离为1458.3cM,标记间平均图距为10.9cM;BC1群体有133个单双剂量标记被纳入47个连锁群,其中34个连锁群归属于8个同源组,13个连锁群未列入,总遗传距离为1059.6cM,标记间平均图距为8.0cM。从4个亲本单双剂量标记进入的连锁群数来看,Co419最多,归入34个连锁群,其次为Y75/1/2,归入20个连锁群,第3为02/356和ROC25,归入19个连锁群。研究结果表明,从单双剂量标记比例、形成连锁群数量、总遗传距离来看,F1群体构图质量要优于BC1群体。
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