科研产出
90份鳄梨种质资源AFLP遗传多样性分析
《福建农业学报 》 2020 北大核心 CSCD
摘要：【目的】本研究对采自中国云南德宏、保山、西双版纳、普洱、红河和缅甸克钦邦、掸邦地区共90份鳄梨种资资源进行遗传多样性分析,为其新品种选育和种质创新提供参考依据。【方法】采用CTAB法提取鳄梨叶片基因组DNA,利用扩增片段长度多态性分子标记技术,对90份种质资源的基因组DNA进行酶切、连接、预扩增、选择性扩增,电泳分离,银染显色。电泳结果得到"0,1"矩阵,使用POPGENE 32软件计算每对引物的多态性条带、多态性比率、有效等位基因数、遗传多样性指数等指标,同时使用NTSYSpc-2.11F计算种质间遗传相似系数,根据相似性系数进行UPGMA聚类分析和PCA主效应分析,对鳄梨种质资源进行分类。【结果】从24对AFLP引物组合中,筛选出8对扩增条带清晰、多态性高的引物组合,8对引物共扩增出1 165个条带,其中多态性条带有1 163个,多态位点百分率为99.83%;有效等位基因数(Ne)平均1.294 4个;Nei’s基因多样性指数(H)平均0.209 5;Shannon信息指数(I)平均0.353 0。根据遗传相似系数进行聚类分析,在遗传相似系数0.752处可划分为4个类群,第Ⅰ类群有1份保山种质70号;第Ⅱ类群有24份种质;第Ⅲ类群有1份西双版纳种质59号;第Ⅳ类群有64份种质。在遗传相似系数0.763处可将第Ⅳ类群划分为3个亚群(A、B和C)。用PCA法对90份鳄梨种质AFLP标记结果进行主效应分析,显示了不同种质的分类位置,主效应分析结果与分子聚类结果基本一致,呈一定的地域性分布规律。【结论】90份种质资源的遗传多样性较为丰富,59号和70号相对特殊,在种质创新中应给予重点关注。
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基于表型与分子数据的斑茅核心种质构建
《植物遗传资源学报 》 2016 北大核心 CSCD
摘要：斑茅(Saccharum arundinaceum L.)是重要的"甘蔗复合群"野生资源,在我国分布广泛,但目前尚未在遗传育种研究中得到很好的利用。本研究以国家甘蔗种质资源圃保存的来自全国9省区的147份斑茅无性系为原始种质,首先基于表型数据筛选58份材料构建了斑茅初级核心种质,然后基于SSR和AFLP分子标记数据筛选16份材料构建斑茅微核心种质,分别占原始种质的39.46%和10.88%。通过表型与分子遗传多样性参数的比较分析,验证了斑茅核心种质具有较好代表性。最后对甘蔗种质资源和遗传育种研究中斑茅核心种质的构建方法和利用策略等问题进行了探讨,以期为"甘蔗复合群"野生类群核心种质的构建及创新利用提供参考,促进资源研究工作重心由数量保存型向创新利用型转变。
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98份甘蔗种质资源遗传多样性的AFLP分析
《中国农业科学 》 2015 北大核心 CSCD
摘要：【目的】甘蔗蔗糖产量约占中国食糖总量的92%。具有遗传多样性的甘蔗种质资源是甘蔗杂交育种的基础,杂交亲本的选择和组合的选配是杂交育种成败的关键,研究98份种质的遗传多样性及亲缘关系,为甘蔗杂交组合选配和种质创新提供参考依据。【方法】采用CTAB法提取甘蔗幼叶基因组DNA,利用扩增片段长度多态性(amplified fragment length polymorphism,AFLP)分子标记技术,对来源于10个国家的98份种质资源的基因组DNA进行酶切、连接、预扩增、选择性扩增,选择性扩增产物在5%变性聚丙烯酰胺凝胶上电泳分离,银染显色。电泳结果得到"0,1"矩阵,使用POPGENE 32软件计算每对引物的多态性条带数、多态性比率、多态信息量、有效等位基因数、遗传多样性指数等指标,同时使用NTSYS pc-V.2.1计算种质间遗传相似系数,根据相似性系数进行UPGMA(unweighted pair group method analysis)聚类分析和PCA(principal component analysis)主效应分析,对甘蔗种质资源进行分类。【结果】采用云南省甘蔗遗传改良重点实验室筛选出的10对引物组合共扩增出1 392条谱带,其中多态性条带为1 344条,多态性条带比率为96.55%,平均每对引物扩增出139.2个位点和134.4个多态性位点。98份种质的相似性系数在0.484—0.929,平均为0.734,多态信息量为0.2495,每个位点的有效等位基因数为1.4092,平均多样性指数为0.3890,遗传相似性系数最高的是KN90-418和KN90-455,达到0.929,最低的是云蔗94-375和IS76-126,为0.484。根据遗传相似性系数进行聚类分析,在遗传相似性系数0.64处切割时,可划分为4个类群,第I类群有5份澳大利亚种质,包括IK76-48、IS76-126、IK76-22、SES309和E.SARPET;第II类群有1份澳大利亚种质是IS76-199;第III类群有3份种质,包括KN93-06、90-110-9和BURMA;第IV类群有89份种质,在遗传相似性系数0.79处切割时,可将第Ⅳ类群划分为9个亚群(A、B、C、D、E、F、G、H和I)。基于Jaccard系数用PCA法对98份甘蔗种质AFLP标记结果进行主效应分析,主效应分析显示了不同种质的分类位置,分子主效应分析结果与分子聚类结果一致,集中在一个区域的种质亲缘关系较为紧密,澳大利亚种质位置较为分散,最分散材料为蔗茅属和细茎野生种。【结论】98份种质资源的遗传基础差异较小,亲缘关系较近,其中,澳大利亚种质遗传多样性相对较丰富。90-110-9、KN93-06和粤糖00-236较为特殊,在杂交组合选配中应给予重点关注。
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118份甘蔗种质资源遗传多样性的AFLP分析
《作物学报 》 2014 北大核心 CSCD
摘要：采用AFLP标记技术,对来自中国、澳大利亚、美国、菲律宾、巴西和法国的118份甘蔗种质进行遗传多样性分析。采用10对引物组合共扩增出1310条谱带,其中多态性条带为1195条,多态性条带比率为91.2%。118份种质间的相似性系数在0.583~0.929之间,平均为0.750,多态信息量为0.2332,每个位点的有效等位基因数为1.3789。结果显示在相似性系数0.69处切割时,可划分为2个类群,第Ⅰ类群包括粤糖00-236、云蔗04-622和SP80-1816;第Ⅱ类群有115份种质,在相似性系数0.74处切割时,可将第Ⅱ类群划分为5个亚群。各国甘蔗种质亲缘关系较近,其中美国种质遗传多样性相对较丰富。
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柱花草AFLP反应体系的建立与引物筛选
《热带农业科学 》 2014
摘要：以柱花草奥克雷品种为材料,采用改良的CTAB法提取基因组DNA,对影响AFLP反应体系的主要因素进行了优化,建立了柱花草的AFLP反应体系。结果表明:20μL为最佳反应体系,酶切体系中DNA模板量为1000ng,用5 U EcoR I 37℃酶切2 h、5 U Mse I 65℃酶切2 h效果最佳;分别取5μL酶切液、1μL T4连接酶(5μL/L)、1μL EcoR I接头、1μL Mse I接头、2μL缓冲液(T4DNA酶自带),于22℃下连接10 min效果最佳;预扩增体系中模板稀释15倍、Mg2+浓度为0.75 mmol/L、Taq酶用量为1 U、dNTPs浓度为0.2 mmol/L、引物浓度为2 ng/μL效果最佳;选择扩增体系中模板稀释20倍、Mg2+浓度为1.25 mmol/L、Taq酶为1 U、dNTPs浓度为0.225 mmol/L、引物浓度为0.4 ng/μL效果最佳。利用热研5号、奥克雷2个品种对8对引物组合进行筛选,筛选出46对引物组合,为利用AFLP标记对柱花草进行分子生物学研究及分子育种奠定基础。
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怒江干热河谷杧果种质资源的表型和AFLP遗传多样性分析
《植物遗传资源学报 》 2014 北大核心 CSCD
摘要：利用表型和AFLP标记,对怒江干热河谷57份杧果种质进行遗传多样性分析。表型性状分析结果表明:8个表型性状在不同的种质间表现出较大的差异,变异系数变化范围为16.98%~61.50%,多样性指数(H')平均为3.975,其中单果重变异较大。AFLP分析结果显示:57份种质共产生1098条带,其中多态性条带为1032条,多态性比率为94.0%,相似系数在0.55~0.82之间。AFLP聚类分析结果及主成分分析结果均表明种质间具有复杂的遗传关系,且怒江干热河谷杧果种质的亲缘关系与地理分布没有明显的相关性。表型性状聚类和AFLP分子标记聚类分析的结果相对一致,均能较准确地将优势类群聚在一起,且表明57份杧果种质具有较丰富的遗传多样性。
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7个柱花草品种的AFLP和SSR遗传多样性分析
《中国农学通报 》 2014 CSCD
摘要：旨在阐明不同柱花草品种的遗传差异。利用AFLP、SSR两种分子标记技术对7个柱花草品种进行遗传多样性分析。12对AFLP引物组合共扩出966个条带,其中多态性条带有850条,平均每对引物的多态性条带为70.8条,多态性比率为87.99%。10对SSR引物共扩出26个条带,其中多态性条带有23个,多态性比率为88.46%;10对引物的观察杂合度(Ho)的范围是0~0.7143,平均为0.1857,Shannon’s遗传多样性指数(I)平均值为0.6545,平均多态性含量(PIC)为0.727。根据非加权成对平均数法(UPGMA)进行聚类分析,获得品种聚类树形图,AFLP与SSR分析的聚类图相似性显著,7个品种明显分成两类。‘矮柱花草’与‘西卡柱花草’的遗传关系最为疏远,‘奥克雷柱花草’与‘爱德华柱花草’、‘格拉姆柱花草’与‘热研5号柱花草’关系最为密切。
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割手密AFLP分子标记技术体系建立与优化
《南方农业学报 》 2013 CSCD
摘要：【目的】建立和优化割手密AFLP分子标记技术体系,为割手密遗传多样性分析、遗传图谱构建提供技术支持。【方法】以广西割手密GXS87-16、GXS85-30、GXS79-9、GXS96、GXS112、GXS212为材料,利用改良SDS法提取DNA,并用EcoRⅠ和MseⅠ酶切,连接接头后,采用正交试验设计对影响预扩增反应和选择性扩增反应的主要成分如Mg2+、模板DNA、引物、dNTP、Taq聚合酶浓度进行优化。【结果】样品DNA用限制性内切酶EcoRⅠ和MseⅠ各3U于PCR仪过夜可完全酶切。经正交设计优化,较佳的预扩增体系包含0.4μLdNTPs(20mmol/mL),1.6μLMg2+(25mmol/mL),2.0μLEcoRⅠ-P(5pmol/mL),2.0μLMseⅠ-P(5pmol/mL),1UTaq酶(1U/μL),DNA模板稀释10倍;选择性扩增体系包含0.4μLdNTPs(20mmol/mL),0.8μLMg2+(25mmol/mL),1.0μLEcoRⅠ-AAG(6pmol/mL),1.0μLMseⅠ-CAG(6pmol/mL),3UTaq酶(1U/μL),DNA模板稀释20倍。以对优化反应体系扩增获得的PCR产物用5%变性聚丙烯酰胺凝胶电泳和银染后,可获得清晰的多态性指纹图谱。【结论】建立的割手密AFLP分子标记技术体系具有扩增条带清晰、多态性丰富的特点,可为构建割手密高密度遗传图谱提供技术支持。
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大粒裸燕麦(AvenanudaL.)遗传连锁图谱的构建
《植物遗传资源学报 》 2013 CSCD
摘要：以元莜麦和555杂交得到的281个F2单株为作图群体,利用20对AFLP引物、3对SSR引物和1个穗型性状构建了一张大粒裸燕麦遗传连锁图。该图谱全长1544.8cM,包含19个连锁群,其上分布有92个AFLP标记、3个SSR标记和1个穗型形态标记,不同连锁群标记数为2～14个,长度在23.7～276.3cM之间,平均长度为81.3cM,标记间平均距离为20.1cM。穗型标记分离比符合3∶1,11个AFLP标记表现为偏分离,偏分离比为11.5%。该图谱符合遗传连锁框架图的要求,为今后大粒裸燕麦的QTL定位、分子标记辅助育种和比较基因组学等研究奠定基础。
大粒裸燕麦(Avena nuda L.)遗传连锁图谱的构建
《植物遗传资源学报 》 2013 北大核心 CSCD
摘要：以元莜麦和555杂交得到的281个F2单株为作图群体,利用20对AFLP引物、3对SSR引物和1个穗型性状构建了一张大粒裸燕麦遗传连锁图。该图谱全长1544.8 cM,包含19个连锁群,其上分布有92个AFLP标记、3个SSR标记和1个穗型形态标记,不同连锁群标记数为2～14个,长度在23.7～276.3 cM之间,平均长度为81.3 cM,标记间平均距离为20.1 cM。穗型标记分离比符合3∶1,11个AFLP标记表现为偏分离,偏分离比为11.5%。该图谱符合遗传连锁框架图的要求,为今后大粒裸燕麦的QTL定位、分子标记辅助育种和比较基因组学等研究奠定基础。
