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稻瘟病菌基因组中微卫星序列的频率和分布

文献类型： 中文期刊

作者： 李成云 1 ; 李进斌 2 ; 周晓罡 1 ; 董爱荣 1 ; 许明辉 1 ;

作者机构： 1.云南省农业科学院生物技术研究所

2.云南省农业科学院植物保护研究所

关键词： 稻瘟病菌;基因组;微卫星序列;频率;分布;遗传标记

期刊名称： 中国水稻科学

ISSN： 1001-7216

年卷期： 2004 年 18 卷 03 期

页码：

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 利用已经公布的稻瘟病菌基因组测序结果 ,对该植物病原真菌基因组中的微卫星 (SSR)的类型、大小及分布进行了系统分析。在已经公布的 37.89Mb的基因组序列中 ,共有 16 398个由 1～ 6个核苷酸为基序的SSR序列 (匹配值为80 % ) ,其总长度占整个基因组碱基数的 0 .87% ,平均 2 .31kb碱基中就分布有 1个大于 15bp的SSR。其中数量最多的是单碱基重复 ,达到 4 392个 ,其次为三碱基重复序列 (35 86个 ) ,五碱基重复序列 (344 2个 ) ,这 3种SSR总数达 114 2 0个 ,占SSR的 6 9.7%。数量最少的是二碱基重复序列 ,只有 6 80个。在整个基因组中的主要基序有A ,AG ,AC ,ACG ,AGC ,AAG ,GGC ,ACCT ,ATCC ,AAAG ,AAAAG ,AAAAT ,AAAAC ,AAAAAG ,AAAAAT和AACTAG。有的基序类型则完全没有出现。对不同超级连锁群的分析结果表明 ,各连锁群之间的SSR分布有一定差异 ,但总体上仍是较为均衡的。这些结果为稻瘟病菌的基因标记、群体结构研究、非编码区DNA序列的结构及功能研究提供了一个较好的基础。

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